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甘蓝型油菜及其亲本物种C4H基因家族克隆及比较基因组学研究

摘要第1-10页
Abstract第10-19页
第一章 文献综述第19-41页
   ·植物次生代谢第19-25页
     ·植物次生代谢产物的概念第19页
     ·植物次生代谢产物的功能第19-22页
     ·植物次生代谢的生物学意义第22-23页
     ·次生代谢产物在整个代谢活动中的重要地位第23-24页
     ·植物次生代谢产物的主要类型第24-25页
   ·植物次生代谢产物的主要途径第25-30页
     ·苯丙烷途径第26页
     ·查尔酮合酶与类黄酮途径第26-30页
       ·植物类黄酮的生物合成途径第26页
       ·苯丙酸盐途径第26-27页
         ·类黄酮途径第27页
       ·植物类黄酮生物合成的遗传与调控第27-30页
   ·木质素的生物合成第30-37页
     ·木质素的组成第31页
     ·木质素的生物合成途径第31-35页
     ·木质素合成中特异的途径第35-36页
     ·木质素单体糖基化(glycosylation)运输及氧化聚合为木质素第36-37页
     ·肉桂酸羟化酶在木质素生物合成中的作用第37页
   ·肉桂酸羟化酶研究概述第37-41页
     ·肉桂酸羟化酶的基因克隆第37-39页
     ·肉桂酸羟化酶的理化性质研究第39-41页
第二章 甘蓝型油菜肉桂酸4-羟化酶(C4H)基因家族的克隆第41-149页
   ·引言第41-42页
     ·肉桂酸4-羟化酶的作用第41页
     ·克隆甘蓝型油菜C4H基因的目的意义第41-42页
   ·材料和试剂第42-45页
     ·植物材料第42页
     ·菌株第42页
     ·主要仪器和设备第42-43页
     ·试剂盒及试剂第43-45页
   ·方法与步骤第45-62页
     ·材料的准备第45页
     ·各个材料RNA的分离纯化第45页
     ·除去RNA中混杂的DNA第45-46页
     ·各个材料总DNA的分离纯化第46页
     ·RACE反转录第46-48页
     ·BnC4H基因保守区的扩增第48-49页
     ·BnC4H基因家族cDNA 3’末端的扩增第49-50页
     ·BnC4H基因家族cDNA 5’末端的扩增第50-51页
     ·BnC4H基因家族全长cDNA及对应的基因组DNA序列的扩增第51-53页
     ·亚克隆、测序和生物信息学分析第53-57页
     ·甘蓝型油菜中BnC4H基因家族成员数的鉴定——Southern Blot第57-59页
     ·甘蓝型油菜C4H基因家族各成员的组织特异性表达鉴定——RT-PCR分析第59-60页
     ·BnC4H基因家族反义载体的构建第60-62页
   ·结果与分析第62-149页
     ·基因组DNA和总RNA的提取第62页
     ·cDNA的RACE扩增及总cDNA的放大扩增第62-63页
     ·甘蓝型油菜C4H基因家族成员cDNA末端的RACE扩增第63-65页
     ·BnC4H基因家族成员全长cDNA序列的克隆第65-67页
     ·BnC4H基因家族成员与全长cDNA对应的基因组序列的克隆第67页
     ·BnC4H家族各基因的核酸序列的生物信息学分析第67-140页
     ·Southern杂交第140-141页
     ·甘蓝型油菜C4H基因表达的组织特异性的RT-PCR检测第141-145页
     ·BnC4H基因在甘蓝型黑籽油菜和黄籽油菜近等基因系L1和L2中的表达差异第145-147页
     ·BnC4H家族反义表达载体的构建第147-149页
第三章 甘蓝C4H基因家族部分成员的的克隆第149-171页
     ·目的意义第149页
     ·材料和方法第149-154页
     ·材料第149-150页
     ·方法第150-154页
   ·结果及分析第154-158页
     ·甘蓝C4H基因的序列克隆第154-158页
