| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 前言 | 第13-19页 |
| 1 发现病毒的主要方法 | 第14-15页 |
| 1.1 病毒分离 | 第14页 |
| 1.2 电子显微镜技术 | 第14页 |
| 1.3 分子诊断技术 | 第14-15页 |
| 1.3.1 基于PCR技术 | 第14-15页 |
| 1.3.2 高通量测序技术的出现与应用 | 第15页 |
| 2 新病原疾病相关性的确定 | 第15-17页 |
| 3 病毒宏基因组学 | 第17-18页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第18-19页 |
| 第二章 Miseq高通量测序、信息分析与潜在新病毒相关研究方法的建立 | 第19-45页 |
| 1、背景 | 第19-20页 |
| 2. 材料与方法 | 第20-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-21页 |
| 2.1.1 酶及主要试剂 | 第20-21页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-30页 |
| 2.2.1 标本的收集 | 第21-22页 |
| 2.2.2 标本的处理 | 第22页 |
| 2.2.3 高通量测序粪便样品前处理 | 第22-24页 |
| 2.2.4 Miseq高通量测序 | 第24页 |
| 2.2.5 序列信息分析 | 第24-25页 |
| 2.2.6 潜在新病毒的确定 | 第25-27页 |
| 2.2.7 WHAV病毒基因组末端的扩增 | 第27-29页 |
| 2.2.8 WHAV的分子筛查 | 第29-30页 |
| 2.3 进化分析 | 第30页 |
| 3 实验结果 | 第30-40页 |
| 3.1 Miseq高通量测序样品的准备 | 第30-31页 |
| 3.2 Miseq高通量测序所获序列信息 | 第31-32页 |
| 3.3 脊椎类动物病毒相关序列 | 第32-33页 |
| 3.4 甲型肝炎病毒重叠序列鉴定及PCR验证 | 第33页 |
| 3.5 WHAV全长基因组的扩增 | 第33-35页 |
| 3.6 WHAV基因组结构与编码区 | 第35-36页 |
| 3.7 WHAV的分子筛查 | 第36-37页 |
| 3.8 WHAV的进化分析 | 第37-40页 |
| 4 讨论 | 第40-44页 |
| 5 小结 | 第44-45页 |
| 第三章 WHAV实时荧光定量PCR方法的建立 | 第45-55页 |
| 1 实验试剂与材料 | 第45-46页 |
| 1.1 实验试剂 | 第45页 |
| 1.2 实验材料 | 第45-46页 |
| 2 实验方法 | 第46-50页 |
| 2.1 引物及探针 | 第46页 |
| 2.2 获取目的片段 | 第46-49页 |
| 2.2.1 纯化目的片段与pGEM-T载体连接 | 第47页 |
| 2.2.2 质粒转化、克隆及挑克隆 | 第47页 |
| 2.2.3 含有目的片段的重组质粒酶切 | 第47-48页 |
| 2.2.4 体外转录与回收 | 第48-49页 |
| 2.2.5 Real-time PCR反应体系及其反应条件的优化 | 第49页 |
| 2.2.6 建立标准曲线 | 第49页 |
| 2.2.7 方法验证 | 第49页 |
| 2.3 WHAV的分子流行病学分析 | 第49-50页 |
| 3 结果 | 第50-53页 |
| 3.1 目的片段鉴定及标准品制备 | 第50-51页 |
| 3.2 最优体系和反应条件 | 第51-52页 |
| 3.3 标准曲线和扩增曲线的建立 | 第52页 |
| 3.4 灵敏度分析 | 第52-53页 |
| 3.5 WHAV的Real-time PCR分子结果 | 第53页 |
| 4 讨论 | 第53-54页 |
| 5 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录 | 第59-60页 |
| 硕士学习期间撰写、发表的主要论文情况 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
