| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 缩略词表 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-31页 |
| 1 MyoD调控骨骼肌发育的分子基础 | 第16-21页 |
| 1.1 骨骼肌分化发育的基本过程 | 第16-17页 |
| 1.2 MyoD基因在骨骼肌分化发育中的功能 | 第17-21页 |
| 1.2.1 MyoD基因家族的功能 | 第17-19页 |
| 1.2.2 MyoD基因调控骨骼肌分化发育的作用方式 | 第19-21页 |
| 2 长非编码RNA的研究进展 | 第21-31页 |
| 2.1 长非编码RNA的概念、特性及分类 | 第21-22页 |
| 2.2 长非编码RNA的作用机制 | 第22-25页 |
| 2.2.1 染色体重塑与修饰 | 第22-23页 |
| 2.2.2 调控DNA甲基化 | 第23-24页 |
| 2.2.3 调控mRNA转录和选择性剪切 | 第24页 |
| 2.2.4 miRNA分子海绵 | 第24页 |
| 2.2.5 调控mRNA的稳定性和翻译抑制 | 第24-25页 |
| 2.3 亚细胞定位对长非编码RNA作用方式的影响 | 第25-26页 |
| 2.3.1 细胞核内lncRNA | 第25-26页 |
| 2.3.2 细胞质内lncRNA | 第26页 |
| 2.4 MyoD相关的长非编码RNA在肌肉分化发育中的作用 | 第26-31页 |
| 2.4.1 肌卫星细胞中的lnc RNA | 第27-28页 |
| 2.4.2 eRNA对MyoD的调控 | 第28页 |
| 2.4.3 Lnc RNA对肌肉再生的影响 | 第28-29页 |
| 2.4.4 Lnc RNA对肌细胞分化的影响 | 第29-31页 |
| 第二章 目的意义 | 第31-32页 |
| 第三章 材料和方法 | 第32-59页 |
| 1 实验材料 | 第32-38页 |
| 1.1 实验样品 | 第32页 |
| 1.2 主要仪器和设备 | 第32-33页 |
| 1.3 主要试剂与试剂盒 | 第33-35页 |
| 1.4 常用试剂及配制 | 第35-36页 |
| 1.5 应用的生物信息学网站及分析软件 | 第36-37页 |
| 1.6 所用载体 | 第37-38页 |
| 2 试验方法 | 第38-59页 |
| 2.1 细胞培养 | 第38-39页 |
| 2.1.1 细胞冻存 | 第38-39页 |
| 2.1.2 细胞复苏 | 第39页 |
| 2.1.3 细胞增殖培养 | 第39页 |
| 2.1.4 细胞分化培养 | 第39页 |
| 2.2 脂质体介导的细胞转染 | 第39-40页 |
| 2.3 RNA提取及反转录 | 第40-42页 |
| 2.3.1 细胞总RNA的提取 | 第40-41页 |
| 2.3.2 RNA质量与浓度检测 | 第41页 |
| 2.3.3 反转录成cDNA | 第41-42页 |
| 2.4 实时荧光定量PCR | 第42-44页 |
| 2.4.1 引物设计 | 第42页 |
| 2.4.2 实时荧光PCR程序 | 第42-43页 |
| 2.4.3 定量数据分析 | 第43-44页 |
| 2.5 Western Blot | 第44-46页 |
| 2.5.1 蛋白提取 | 第44页 |
| 2.5.1.1 Trizol法 | 第44页 |
| 2.5.2 蛋白浓度检测 | 第44页 |
| 2.5.3 SDS-PAGE电泳 | 第44-45页 |
| 2.5.4 转膜 | 第45-46页 |
| 2.5.5 封闭 | 第46页 |
| 2.5.6 免疫反应 | 第46页 |
| 2.5.7 ECL显影检测 | 第46页 |
| 2.6 siRNA设计 | 第46-47页 |
| 2.7 超表达载体构建 | 第47-50页 |
| 2.7.1 基因cDNA的克隆 | 第47-48页 |
| 2.7.2 琼脂糖凝胶电泳成像 | 第48页 |
| 2.7.3 PCR产物胶回收和克隆测序 | 第48-50页 |
| 2.8 Northern Blot | 第50-52页 |
| 2.8.1 探针设计 | 第50页 |
| 2.8.2 样品准备 | 第50页 |
| 2.8.3 转膜 | 第50-51页 |
| 2.8.4 预杂交 | 第51页 |
| 2.8.5 杂交 | 第51页 |
| 2.8.6 抗体孵育 | 第51-52页 |
| 2.8.7 检测 | 第52页 |
| 2.9 体外翻译 | 第52-53页 |
| 2.9.1 转化 | 第53页 |
| 2.9.2 小量表达 | 第53页 |
| 2.10 RACE扩增及序列检测 | 第53-55页 |
| 2.10.1 制备 5’/3’ RACE第一链 | 第53-54页 |
| 2.10.2 设计PCR扩增引物 | 第54页 |
| 2.10.3 快速扩增cDNA Ends | 第54-55页 |
| （1）准备足够的Master Mix并混匀： | 第54-55页 |
| 2.10.4 琼脂糖凝胶电泳和成像 | 第55页 |
| 2.10.5 PCR产物的胶回收和克隆测序 | 第55页 |
