| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| 1.1 生物能源丁醇的研究内容 | 第9-11页 |
| 1.1.1 丁醇作为生物能源的优点 | 第9页 |
| 1.1.2 发酵法生产生物能源丁醇的研究 | 第9-10页 |
| 1.1.3 合成生物学方法生产生物能源丁醇 | 第10-11页 |
| 1.2 有机溶剂丁醇的耐受机理 | 第11-16页 |
| 1.2.1 有机溶剂丁醇耐受机理的研究方法 | 第11-15页 |
| 1.2.1.1 基于二代测序技术的转录组学方法 | 第12页 |
| 1.2.1.2 基于 GC-MS 的代谢组学方法 | 第12-14页 |
| 1.2.1.3 基因工程方法 | 第14-15页 |
| 1.2.2 有机溶剂丁醇的耐受内容 | 第15-16页 |
| 1.2.3 有机溶剂丁醇在蓝细菌中耐受的研究 | 第16页 |
| 1.3 本文研究的主要内容 | 第16-18页 |
| 第二章 集胞藻 PCC6803 在丁醇胁迫下的转录组学 | 第18-36页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第18-27页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第18-20页 |
| 2.1.1.1 实验对象 | 第18页 |
| 2.1.1.2 主要仪器 | 第18页 |
| 2.1.1.3 培养基与所用试剂 | 第18-20页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第20-27页 |
| 2.1.2.1 集胞藻 PCC6803 的正常条件和丁醇处理条件 | 第20页 |
| 2.1.2.2 RNA 的制备 | 第20-21页 |
| 2.1.2.3 cDNA 的合成 | 第21页 |
| 2.1.2.4 RNA 测序文库的制备 | 第21-25页 |
| 2.1.2.5 文库质检 | 第25页 |
| 2.1.2.6 上机测序 | 第25-26页 |
| 2.1.2.7 转录组数据的分析 | 第26页 |
| 2.1.2.8 实时定量 RT-PCR 的分析 | 第26-27页 |
| 2.2 实验结果与讨论 | 第27-35页 |
| 2.2.1 RNA 测序转录组分析的概述 | 第27-31页 |
| 2.2.2 实时定量 RT-PCR 的数据分析 | 第31-32页 |
| 2.2.3 丁醇耐受相关的潜在的目标基因分析 | 第32-35页 |
| 2.3 小结 | 第35-36页 |
| 第三章 集胞藻 6803 基于 GC-MS 的代谢组学分析 | 第36-43页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第36-40页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第36-37页 |
| 3.1.1.1 实验仪器与试剂 | 第36-37页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第37-40页 |
| 3.1.2.1 样品的收集与预处理 | 第37页 |
| 3.1.2.2 代谢物的提取 | 第37页 |
| 3.1.2.3 样品的衍生化 | 第37页 |
| 3.1.2.4 GC-MS 分析 | 第37-38页 |
| 3.1.2.5 数据加工和统计学分析 | 第38页 |
| 3.1.2.6 主成分分析 | 第38-40页 |
| 3.2 实验结果与讨论 | 第40-42页 |
| 3.2.1 丁醇应激反应相关代谢组学的定性分析 | 第40-41页 |
| 3.2.2 丁醇应激反应相关代谢组学的主成分分析 | 第41-42页 |
| 3.2.3 丁醇应激反应相关代谢组学的定量分析 | 第42页 |
| 3.3 小结 | 第42-43页 |
| 第四章 集胞藻 PCC6803 基因敲除株的构建和分析 | 第43-57页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第43-49页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第43-45页 |
| 4.1.1.1 实验对象 | 第43页 |
| 4.1.1.2 实验试剂 | 第43-44页 |
| 4.1.1.3 实验仪器 | 第44-45页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第45-49页 |
| 4.1.2.1 集胞藻 PCC 6803 全基因组的提取 | 第45-46页 |
| 4.1.2.2 质粒的提取 | 第46页 |
| 4.1.2.3 融合 PCR 的原理与方法 | 第46-47页 |
| 4.1.2.4 PCR 产物纯化 | 第47-48页 |
| 4.1.2.5 集胞藻 PCC6803 外源基因的自然转化的方法 | 第48页 |
| 4.1.2.6 菌落 PCR 方法验证突变株 | 第48页 |
| 4.1.2.7 突变株与野生株生长情况的分析 | 第48-49页 |
| 4.2 实验结果与讨论 | 第49-56页 |
| 4.2.1 氯霉素抗性片段的获得 | 第49-50页 |
| 4.2.2 目标基因上、下游同源臂片段的获得 | 第50-51页 |
| 4.2.3 使用融合 PCR 获得基因敲除片段 | 第51-53页 |
| 4.2.4 突变株的验证 | 第53-55页 |
| 4.2.5 突变株与野生株生长情况的比较 | 第55-56页 |
| 4.3 小结 | 第56-57页 |
| 第五章 丁醇耐受基因的大肠杆菌过表达系统的构建 | 第57-64页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第57-61页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第57-59页 |
| 5.1.1.1 实验对象 | 第57-58页 |
| 5.1.1.2 实验试剂与仪器 | 第58-59页 |
| 5.1.2 实验方法 | 第59-61页 |
| 5.1.2.1 质粒的构建 | 第59-60页 |
| 5.1.2.2 大肠杆菌杆菌转化 | 第60-61页 |
| 5.1.2.3 单酶切反应验证质粒 | 第61页 |
| 5.2 实验结果与讨论 | 第61-63页 |
| 5.2.1 目标基因的电泳图 | 第61-62页 |
| 5.2.2 单酶切反应验证的电泳图 | 第62-63页 |
| 5.3 小结 | 第63-64页 |
| 第六章 结论与展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 附录 转录组学和蛋白组学定量比较数据的分析 | 第74页 |
