| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 主要符号对照表 | 第10-11页 |
| 第1章 前言 | 第11-39页 |
| 1.1 问题的提出 | 第11-12页 |
| 1.2 选题背景与意义 | 第12-13页 |
| 1.3 文献综述 | 第13-37页 |
| 1.3.1 肌酸激酶简介 | 第13-19页 |
| 1.3.2 肌酸激酶的分子结构特征 | 第19-28页 |
| 1.3.3 肌酸激酶稳定性的影响因素 | 第28-33页 |
| 1.3.4 嗜温嗜热蛋白热稳定性差异的影响因素 | 第33-35页 |
| 1.3.5 蛋白质热稳定性的计算与预测 | 第35页 |
| 1.3.6 分子动力学模拟 | 第35-37页 |
| 1.4 研究内容与方法 | 第37页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第37页 |
| 1.4.2 研究方法 | 第37页 |
| 1.5 论文结构安排 | 第37-39页 |
| 第2章 实验方法 | 第39-47页 |
| 2.1 研究对象 | 第39页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第39-40页 |
| 2.2.1 模拟软件的选择 | 第39-40页 |
| 2.2.2 力场参数的选择 | 第40页 |
| 2.3 分析方法 | 第40-47页 |
| 2.3.1 常规分析 | 第40-41页 |
| 2.3.2 序列同源性比对 | 第41页 |
| 2.3.3 溶剂可及表面积 | 第41页 |
| 2.3.4 空间聚集倾向分析 | 第41-42页 |
| 2.3.5 高斯网络模型 | 第42-43页 |
| 2.3.6 二聚体结合自由能计算 | 第43页 |
| 2.3.7 主成分分析 | 第43-44页 |
| 2.3.8 功能模式分析 | 第44页 |
| 2.3.9 残基-残基相互作用网络分析 | 第44-45页 |
| 2.3.10 聚类分析 | 第45-46页 |
| 2.3.11 孔道半径计算 | 第46-47页 |
| 第3章 热稳定性差异初步探究 | 第47-63页 |
| 3.1 引言 | 第47页 |
| 3.2 实验内容 | 第47-48页 |
| 3.2.1 系统构建 | 第47-48页 |
| 3.2.2 平衡模拟 | 第48页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第48-61页 |
| 3.3.1 序列同源性比对 | 第48-50页 |
| 3.3.2 晶体结构比较 | 第50-52页 |
| 3.3.3 GNM运动模式分析 | 第52-55页 |
| 3.3.4 二聚体热失活分析 | 第55-57页 |
| 3.3.5 单体热失活分析 | 第57-60页 |
| 3.3.6 超高温模拟 | 第60-61页 |
| 3.4 小结 | 第61-63页 |
| 第4章 36位氨基酸通过与界面氨基酸的网络联系影响界面的稳定性 | 第63-81页 |
| 4.1 引言 | 第63页 |
| 4.2 实验内容 | 第63-64页 |
| 4.2.1 系统构建 | 第63页 |
| 4.2.2 平衡模拟 | 第63-64页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第64-80页 |
| 4.3.1 平衡模拟过程中二聚体结构稳定 | 第64-65页 |
| 4.3.2 二聚体结合自由能有差异 | 第65-67页 |
| 4.3.3 影响解聚的关键界面氨基酸的确定 | 第67-71页 |
| 4.3.4 与解聚相关功能模式的确定 | 第71-74页 |
| 4.3.5 在功能模式中Leu36抑制界面残基运动 | 第74-75页 |
| 4.3.6 36位氨基酸与关键界面氨基酸之间的网络联系 | 第75-78页 |
| 4.3.7 网络构建参数对结果的影响 | 第78-80页 |
| 4.4 小结 | 第80-81页 |
| 第5章 活性位点结构变化对热稳定性差异也有影响 | 第81-92页 |
| 5.1 引言 | 第81页 |
| 5.2 实验内容 | 第81-82页 |
| 5.2.1 初始结构选取 | 第81页 |
| 5.2.2 加速模拟 | 第81-82页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第82-91页 |
| 5.3.1 模拟过程中发现大尺度构象变化 | 第82-83页 |
| 5.3.2 大尺度构象变化主要来源于链间相对位置变化 | 第83-85页 |
| 5.3.3 新构象代表结构的获取 | 第85-88页 |
| 5.3.4 链间相对位置变化阻挡底物结合 | 第88-90页 |
| 5.3.5 常规模拟中并未发现底物结合位点的差异 | 第90-91页 |
| 5.4 小结 | 第91-92页 |
| 第6章 其他研究工作 | 第92-106页 |
| 6.1 引言 | 第92-95页 |
| 6.1.1 问题的提出 | 第92-93页 |
| 6.1.2 研究背景与意义 | 第93页 |
| 6.1.3 文献综述 | 第93-95页 |
| 6.2 研究内容与方法 | 第95-97页 |
| 6.2.1 研究内容 | 第95页 |
| 6.2.2 研究方法 | 第95-97页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第97-105页 |
| 6.3.1 原核钠离子通道选择性研究 | 第97-99页 |
| 6.3.2 钙离子对原核钠离子通道的影响 | 第99-101页 |
| 6.3.3 真核钠离子通道选择性研究 | 第101-103页 |
| 6.3.4 Lys对离子选择性的贡献机理 | 第103-105页 |
| 6.4 小结 | 第105-106页 |
| 第7章 总结与展望 | 第106-112页 |
| 7.1 总结与讨论 | 第106-110页 |
| 7.1.1 36位氨基酸导致热稳定性差异的机理 | 第106-107页 |
| 7.1.2 真核电压门控钠离子通道的选择性机理 | 第107-109页 |
| 7.1.3 底物结合对CK热稳定性的影响 | 第109-110页 |
| 7.2 论文展望 | 第110-112页 |
| 7.2.1 加快或增强构象搜索 | 第110页 |
| 7.2.2 尝试非线性相关系数 | 第110页 |
| 7.2.3 模拟结合底物的结构 | 第110页 |
| 7.2.4 真核钠离子通道研究 | 第110-111页 |
| 7.2.5 应用到其他体系中 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-128页 |
| 附录A 网络分析的收敛性和可靠性评估 | 第128-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第136页 |