   ·BoC4H基因序列分析第158-160页
     ·BoC4H基因序列的基本特性第158-159页
     ·BoC4H基因的同源性及保守性分析第159-160页
   ·推导的BoC4H蛋白序列的分析第160-169页
     ·BoC4H的基本参数第160页
     ·BoC4H的亚细胞定位和可能的转录后修饰第160-164页
     ·BoC4H的同源性分析第164页
     ·BoC4H的保守域、保守基序和酶活性位点预测第164-166页
     ·BoC4H的二级和三级结构分析第166-169页
   ·Southern杂交第169-171页
第四章 白菜型油菜C4H基因家族部分成员的克隆第171-195页
   ·目的意义第171-172页
   ·材料和方法第172-176页
     ·材料第172页
     ·方法第172-176页
   ·结果及分析第176-181页
     ·白菜型油菜C4H基因的序列克隆第176-181页
   ·BrC4H基因序列分析第181-182页
     ·BrC4H基因序列的基本特性第181页
     ·BrC4H基因的同源性及保守性分析第181-182页
   ·推导的BrC4H蛋白序列的分析第182-186页
     ·BrC4H的基本参数第183页
     ·BrC4H的亚细胞定位和可能的转录后修饰第183-186页
   ·BrC4H的同源性分析第186-190页
   ·BrC4H的保守域、保守基序和酶活性位点预测第190-192页
   ·BrC4H的二级和三级结构分析第192-193页
   ·Southern杂交第193-195页
第五章 讨论第195-203页
   ·芸苔属植物C4H基因的变异和序列进化第195页
   ·甘蓝型油菜C4H基因表达的组织特异性与互补性第195-197页
     ·甘蓝型油菜C4H基因分化、分工和互补现象第195-196页
     ·甘蓝型油菜黄籽材料的种子发育的主要时期中表现出与黑籽材料相比的C4H基因主要成员转录水平的表达下调,证明种皮中C4H表达的抑制的确是油菜黄籽性状形成的一个重要原因,但其源头应该发生在调控C4H表达的上游信号基因上或种皮发育相关的基因上的突变第196-197页
   ·十字花科植物C4H基因的比较基因组学第197-203页
     ·甘蓝型油菜的遗传背景第197-198页
     ·芸薹属植物比较基因组研究现状第198-199页
     ·甘蓝型油菜C4H基因与亲本物种及近缘物种C4H基因的进化关系第199-203页
第六章 主要结论和创新第203-207页
   ·通过基因家族成员克隆和Southern杂交表明,甘蓝型油菜和其亲本物种甘蓝及白菜中肉桂酸-4-羟化酶(C4H)均由多基因家族编码第203页
   ·十字花科祖先种中的C4H是多基因起源的,拟南芥的单拷贝C4H现象是由于其在进化过程中发生了基因家族成员丢失而造成的第203页
   ·导致芸薹属物种中C4H多基因家族编码的根本原因是继承了十字花科的C4H多基因起源的同时,发生了与拟南芥相比的基因组"三重化"加倍第203页
   ·C4H基因家族的序列比对和Southern杂交对还表明甘蓝和白菜的确是甘蓝型油菜的二倍体亲本物种,至少它们为甘蓝型油菜直接提供了遗传物质第203-204页
   ·芸薹属物种的C4H多基因家族的一些成员上发生了明显的快速变异和序列进化,如等位和非等位基因间的交换、终止突变、基因内部的正向重复等,由此引起所编码蛋白的快速歧化第204页
   ·芸薹属C4H多基因家族进化的另一重要表现是,成员间在转录表达水平的器官组织特异性方面发生了一定的分化、分工和互补第204-205页
   ·甘蓝型油菜黄籽材料的种子发育的主要时期中表现出与黑籽材料相比的C4H基因主要成员转录水平的表达下调,证明种皮中C4H表达的抑制的确是油菜黄籽性状形成的一个重要原因,但其源头应该发生在调控C4H表达的上游信号基因上或种皮发育相关的基因上的突变第205-207页
参考文献第207-215页
主要缩略词第215-217页
致谢第217-219页
发表论文及参加课题一览第219页

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