| 中文摘要 | 第2-4页 |
| ABSTRACT | 第4-6页 |
| 符号表(缩略表语) | 第10-11页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-28页 |
| 1. 转座子的概述 | 第13-21页 |
| 1.1 转座子的定义 | 第13-14页 |
| 1.2 转座子类型和家族 | 第14-18页 |
| 1.2.1 RNA转座子 | 第15-17页 |
| 1.2.2 DNA转座子 | 第17-18页 |
| 1.3 转座子分布 | 第18-20页 |
| 1.3.1 转座子在物种基因组中的比例 | 第18-20页 |
| 1.4 转座子的功能 | 第20-21页 |
| 1.4.1 转座子已经成为各种生物基因分析的有效工具之一 | 第20页 |
| 1.4.2 microRNA的形成过程有转座子的参与 | 第20-21页 |
| 1.4.3 转座子介入基因表达活性的调控及基因破坏和基因形成 | 第21页 |
| 2. 转座子的鉴定和注释 | 第21-24页 |
| 2.1 重复序列库的构建 | 第22页 |
| 2.2 从头识别的方法 | 第22-23页 |
| 2.2.1 基于结构的方法 | 第22-23页 |
| 2.2.2 基于同源性的方法 | 第23页 |
| 2.3 重复序列的校正和分类 | 第23-24页 |
| 2.4 基因组的注释 | 第24页 |
| 3. 环境对基因调控影响综述 | 第24-28页 |
| 3.1 环境影响基因表达 | 第24-25页 |
| 3.2 环境污染物综述 | 第25-28页 |
| 3.2.1 鱼类模型在环境污染物毒性研究中的应用 | 第25页 |
| 3.2.2 TCDD对基因表达影响 | 第25-26页 |
| 3.2.3 重金属对生物体的毒理作用 | 第26-28页 |
| 第二部分 试验研究 | 第28-58页 |
| 第一章 九种硬骨鱼基因组转座子家族鉴定与分析 | 第28-35页 |
| 前言 | 第28页 |
| 1. 研究材料 | 第28-29页 |
| 1.1 系统平台 | 第28页 |
| 1.2 基因数据来源 | 第28-29页 |
| 2. 转座子鉴定方法 | 第29-30页 |
| 2.1 全基因组转座子的鉴定 | 第29页 |
| 2.2 基于序列特征鉴定 | 第29页 |
| 2.3 鉴定到的转座子的整合及假阳性筛选 | 第29-30页 |
| 2.4 转座子各家族的划分 | 第30页 |
| 3. 试验结果 | 第30-33页 |
| 3.1 九种硬骨鱼基因组转座子的鉴定 | 第30-31页 |
| 3.2 硬骨鱼中扩增差异明显的逆转录转座子 | 第31-32页 |
| 3.3 HAT和TC1/MARINER是硬骨鱼基因组中主要的DNA转座子 | 第32-33页 |
| 4. 讨论 | 第33-34页 |
| 4.1 硬骨鱼中转座子的扩增和基因组的扩张 | 第33-34页 |
| 4.2 硬骨鱼中转座子多样性和活性的比较 | 第34页 |
| 5. 结论 | 第34-35页 |
| 第二章 转座子在斑马鱼胚胎阶段活性表达及各组织之间的活性差异分析 | 第35-47页 |
| 前言 | 第35页 |
| 1. 材料 | 第35-37页 |
| 1.1 试验试剂 | 第35-36页 |
| 1.2 试验仪器 | 第36-37页 |
| 1.3 实验动物 | 第37页 |
| 2. 试验方法 | 第37-41页 |
| 2.1 斑马鱼胚胎发育阶段转座子活性变化研究 | 第37-40页 |
| 2.1.1 斑马鱼胚胎收集 | 第37页 |
| 2.1.2 采用TRIzol试剂提取胚胎中的总RNA | 第37-38页 |
| 2.1.3 RNA浓度的检测 | 第38页 |
| 2.1.4 逆转录合成cDNA | 第38-39页 |
| 2.1.5 实时荧光定量聚合酶链反应 | 第39-40页 |
| 2.1.6 统计学处理 | 第40页 |
| 2.2 12月龄成年斑马鱼各组织活性转座子表达情况 | 第40-41页 |
| 2.2.1 成年斑马鱼解剖 | 第40-41页 |
| 2.2.2 RNA提取 | 第41页 |
| 2.2.3 逆转录Cdna | 第41页 |
| 2.2.4 实时荧光PCR检测 | 第41页 |
| 2.2.5 统计学数据处理同上 | 第41页 |
| 3. 试验结果 | 第41-45页 |
| 3.1 斑马鱼早期发育胚胎阶段转座子表达活性变化情况 | 第41-44页 |
| 3.2 12月龄成年斑马鱼各组织转座子表达水平差异 | 第44-45页 |
| 4. 讨论 | 第45-46页 |
| 5. 结论 | 第46-47页 |
| 第三章 环境应激对转座子表达活性的影响 | 第47-58页 |
| 前言 | 第47-48页 |
| 1. 试验材料 | 第48-49页 |
| 1.1 试验试剂 | 第48页 |
| 1.2 试验设备及仪器 | 第48-49页 |
| 2. 试验方法 | 第49-50页 |
| 2.1 TCDD对斑马鱼胚胎转座子MRNA表达水平的影响 | 第49-50页 |
| 2.1.1 胚胎收集 | 第49页 |
| 2.1.2 鱼卵暴露于TCDD | 第49页 |
| 2.1.3 RNA提取 | 第49页 |
| 2.1.4 反转录cDNA | 第49页 |
| 2.1.5 实时荧光PCR检测 | 第49页 |
| 2.1.6 统计分析 | 第49-50页 |
| 2.2 重金属对斑马鱼胚胎转座子MRNA表达水平的影响 | 第50页 |
| 2.2.1 胚胎收集同上 | 第50页 |
| 2.2.2 鱼卵暴露于重金属 | 第50页 |
| 2.2.3 RNA提取 | 第50页 |
| 2.2.4 反转录cDNA | 第50页 |
| 2.2.5 实时荧光PCR检测 | 第50页 |
| 2.2.6 统计分析同上 | 第50页 |
| 3. 试验结果 | 第50-56页 |
| 3.1 TCDD对斑马鱼胚胎转座子MRNA表达水平的影响 | 第50-52页 |
| 3.2 重金属铜对斑马鱼胚胎转座子MRNA表达水平的影响 | 第52-54页 |
| 3.3 重金属镉对斑马鱼胚胎转座子MRNA表达水平的影响 | 第54-56页 |
| 4. 讨论 | 第56-57页 |
| 5. 结论 | 第57-58页 |
| 全文结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
