| 缩略语表 | 第7-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 前言 | 第13-14页 |
| 文献回顾 | 第14-37页 |
| 1.肿瘤线粒体DNA突变的研究进展回顾 | 第14-23页 |
| 2.新一代测序技术的最新进展 | 第23-32页 |
| 3.NGS技术在肿瘤线粒体DNA突变研究中的应用进展 | 第32-37页 |
| 第一部分 肿瘤线粒体DNA新一代测序方法的建立 | 第37-75页 |
| 1.引言 | 第37-38页 |
| 2.全基因组双barcode测序文库构建方法的建立 | 第38-44页 |
| 2.1 双barcode测序文库的设计 | 第38页 |
| 2.2 材料 | 第38-40页 |
| 2.2.1 仪器 | 第38-39页 |
| 2.2.2 试剂 | 第39-40页 |
| 2.2.3 DNA序列 | 第40页 |
| 2.3 操作步骤 | 第40-44页 |
| 2.3.1 组织全基因组DNA提取 | 第40-41页 |
| 2.3.2 血液全基因组DNA提取 | 第41-42页 |
| 2.3.3 双barcode测序文库构建 | 第42-44页 |
| 3.线粒体DNA捕获探针的制备 | 第44-48页 |
| 3.1 原理 | 第44-46页 |
| 3.2 材料 | 第46-47页 |
| 3.2.1 仪器 | 第46页 |
| 3.2.2 试剂 | 第46页 |
| 3.2.3 DNA序列 | 第46-47页 |
| 3.3 操作步骤 | 第47-48页 |
| 3.3.1 人线粒体DNA全长的扩增 | 第47页 |
| 3.3.2 PCR产物的混合与打断 | 第47-48页 |
| 3.3.3 对DNA片段进行生物素标记 | 第48页 |
| 3.3.4 回收线粒体DNA捕获探针 | 第48页 |
| 4.线粒体DNA文库的捕获 | 第48-52页 |
| 4.1 材料 | 第48-50页 |
| 4.1.1 仪器 | 第48页 |
| 4.1.2 试剂 | 第48-49页 |
| 4.1.3 缓冲液配方 | 第49-50页 |
| 4.2 操作步骤 | 第50-52页 |
| 5.全基因组文库及线粒体DNA捕获质量鉴定方法 | 第52-53页 |
| 5.1 原理 | 第52页 |
| 5.2 材料 | 第52-53页 |
| 5.2.1 仪器 | 第52页 |
| 5.2.2 试剂 | 第52页 |
| 5.2.3 DNA序列 | 第52-53页 |
| 5.3 操作步骤 | 第53页 |
| 5.3.1 琼脂糖凝胶电泳 | 第53页 |
| 5.3.2 实时定量PCR | 第53页 |
| 6.线粒体DNA新一代测序数据生物信息分析方法的建立 | 第53-71页 |
| 6.1 分析所需软件及文件及下载地址 | 第54页 |
| 6.2 分析步骤 | 第54-71页 |
| 6.2.1 利用第二条barcode过滤cleandata | 第54-58页 |
| 6.2.2 自动生成数据分析shell脚本 | 第58-59页 |
| 6.2.3 批量执行数据分析shell脚本,产生ssp文件 | 第59-61页 |
| 6.2.4 从ssp文件中提取variants信息 | 第61-69页 |
| 6.2.5 通过比较variants信息获得体细胞突变并对其进行注释 | 第69-71页 |
| 7.方法效果评估与讨论 | 第71-75页 |
| 7.1 双barcode文库构建和线粒体DNA捕获方法评估 | 第71-72页 |
| 7.2 使用双barcode文库能有效过滤样本间交叉污染reads | 第72-73页 |
| 7.3 双barcode文库异质性位点数分析 | 第73-74页 |
| 7.4 线粒体DNA捕获效果分析 | 第74-75页 |
| 第二部分 基于新一代测序数据的肿瘤线粒体DNA突变进化分析 | 第75-90页 |
| 1.肿瘤线粒体DNA突变数据的收集与基本情况概述 | 第75-77页 |
| 2.方法 | 第77-80页 |
| 2.1 肿瘤mtDNA体细胞突变数据的收集与筛选 | 第77页 |
| 2.2 正常人群中多态性位点数据的获取 | 第77-78页 |
| 2.3 mRNA和tRNA编码区突变功能影响的预测 | 第78页 |
| 2.4 mtDNA突变的模拟 | 第78-80页 |
| 2.5 统计分析 | 第80页 |
| 3.结果 | 第80-88页 |
| 3.1 肿瘤线粒体DNA体细胞突变受到的负向选择放松 | 第80-82页 |
| 3.2 肿瘤线粒体DNA突变受到功能单位特异性选择 | 第82-83页 |
| 3.3 在患者中重复出现的肿瘤线粒体DNA突变存在位点偏好 | 第83-85页 |
| 3.4 肿瘤线粒体DNA突变受到密码子特异的选择 | 第85页 |
| 3.5 肿瘤线粒体DNA突变受到氨基酸特异的选择 | 第85-86页 |
| 3.6 受到位点特异性选择的肿瘤线粒体DNA突变的功能 | 第86-88页 |
| 4.讨论 | 第88-90页 |
| 第三部分 HBV-HCC患者炎症-癌症组织中MTDNA突变图谱研究 | 第90-105页 |
| 1.肿瘤线粒体DNA突变数据的收集与基本情况概述 | 第90页 |
| 2.测序及分析方法 | 第90页 |
| 3.结果 | 第90-103页 |
| 3.1 数据特征简介 | 第90-91页 |
| 3.2 NB与TB中突变数量分布分析 | 第91-93页 |
| 3.3 NB与TB中碱基替换类型数量分布分析 | 第93-94页 |
| 3.4 蛋白编码基因的突变位置 | 第94-98页 |
| 3.5 蛋白编码基因突变的功能影响 | 第98-101页 |
| 3.6 非编码区中线粒体DNA体细胞突变数量分布分析 | 第101-102页 |
| 3.7 患者中重复出现的线粒体DNA体细胞突变 | 第102-103页 |
| 4.讨论 | 第103-105页 |
| 小结 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-117页 |
| 附录 | 第117-121页 |
| 个人简历和研究成果 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
