| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-25页 |
| ·综述 | 第11-17页 |
| ·Fisher-Wright 争论 | 第12-14页 |
| ·红皇后假说 | 第14-15页 |
| ·宏观进化 | 第15-17页 |
| ·进化动力学的数学表述 | 第17-21页 |
| ·自然选择 | 第17-20页 |
| ·遗传漂变 | 第20页 |
| ·突变 | 第20-21页 |
| ·本文的研究内容 | 第21-25页 |
| 第2章 势与流地貌理论 | 第25-33页 |
| ·驱动力的势与流分解 | 第25-27页 |
| ·内禀势函数作为系统普适 Lyapunov 函数 | 第27-28页 |
| ·驱动力的分解：内禀的势与流 | 第28-29页 |
| ·非平衡热力学 | 第29-33页 |
| 第3章 适应性地貌 | 第33-51页 |
| ·频率独立适应度下平均适应度作为适应性地貌 | 第33-34页 |
| ·普适的适应性地貌 | 第34页 |
| ·集团帮助模型 | 第34-38页 |
| ·进化内在的势与流地貌 | 第38-42页 |
| ·水平集算法 | 第39-40页 |
| ·计算结果 | 第40-42页 |
| ·通过势与流地貌量化系统稳定性：有限噪声情况 | 第42-48页 |
| ·鲁棒性比例 | 第43页 |
| ·势函数地貌的地势结构：势垒高度 | 第43-46页 |
| ·热耗散率 | 第46页 |
| ·进化的路径 | 第46-48页 |
| ·通过势与流地貌量化系统稳定性：零噪声极限情况 | 第48-51页 |
| ·内禀势函数地貌的地势结构：势垒高度 | 第48页 |
| ·内禀自由能与相变 | 第48-49页 |
| ·进化的路径 | 第49-51页 |
| 第4章 自然选择基本原理 | 第51-57页 |
| 第5章 红皇后假说 | 第57-61页 |
| 第6章 毒力的宏观进化 | 第61-73页 |
| ·传染病模型 | 第62-65页 |
| ·传染病的传播 | 第63页 |
| ·传染病的发作：单一感染 | 第63-64页 |
| ·传染病的发作：多重感染 | 第64页 |
| ·病原体突变 | 第64-65页 |
| ·通过势与流地貌度量灭绝风险 | 第65-69页 |
| ·子代与母代之间的共生关系 | 第69-71页 |
| ·灭绝风险差异引起的毒力的宏观进化 | 第71-72页 |
| ·讨论 | 第72-73页 |
| 第7章 总结 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-87页 |
| 附录 A：平均适应度的时间变化率 | 第87-90页 |
| 附录 B：Fokker-Planck 方程的 WKB 极限 | 第90-92页 |
| 附录 C：内禀自由能的时间变化率 | 第92-94页 |
| 附录 D：加性遗传方差与自然选择间关系 | 第94-96页 |
| 附录 E：主方程的 WKB 极限 | 第96-99页 |
| 作者简介 | 第99-101页 |
| 攻读博士学位期间主要科研成果 | 第101-102页 |
| 附件 | 第102-107页 |
| 致谢 | 第107页 |