大熊猫和林麝粪便中细菌和古菌结构组成研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩写词表 | 第8-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-22页 |
| 1. 肠道细菌的研究进展 | 第12-14页 |
| ·肠道细菌的组成与分布 | 第12页 |
| ·肠道细菌的作用 | 第12-14页 |
| ·肠道细菌影响宿主的营养代谢 | 第12-13页 |
| ·肠道细菌影响宿主的免疫 | 第13-14页 |
| ·影响肠道细菌多样性的因素——品种因素 | 第14页 |
| 2. 肠道古菌的研究进展 | 第14-18页 |
| ·古菌和产甲烷菌 | 第14-15页 |
| ·动物源CH_4排放现状 | 第15-16页 |
| ·动物胃肠道CH_4产生机制及减排技术 | 第16-18页 |
| ·动物胃肠道CH_4产生机制 | 第16-17页 |
| ·减排技术 | 第17-18页 |
| ·影响肠道古菌多样性的因素——品种因素 | 第18页 |
| 3. 大熊猫和林麝肠道微生物研究概况 | 第18-20页 |
| ·大熊猫肠道微生物研究概况 | 第18-19页 |
| ·林麝肠道微生物研究概况 | 第19-20页 |
| 4. 高通量测序技术 | 第20-21页 |
| ·高通量测序技术的简介 | 第20页 |
| ·高通量测序技术的应用 | 第20页 |
| ·高通量测序技术的优缺点 | 第20-21页 |
| 5. 有待研究的问题 | 第21-22页 |
| 第二章 本研究的目的意义、研究内容 | 第22-23页 |
| 1. 本研究的目的和意义 | 第22页 |
| 2. 研究内容 | 第22-23页 |
| 第三章 试验研究 | 第23-52页 |
| 1. 试验材料 | 第23-24页 |
| ·试验动物 | 第23页 |
| ·样品收集 | 第23页 |
| ·试剂 | 第23页 |
| ·仪器及用品 | 第23-24页 |
| ·PCR引物 | 第24页 |
| ·数据分析软件及所用数据库 | 第24页 |
| 2. 试验步骤 | 第24-27页 |
| ·粪便样品微生物总DNA的提取 | 第24-26页 |
| ·16S rRNA V3-V4区PCR扩增和测序 | 第26-27页 |
| ·PCR扩增 | 第26页 |
| ·荧光定量 | 第26页 |
| ·Miseq文库构建 | 第26-27页 |
| ·Miseq测序 | 第27页 |
| 3. 数据处理 | 第27-30页 |
| ·原始数据样品区分与统计 | 第27页 |
| ·数据优化与统计 | 第27-28页 |
| ·OTU分析 | 第28页 |
| ·α多样性分析 | 第28-29页 |
| ·Shannon指数 | 第29页 |
| ·ChaoI指数 | 第29页 |
| ·The Observed Species指数 | 第29页 |
| ·分类学分析 | 第29-30页 |
| ·优势菌群比较分析 | 第30页 |
| 4. 结果与分析 | 第30-46页 |
| ·细菌的结果 | 第30-36页 |
| ·测序数据序列信息统计 | 第30页 |
| ·α多样性分析结果 | 第30-32页 |
| ·样品物种组成分析 | 第32-35页 |
| ·两种动物粪便中优势细菌的比较 | 第35-36页 |
| ·古菌的结果 | 第36-46页 |
| ·数据序列信息统计 | 第36-37页 |
| ·α多样性分析结果 | 第37-39页 |
| ·古菌的组成分析 | 第39-44页 |
| ·两种动物粪便中优势古菌的比较 | 第44-46页 |
| 5. 讨论 | 第46-50页 |
| ·高通量测序技术研究肠道菌群的优缺点 | 第46-47页 |
| ·大熊猫和林麝粪便中细菌组成分析 | 第47-49页 |
| ·大熊猫和林麝粪便中古菌组成分析 | 第49-50页 |
| 6. 小结 | 第50-52页 |
| 第四章 全文结论及展望 | 第52-53页 |
| 1. 全文结论 | 第52页 |
| 2. 展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
