| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-31页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·蛋白质功能设计 | 第13-23页 |
| ·物理模型的简化 | 第14-16页 |
| ·能量函数评价方式 | 第16-19页 |
| ·空间搜索算法 | 第19-20页 |
| ·死端消除法(dead end elimination) | 第19页 |
| ·蒙特卡洛+模拟退火优化 | 第19-20页 |
| ·遗传算法 | 第20页 |
| ·结果评价 | 第20-21页 |
| ·现有软件 | 第21页 |
| ·蛋白质设计实例 | 第21-23页 |
| ·定向进化 | 第23-26页 |
| ·筛选库的构建 | 第23-25页 |
| ·筛选库的进化 | 第25-26页 |
| ·抗体优化 | 第26-28页 |
| ·蛋白质和DNA相互作用 | 第28-29页 |
| ·研究目的 | 第29-31页 |
| 第2章 针对蛋白质小分子结合特异性的设计策略 | 第31-56页 |
| ·引言 | 第31-35页 |
| ·材料和方法 | 第35-41页 |
| ·训练集和测试集 | 第35-36页 |
| ·相互作用界面定义 | 第36页 |
| ·离散化构象(Rotamer)库的定义 | 第36-37页 |
| ·能量函数 | 第37-38页 |
| ·优化过程 | 第38-39页 |
| ·单相优化策略 | 第39-41页 |
| ·结果和讨论 | 第41-54页 |
| ·理论工具检验 | 第41-44页 |
| ·设计结果检验 | 第44-54页 |
| ·结论 | 第54-56页 |
| 第3章 下一代DNA合成和测序在抗体优化中的应用 | 第56-72页 |
| ·引言 | 第56-61页 |
| ·抗体成熟中的问题 | 第56-57页 |
| ·高通量寡聚核苷酸合成和测序 | 第57-59页 |
| ·单克隆抗体A21 | 第59-61页 |
| ·结果和讨论 | 第61-71页 |
| ·突变库的设计 | 第61-64页 |
| ·突变库的合成和测序分析 | 第64-71页 |
| ·筛选结果分析 | 第71页 |
| ·结论 | 第71-72页 |
| 第4章 可扩展基因逻辑门的理论设计 | 第72-80页 |
| ·引言 | 第72-74页 |
| ·结果和讨论 | 第74-79页 |
| ·蛋白质-DNA特异性相互作用对的设计 | 第74-75页 |
| ·逻辑门理论设计 | 第75-79页 |
| ·结论 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-100页 |
| 附录 | 第100-102页 |
| 在读期间发表的学术论文和取得的科研成果 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103页 |