| 2.11 细胞核和细胞质的RNA分离 | 第55-56页 |
| 2.12 表达谱芯片分析 | 第56-57页 |
| 2.12.1 样品的制备 | 第56页 |
| 2.12.2 Lnc RNA芯片分析 | 第56页 |
| 2.12.3 芯片的洗涤与扫描 | 第56页 |
| 2.12.4 芯片数据的采集分析 | 第56-57页 |
| 2.12.5 差异基因的共表达分析 | 第57页 |
| 2.12.5 基因功能分析 | 第57页 |
| 2.13 LncRNA组织表达谱分析 | 第57页 |
| 2.14 免疫荧光 | 第57-59页 |
| 第四章 研究结果与分析 | 第59-99页 |
| 1 MyoD基因的干扰及相关基因检测 | 第59-61页 |
| 1.1 干扰MyoD转染效率检测 | 第59页 |
| 1.2 siRNA干扰Myod基因效率检测 | 第59-60页 |
| 1.3 siRNA干扰Myod后Myod上/下游基因表达量检测 | 第60-61页 |
| 2 MyoD基因干扰后基因芯片分析结果 | 第61-67页 |
| 2.1 芯片数据统计结果 | 第61-62页 |
| 2.2 芯片数据质量分析评估 | 第62页 |
| 2.3 差异lncRNA的分类 | 第62-63页 |
| 2.4 差异lncRNA在基因组上的分布 | 第63-64页 |
| 2.5 芯片结果定量验证 | 第64页 |
| 2.6 差异mRNA和lncRNA的共表达分析 | 第64-65页 |
| 2.7 共表达基因的富集分析和KEGG分析 | 第65-66页 |
| 2.8 MyoD调控的lncRNA的高级分析 | 第66-67页 |
| 2.8.1 MyoD调控的lncRNA与临近编码基因的基因组共表达分析 | 第66-67页 |
| 2.8.2 调控的lncRNA与转录因子关联分析 | 第67页 |
| 3 MyoD调控的lncRNAs在小鼠不同组织的表达结果 | 第67-75页 |
| 4 三个候选lncRNAs的筛选 | 第75-77页 |
| 4.1 超表达MyoD载体的构建 | 第75页 |
| 4.2 MyoD基因的超表达及相关基因检测 | 第75-76页 |
| 4.3 超表达MyoD基因后lnc RNA的检测 | 第76页 |
| 4.4 lncRNA在不同分化时间的表达分析 | 第76-77页 |
| 5 长链非编码RNA AK017263调控肌细胞分化 | 第77-82页 |
| 5.1 AK017263的特征 | 第77-80页 |
| 5.1.1 AK017263的序列特征 | 第77-78页 |
| 5.1.2 AK017263的全长鉴定 | 第78-79页 |
| 5.1.3 软件预测AK017263的编码能力 | 第79-80页 |
| 5.1.4 AK017263的核质定位 | 第80页 |
| 5.2 AK017263对肌细胞分化的影响 | 第80-82页 |
| 5.2.1 AK017263干扰片段的设计和筛选 | 第80-81页 |
| 5.2.2 干扰AK017263后对肌细胞分化相关基因的表达影响 | 第81-82页 |
| 6 长链非编码RNA AK143003调控肌细胞分化 | 第82-99页 |
| 6.1 AK143003的特征 | 第82-86页 |
| 6.1.1 AK143003的序列特征 | 第82-83页 |
| 6.1.2 AK143003的全长鉴定 | 第83-85页 |
| 6.1.3 AK143003的编码能力分析 | 第85页 |
| 6.1.4 AK143003的核质定位 | 第85-86页 |
| 6.2 AK143003对肌细胞分化的影响 | 第86-91页 |
| 6.2.1 AK143003干扰片段的设计和筛选 | 第86-87页 |
| 6.2.2 干扰AK143003后对肌细胞分化相关基因的表达影响 | 第87-89页 |
| 6.2.3 超表达AK143003对相关基因表达的影响 | 第89-91页 |
| 6.3 AK143003调控Mxd4的表达影响肌细胞分化 | 第91-99页 |
| 6.3.1 AK143003对侧翼基因Mxd4表达的影响 | 第91-93页 |
| 6.3.2 Mxd4对肌细胞分化的影响 | 第93-99页 |
| 第五章 讨论 | 第99-105页 |
| 1 MyoD调控的lncRNA芯片分析 | 第99-101页 |
| 2 Lnc RNA表达谱分析 | 第101-102页 |
| 3 AK017263在肌细胞中的功能分析 | 第102-103页 |
| 4 AK143003在肌细胞中的功能分析 | 第103-105页 |
| 第六章 总结 | 第105-107页 |
| 1 主要研究结果 | 第105页 |
| 2 主要创新点 | 第105-106页 |
| 3 不足之处 | 第106页 |
| 4 下一步计划 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-125页 |
| 附图 | 第125-138页 |
| 在读期间发表的文章 | 第138-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
