| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-47页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·酶机理的分子模拟 | 第13-15页 |
| ·量子力学/分子力学方法 | 第15-23页 |
| ·酶的反应路径 | 第23-29页 |
| ·自由能的计算 | 第29-36页 |
| ·论文概要 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-47页 |
| 第2章 多理论层次的量子力学/分子力学方法研究5’-磷酸吡哆醛依赖的L-丝氨酸脱水酶的催化机理 | 第47-77页 |
| ·引言 | 第47-51页 |
| ·材料与方法 | 第51-57页 |
| ·酶研究体系 | 第51-52页 |
| ·QM/MM模型 | 第52页 |
| ·初始结构的平衡与优化 | 第52-53页 |
| ·最低能量路径(MEPs)计算 | 第53-57页 |
| ·其它的计算细节 | 第57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-68页 |
| ·rSDH的酶催化步骤地详细的化学机理 | 第57-60页 |
| ·在Step2中的三个子步骤和一个间接的质子转移机理 | 第60-62页 |
| ·Step3的质子依赖的反应机理 | 第62-65页 |
| ·过渡态的环境稳定策略 | 第65-68页 |
| ·结论 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-77页 |
| 第3章 用特异的半经验模型和多维的自适应伞形采样方法研究溶液中的反应 | 第77-101页 |
| ·引言 | 第77-80页 |
| ·方法 | 第80-82页 |
| ·反应体系和AM1/MM模型及SRP-AM1/MM模型 | 第80-81页 |
| ·用自适应伞形采样方法计算二维的自由能面 | 第81-82页 |
| ·计算细节 | 第82-84页 |
| ·FAD模型的构建 | 第82-83页 |
| ·计算二维的自由能面 | 第83-84页 |
| ·结果与讨论 | 第84-94页 |
| ·自由能面的采样和收敛 | 第84-86页 |
| ·自适应伞形势的效果 | 第86-87页 |
| ·全局背景势的效果 | 第87页 |
| ·自由能面 | 第87-90页 |
| ·溶剂效应分析 | 第90-94页 |
| ·结论 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第102页 |
