| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩略语表 | 第14-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-42页 |
| 1.1 古菌概述 | 第16-20页 |
| 1.1.1 古菌的分类 | 第16-17页 |
| 1.1.2 古菌的特征 | 第17-18页 |
| 1.1.3 古菌研究的意义 | 第18-19页 |
| 1.1.4 硫化叶菌概述 | 第19-20页 |
| 1.2 DNA损伤及修复途径 | 第20-21页 |
| 1.3 碱基切除修复 | 第21-25页 |
| 1.3.1 碱基损伤类型 | 第21-22页 |
| 1.3.2 碱基切除修复的基本过程 | 第22-24页 |
| 1.3.3 古菌中的碱基切除修复 | 第24-25页 |
| 1.4 AP核酸内切酶 | 第25-32页 |
| 1.4.1 细菌中的AP核酸内切酶 | 第25-26页 |
| 1.4.2 真核生物中的AP核酸内切酶 | 第26页 |
| 1.4.3 古菌中AP核酸内切酶研究现状 | 第26-29页 |
| 1.4.4 ExoⅢ家族AP核酸内切酶的晶体结构 | 第29-32页 |
| 1.5 Holliday junction解离酶 | 第32-39页 |
| 1.5.1 同源重组修复 | 第32-36页 |
| 1.5.2 HJ解离酶分布 | 第36-37页 |
| 1.5.3 HJ解离酶的磷酸化修饰 | 第37-39页 |
| 1.6 研究目的及内容 | 第39-42页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第39-40页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第40-42页 |
| 第二章 SisExoⅢ和SisEndoⅣ的表达、纯化与生化性质鉴定 | 第42-60页 |
| 2.1 实验材料 | 第42-43页 |
| 2.1.1 菌株与质粒 | 第42页 |
| 2.1.2 试剂与培养基 | 第42-43页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第43页 |
| 2.2 实验方法 | 第43-47页 |
| 2.2.1 SisExoⅢ和SisEndoⅣ及其点突变体的体内表达质粒的构建 | 第43-44页 |
| 2.2.2 SisExoⅢ和SisEndoⅣ及其点突变体的体内诱导表达及纯化 | 第44-45页 |
| 2.2.3 底物制备 | 第45页 |
| 2.2.4 AP核酸内切酶活性检测 | 第45-47页 |
| 2.2.5 SisExoⅢ和SisEndoⅣ对其它特殊底物的活性检测 | 第47页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第47-58页 |
| 2.3.1 SisExoⅢ和SisEndoⅣ的氨基酸序列比对 | 第47-49页 |
| 2.3.2 质粒构建 | 第49-51页 |
| 2.3.3 SisExoⅢ、SisEndoⅣ及其突变体蛋白的纯化 | 第51页 |
| 2.3.4 SisExoⅢ和SisEndoⅣ的AP核酸内切酶活性检测 | 第51-56页 |
| 2.3.5 SisExoⅢ和SisEndoⅣ对其它特殊底物的活性检测 | 第56-58页 |
| 2.4 本章小结 | 第58-60页 |
| 第三章 SisExoⅢ和Sis EnedoⅣ的体内功能分析 | 第60-76页 |
| 3.1 实验材料 | 第60-61页 |
| 3.1.1 菌株与质粒 | 第60页 |
| 3.1.2 试剂与培养基 | 第60页 |
| 3.1.3 主要仪器 | 第60-61页 |
| 3.2 实验方法 | 第61-64页 |
| 3.2.1 △SiRe_2666菌株的筛选 | 第61页 |
| 3.2.2 双敲除菌株的筛选 | 第61-62页 |
| 3.2.3 敲除菌株的表型分析 | 第62-63页 |
| 3.2.4 过表达菌株表型分析 | 第63页 |
| 3.2.5 基于△SiRe_2666的回补实验 | 第63-64页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第64-74页 |
| 3.3.1 敲除菌株的表型分析 | 第64-71页 |
| 3.3.2 过表达菌株表型分析 | 第71-73页 |
| 3.3.3 基于△SiRe_2666的回补菌株MMS敏感性分析 | 第73-74页 |
| 3.4 本章小结 | 第74-76页 |
| 第四章 SisExoⅢ (Y105A)的晶体结构解析 | 第76-95页 |
| 4.1 实验材料 | 第76-77页 |
| 4.1.1 菌株与质粒 | 第76页 |
| 4.1.2 试剂与培养基 | 第76页 |
| 4.1.3 主要仪器 | 第76-77页 |
| 4.2 实验方法 | 第77-78页 |
| 4.2.1 SisExoⅡ (Y105A)的表达和纯化 | 第77页 |
| 4.2.2 晶体的筛选 | 第77页 |
| 4.2.3 结晶条件的优化 | 第77页 |
| 4.2.4 晶体结构的解析 | 第77页 |
| 4.2.5 半胱氨酸突变体的构建、表达和纯化 | 第77-78页 |
| 4.2.6 AP核酸内切酶活性检测 | 第78页 |
| 4.2.7 蛋白Tm值测定 | 第78页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第78-93页 |
| 4.3.1 蛋白晶体的初步筛选 | 第78-79页 |
| 4.3.2 蛋白晶体的优化 | 第79-80页 |
| 4.3.3 蛋白晶体的衍射及解析 | 第80-81页 |
| 4.3.4 SisExoⅢ(Y105)的蛋白结构 | 第81-88页 |
| 4.3.5 SisExoⅢ中二硫键功能的研究 | 第88-93页 |
| 4.4 本章小结 | 第93-95页 |
| 第五章 HJ解离酶Hje的磷酸化功能研究 | 第95-113页 |
| 5.1 实验材料 | 第95-96页 |
| 5.1.1 菌株与质粒 | 第95页 |
| 5.1.2 试剂与培养基 | 第95页 |
| 5.1.3 主要仪器 | 第95-96页 |
| 5.2 实验方法 | 第96-101页 |
| 5.2.1 Hje的体外磷酸化 | 第96-98页 |
| 5.2.2 磷酸化Hje的生化性质分析 | 第98-99页 |
| 5.2.3 Hje原位突变菌株的表型分析 | 第99-101页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第101-112页 |
| 5.3.1 Hje及其突变体的磷酸化 | 第101-104页 |
| 5.3.2 磷酸化Hje的生化性质分析 | 第104-108页 |
| 5.3.3 Hje原位突变菌株的表型分析 | 第108-112页 |
| 5.4 本章小结 | 第112-113页 |
| 第六章 总结与展望 | 第113-117页 |
| 6.1 研究总结 | 第113-115页 |
| 6.2 课题展望 | 第115-117页 |
| 附录 | 第117-130页 |
| 附录一 药品与试剂 | 第117-118页 |
| 附录二 培养基配方 | 第118-120页 |
| 附录三 溶液配方 | 第120-121页 |
| 附录四 仪器与设备 | 第121-122页 |
| 附录五 引物序列 | 第122-124页 |
| 附录六 寡核苷酸底物序列 | 第124-125页 |
| 附录七 常规PCR及酶切、连接反应体系 | 第125-126页 |
| 附录八 重叠延伸PCR方法 | 第126-127页 |
| 附录九 常规Western blot操作步骤 | 第127-129页 |
| 附录十 冰岛硫化叶菌电转化操作步骤 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第142-143页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第143-144页 |
| 附件 | 第144-158页 |
