| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语 | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 半夏简介 | 第12页 |
| 1.2 半夏药理 | 第12-14页 |
| 1.3 半夏珠芽 | 第14页 |
| 1.4 高通量测序技术 | 第14-16页 |
| 1.5 高通量测序技术的应用 | 第16-17页 |
| 1.6 国内外研究现状 | 第17页 |
| 1.7 研究的目的 | 第17-19页 |
| 1.8 技术路线 | 第19-20页 |
| 第二章 测序样本的制备 | 第20-26页 |
| 2.1 实验材料与器材 | 第20页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第20页 |
| 2.1.2 实验器材 | 第20页 |
| 2.2 实验方法 | 第20-24页 |
| 2.2.1 半夏种植 | 第20-21页 |
| 2.2.1.1 浸种 | 第20页 |
| 2.2.1.2 播种 | 第20页 |
| 2.2.1.3 田间管理 | 第20-21页 |
| 2.2.2 采集样本 | 第21页 |
| 2.2.3 Trizol法提取总RNA | 第21页 |
| 2.2.4 RNA质量检测 | 第21页 |
| 2.2.5 反转录合成cDNA | 第21-22页 |
| 2.2.6 构建测序文库 | 第22-24页 |
| 2.2.6.1 末端修复 | 第23页 |
| 2.2.6.2 加ployA | 第23页 |
| 2.2.6.3 加测序接头 | 第23-24页 |
| 2.2.6.4 PCR扩增 | 第24页 |
| 2.2.6.5 PCR产物的纯化回收 | 第24页 |
| 2.3 结果与分析 | 第24-25页 |
| 2.3.1 总RNA提取结果 | 第24-25页 |
| 2.4 小结 | 第25-26页 |
| 第三章 测序及分析 | 第26-39页 |
| 3.1 实验方法 | 第26-28页 |
| 3.1.1 测序 | 第26页 |
| 3.1.2 测序数据质量评估 | 第26页 |
| 3.1.3 测序数据预处理 | 第26页 |
| 3.1.4 序列组装 | 第26-27页 |
| 3.1.5 Unigene的功能注释 | 第27-28页 |
| 3.1.6 SSR分析 | 第28页 |
| 3.1.7 SNP分析 | 第28页 |
| 3.1.8 基因表达丰富度统计 | 第28页 |
| 3.2 结果与分析 | 第28-38页 |
| 3.2.1 测序数据质量评估 | 第28-30页 |
| 3.2.2 测序数据预处理 | 第30页 |
| 3.2.3 序列组装 | 第30-31页 |
| 3.2.4 Unigenes注释 | 第31-34页 |
| 3.2.4.1 序列同源相似性分析 | 第32页 |
| 3.2.4.2 Unigenes的KOG功能分类研究 | 第32-33页 |
| 3.2.4.3 Unigenes的GO功能分类研究 | 第33-34页 |
| 3.2.5 SSR分析 | 第34-36页 |
| 3.2.6 SNP分析 | 第36-37页 |
| 3.2.7 基因表达丰富度统计 | 第37-38页 |
| 3.3 小结 | 第38-39页 |
| 第四章 差异表达分析 | 第39-53页 |
| 4.1 实验方法 | 第39-41页 |
| 4.1.1 基因表达量计算 | 第39页 |
| 4.1.2 差异表达基因筛选 | 第39-40页 |
| 4.1.3 差异基因Gene Ontology富集分析 | 第40页 |
| 4.1.4 差异基因KEGG富集分析 | 第40-41页 |
| 4.1.5 5种激素代谢相关基因的筛选 | 第41页 |
| 4.2 结果与分析 | 第41-52页 |
| 4.2.1 差异表达分析 | 第41-43页 |
| 4.2.2 差异基因Gene Ontology富集分析 | 第43-44页 |
| 4.2.3 差异基因KEGG富集分析 | 第44页 |
| 4.2.4 5种激素代谢相关基因的筛选 | 第44-52页 |
| 4.3 小结 | 第52-53页 |
| 第五章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 5.1 总结 | 第53-54页 |
| 5.2 展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 附录：研究生期间发表论文情况 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
