| 致谢 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-16页 |
| 1 绪论 | 第16-27页 |
| ·植物抗病机理 | 第16-18页 |
| ·抗病信号传导 | 第16-17页 |
| ·“基因对基因”假说 | 第17页 |
| ·间接相互作用模式 | 第17-18页 |
| ·水稻与稻瘟病菌互作机制 | 第18页 |
| ·第二代测序技术的发展及应用 | 第18-23页 |
| ·测序技术的发展 | 第18-20页 |
| ·第二代测序技术 | 第20-21页 |
| ·第二代测序技术的应用 | 第21-22页 |
| ·展望 | 第22-23页 |
| ·RNA-seq技术及其在水稻中的应用 | 第23-26页 |
| ·RNA-seq技术原理 | 第23页 |
| ·RNA-seq分析 | 第23-24页 |
| ·RNA-seq应用 | 第24-26页 |
| ·RNA-seq在水稻上的应用 | 第26页 |
| ·本课题的研究内容与意义 | 第26-27页 |
| 2 水稻Katy及其突变体M2354稻瘟病接种前后RNA-seq测序及测序质量评估 | 第27-43页 |
| ·实验材料及仪器 | 第27页 |
| ·水稻材料及菌种 | 第27页 |
| ·主要试剂及培养基 | 第27页 |
| ·主要仪器设备 | 第27页 |
| ·实验方法 | 第27-30页 |
| ·水稻材料培养 | 第27-28页 |
| ·稻瘟病菌培养 | 第28页 |
| ·水稻稻瘟病的接种 | 第28页 |
| ·水稻叶片取样 | 第28页 |
| ·样品RNA提取 | 第28-29页 |
| ·测序样品的准备 | 第29页 |
| ·RNA-seq数据分析 | 第29-30页 |
| ·结果与分析 | 第30-40页 |
| ·野生型Katy与突变体M2354的稻瘟病抗性鉴定 | 第30-31页 |
| ·含有AVR-Pita基因的稻瘟病生理小种的确定 | 第31页 |
| ·样品RNA的检测结果 | 第31-34页 |
| ·样品的测序质量评估 | 第34页 |
| ·测序饱和度和随机性分析 | 第34页 |
| ·样品与参考基因和参考基因组比对的统计结果 | 第34-40页 |
| ·样品基因覆盖度统计 | 第40页 |
| ·样品重复性检测 | 第40页 |
| ·讨论 | 第40-43页 |
| 3 Katy和M2354接种前后差异表达基因及GO富集分析 | 第43-64页 |
| ·实验材料及仪器 | 第43页 |
| ·实验材料 | 第43页 |
| ·主要试剂 | 第43页 |
| ·主要仪器 | 第43页 |
| ·实验方法 | 第43-44页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第43页 |
| ·KEGG Pathway和GO功能富集方法 | 第43-44页 |
| ·QPCR及DNA杂质去除 | 第44页 |
| ·差异表达基因的引物设计及QPCR | 第44页 |
| ·数据分析 | 第44页 |
| ·结果与分析 | 第44-62页 |
| ·差异表达基因统计 | 第44-46页 |
| ·差异表达基因的功能注释 | 第46-58页 |
| ·GO功能显著性富集 | 第58页 |
| ·Pathway显著性富集分析 | 第58-62页 |
| ·讨论 | 第62-64页 |
| 4 可变剪接研究 | 第64-68页 |
| ·实验材料与仪器 | 第64页 |
| ·实验材料 | 第64页 |
| ·实验试剂 | 第64页 |
| ·实验仪器 | 第64页 |
| ·实验方法 | 第64-65页 |
| ·可变剪接基因筛选及引物设计 | 第64页 |
| ·半定量PCR程序 | 第64-65页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第65页 |
| ·结果与分析 | 第65-66页 |
| ·可变剪接筛选 | 第65页 |
| ·Katy和M2354可变剪接对比 | 第65-66页 |
| ·讨论 | 第66-68页 |
| 5 总结与展望 | 第68-70页 |
| ·研究总结 | 第68-69页 |
| ·创新点 | 第69页 |
| ·展望 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 附录A 差异基因功能注释及QPCR扩增条件 | 第78-84页 |
| 作者简历 | 第84-85页 |
