| 中文摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第11-19页 |
| 1.1 艾滋病（AIDS）简介 | 第11页 |
| 1.2 病毒HIV-1 简介 | 第11-13页 |
| 1.3 病毒HIV-1 的复制过程 | 第13-15页 |
| 1.4 病毒HIV-1 可能的抑制靶点及药物 | 第15-17页 |
| 1.5 病毒HIV-1 两个催化酶的结构和功能研究 | 第17-19页 |
| 第二章 理论方法 | 第19-57页 |
| 2.1 量子力学方法概述 | 第19-24页 |
| 2.2 分子模拟概述 | 第24-25页 |
| 2.3 力学方法—力场方法 | 第25-33页 |
| 2.4 分子动力学模拟方法 | 第33-37页 |
| 2.5 分子动力学计算过程 | 第37-45页 |
| 2.6 结合自由能计算 | 第45-50页 |
| 2.7 抑制剂与受体间的相互作用 | 第50-57页 |
| 第三章 分子动力学模拟EFAVIRENZ对HIV-1 逆转录酶的作用 | 第57-71页 |
| 3.1 引言 | 第57-60页 |
| 3.2 理论与计算方法 | 第60-61页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第61-70页 |
| 3.3.1 EFV与RT结合引起的结构变化 | 第61-63页 |
| 3.3.2 RMSD变化 | 第63-64页 |
| 3.3.3 B因子分析 | 第64-66页 |
| 3.3.4 构象变化 | 第66-70页 |
| 3.4 结论 | 第70-71页 |
| 第四章 分子动力学研究 2-乙酸苯并噻吩在HIV-1 蛋白酶与抑制剂结合中的作用 | 第71-87页 |
| 4.1 引言 | 第71-72页 |
| 4.2 理论与计算方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 分子动力学模拟计算细节 | 第72-73页 |
| 4.2.2 结合自由能计算（MM-PB/GBSA Method） | 第73-74页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第74-84页 |
| 4.3.1 别构小分子结合时构象的变化 | 第74-76页 |
| 4.3.2 动力学行为过程 | 第76-77页 |
| 4.3.3 RMSD变化 | 第77-79页 |
| 4.3.4 B因子分析 | 第79-81页 |
| 4.3.5 计算结构与晶体结构的比较 | 第81-82页 |
| 4.3.6 结合自由能 | 第82-84页 |
| 4.4 结论 | 第84-87页 |
| 第五章 分子动力学研究别构小分子对HIV-1 蛋白酶的结构和抑制剂亲和力影响 | 第87-107页 |
| 5.1 引言 | 第87-89页 |
| 5.2 理论与计算方法 | 第89-91页 |
| 5.2.1 分子动力学模拟计算细节 | 第89-90页 |
| 5.2.2 结合自由能计算（MM-PB/GBSA Method） | 第90-91页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第91-105页 |
| 5.3.1 别构小分子与蛋白酶的结合方式 | 第91-94页 |
| 5.3.2 RMSD变化 | 第94-96页 |
| 5.3.3 B因子分析 | 第96-98页 |
| 5.3.4 结合自由能 | 第98-99页 |
| 5.3.5 flap的柔性和构象变化 | 第99-105页 |
| 5.4 结论 | 第105-107页 |
| 第六章 总结与展望 | 第107-109页 |
| 6.1 本论文的结论和研究意义 | 第107-108页 |
| 6.2 展望 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-123页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124页 |
