| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第13-18页 |
| 第一章 引言 | 第18-32页 |
| 1.1 玉米基因组学概述 | 第18-21页 |
| 1.1.1 玉米参考基因组学概述 | 第18-20页 |
| 1.1.2 玉米基因组变异概述 | 第20-21页 |
| 1.1.3 基因组大小与基因组变异的关系 | 第21页 |
| 1.2 基因组变异的影响 | 第21-23页 |
| 1.2.1 基因组变异对农艺性状的影响 | 第21-23页 |
| 1.2.2 基因组变异的应用 | 第23页 |
| 1.3 泛基因组学及泛转录组学概述 | 第23-25页 |
| 1.3.1 植物泛基因组概述 | 第23-24页 |
| 1.3.2 玉米泛基因组学概述 | 第24页 |
| 1.3.3 玉米泛转录组概述 | 第24-25页 |
| 1.4 可变剪接 | 第25页 |
| 1.5 嵌合基因和融合基因 | 第25-27页 |
| 1.6 基因组大小与开花 | 第27-28页 |
| 1.7 相关技术发展及应用 | 第28-29页 |
| 1.7.1 测序技术研究进展 | 第28-29页 |
| 1.7.2 流式细胞术在植物核DNA含量估计中的应用 | 第29页 |
| 1.8 二代测序和三代测序数据分析常用工具 | 第29-30页 |
| 1.9 研究意义与目的 | 第30页 |
| 1.10 研究内容和方法 | 第30-32页 |
| 1.10.1 拟解决的关键问题 | 第30-31页 |
| 1.10.2 技术方法和研究路线 | 第31-32页 |
| 第二章 热带玉米自交系Pacbio全长转录组混池分析 | 第32-54页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第32-38页 |
| 2.1.1 玉米总RNA提取 | 第32-33页 |
| 2.1.2 测序文库大小的决定 | 第33页 |
| 2.1.3 混样方法 | 第33页 |
| 2.1.4 测序方式及数据获得 | 第33-34页 |
| 2.1.5 生物信息分析流程 | 第34页 |
| 2.1.6 测序数据质量评估及过滤 | 第34-35页 |
| 2.1.7 插入片段质控 | 第35-36页 |
| 2.1.8 转录本校正 | 第36页 |
| 2.1.9 与参考基因组比对及注释 | 第36页 |
| 2.1.10 与已发表泛转录组比较 | 第36页 |
| 2.1.11 融合基因鉴定及基因结构优化 | 第36-37页 |
| 2.1.12 变异检测 | 第37页 |
| 2.1.13 可变剪接 | 第37页 |
| 2.1.14 功能注释 | 第37页 |
| 2.1.15 编码蛋白框预测 | 第37-38页 |
| 2.2 实验结果与分析 | 第38-51页 |
| 2.2.1 RNA提取结果 | 第38页 |
| 2.2.2 测序数据质量评估 | 第38-39页 |
| 2.2.3 插入片段质控 | 第39页 |
| 2.2.4 转录本分类 | 第39-42页 |
| 2.2.5 转录本聚类与校正 | 第42页 |
| 2.2.6 与参考基因组比对 | 第42-43页 |
| 2.2.7 与参考序列注释比较 | 第43页 |
| 2.2.8 与已发表的泛转录组比较 | 第43页 |
| 2.2.9 饱和曲线分析 | 第43-44页 |
| 2.2.10 融合基因 | 第44-46页 |
| 2.2.11 基因结构优化 | 第46页 |
| 2.2.12 变异检测 | 第46-48页 |
| 2.2.13 可变剪接 | 第48页 |
| 2.2.14 功能注释 | 第48-49页 |
| 2.2.15 编码蛋白框预测 | 第49-51页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第51-54页 |
| 2.3.1 小结 | 第51-52页 |
| 2.3.2 讨论 | 第52-54页 |
| 第三章 以玉米染色体结 180-bp序列丰度为指标的玉米基因组大小与开花期相关 | 第54-68页 |
| 3.1 材料与方法 | 第54-59页 |
| 3.1.1 玉米细胞核绝对DNA定量测定 | 第54-55页 |
| 3.1.2 玉米温热带自交系全基因组重测序 | 第55-57页 |
| 3.1.3 玉米染色体结RPKM的计算 | 第57-58页 |
| 3.1.4 读取回帖及 180-bp染色体结拼接 | 第58页 |
| 3.1.5 玉米自交系材料及开花表型 | 第58-59页 |
| 3.1.6 全基因组关联分析 | 第59页 |
| 3.2 结果与分析 | 第59-66页 |
| 3.2.1 温热带玉米自交系基因组大小具有显著差异 | 第59-60页 |
| 3.2.2 基因组大小与 180-bp染色体结序列丰度相关 | 第60页 |
| 3.2.3 180-bp染色体结序列具有高度多态性 | 第60-62页 |
| 3.2.4 开花期与基因组大小相关 | 第62-63页 |
| 3.2.5 基因组大小全基因组关联分析 | 第63-66页 |
| 3.3 结论与讨论 | 第66-68页 |
| 3.3.1 基因组大小对于开花的影响 | 第66页 |
| 3.3.2 180-bp染色体结序列多态性 | 第66页 |
| 3.3.3 基因组大小相关的标记 | 第66-67页 |
| 3.3.4 应用 | 第67-68页 |
| 第四章 基于重测序数据的新型玉米 55 K芯片设计 | 第68-77页 |
| 4.1 材料与方法 | 第68-70页 |
| 4.1.1 SNP来源 | 第68-69页 |
| 4.1.2 方法及标准 | 第69-70页 |
| 4.2 结果与分析 | 第70-75页 |
| 4.2.1 基本统计 | 第70-71页 |
| 4.2.2 基因组覆盖度分析 | 第71页 |
| 4.2.3 群体进化树分析 | 第71-73页 |
| 4.2.4 LD分析 | 第73页 |
| 4.2.5 SNPeff结果分析 | 第73-75页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第75-77页 |
| 第五章 全文结论 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-94页 |
| 附录 | 第94-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 作者简历 | 第106页 |
