| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 摘要 | 第8-18页 |
| Chapter 1 General Introduction | 第18-31页 |
| 1.1 Small non-coding RNAs and their classes | 第19-20页 |
| 1.2 Features of small regulatory RNAs | 第20-21页 |
| 1.3 History of sRNAs | 第21-23页 |
| 1.4 Regulatory roles of sRNAs | 第23-24页 |
| 1.5 Applications of sRNAs | 第24-27页 |
| 1.6 Discovering environmental sRNAs | 第27页 |
| 1.7 Computational approaches to identify sRNA | 第27-31页 |
| Chapter 2 Genome-wide detection of small regulatory RNAs in deep-sea bacterium Shewanella piezotolerans WP3 | 第31-57页 |
| 2.2 Introduction | 第32-35页 |
| 2.3 Materials & Methods | 第35-41页 |
| 2.3.1 Species used in this study | 第35页 |
| 2.3.2 Intergenic region extraction and orthologs prediction | 第35-37页 |
| 2.3.3 sRNA Prediction by RNAz and RNA Infernal | 第37-38页 |
| 2.3.4 Conservation of predicted sRNAs | 第38页 |
| 2.3.5 Phylogenetic tree construction | 第38-39页 |
| 2.3.6 Culture conditions and RNA isolation | 第39-40页 |
| 2.3.7 Microarray analysis of differentially expressed genes at low temperature | 第40页 |
| 2.3.8 Real-time qPCR | 第40-41页 |
| 2.4 Results | 第41-49页 |
| 2.4.1 sRNA prediction in WP3 and other Shewanella species | 第41-42页 |
| 2.4.2 Conservation of identified cis-sRNA | 第42-43页 |
| 2.4.3 Function inference from genome annotation | 第43-47页 |
| 2.4.4 Validation using microarray data and qPCR | 第47-49页 |
| 2.5 Discussion | 第49-55页 |
| 2.6 Conclusion | 第55-57页 |
| Chapter 3 Comparative genomics reveals unique small RNAs in deep-sea microbes using their meta-genome/transcriptome | 第57-72页 |
| 3.2 Introduction | 第58-60页 |
| 3.3 Materials and Methods | 第60-63页 |
| 3.3.1 Sample Description | 第60页 |
| 3.3.2 Metagenome and metatranscriptome library construction and sequencing | 第60页 |
| 3.3.7 Metagenome and metatranscriptomic based integrated approach to detect sRNA from Guaymas Basin sediments | 第60-63页 |
| 3.4 Results and Discussion | 第63-71页 |
| 3.4.1 sRNAs having Rfam hits | 第63-71页 |
| 3.5 Conclusion | 第71-72页 |
| Chapter 4 Small regulatory RNAs in anaerobic methane oxidizing archaea (ANME) | 第72-86页 |
| 4.2 Introduction | 第73-74页 |
| 4.3 Materials and Methods | 第74-77页 |
| 4.3.1 Comparative genomics based approaches for identifying sRNAs in ANME-2a/2d | 第74-76页 |
| 4.3.2 Identification of cis-sRNA of mcrA | 第76页 |
| 4.3.3 Molecular simulation | 第76-77页 |
| 4.3.4 Interaction of common linear region on sRNA structure with mRNA | 第77页 |
| 4.3.5 Phylogenetic tree construction | 第77页 |
| 4.4 Results and Discussion | 第77-85页 |
| 4.4.1 Cis-sRNA of mcrA in ANME-1 | 第77-80页 |
| 4.4.2 Cis-sRNA as Methane sensing Riboswitch | 第80页 |
| 4.4.3 Evolution of cis-sRNA | 第80-82页 |
| 4.4.4 sRNAs identified using genomic data | 第82-85页 |
| 4.5 Conclusion | 第85-86页 |
| Chapter 5 Summary and general discussion | 第86-91页 |
| Summary in Chinese | 第91-97页 |
| References | 第97-117页 |
| Acknowledgements | 第117-120页 |
| List of Publications | 第120-123页 |
