| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| ·生物信息学产生的背景 | 第9页 |
| ·DNA、RNA 序列和蛋白质序列 | 第9-11页 |
| ·中心法则和遗传密码 | 第11-14页 |
| ·同义密码子使用模式的意义 | 第14-15页 |
| ·由基因编码构作的基因代数研究概况 | 第15-17页 |
| 第二章、代数理论基本概念及研究结果 | 第17-23页 |
| ·引言 | 第17-18页 |
| ·GREEN 关系 | 第18-19页 |
| ·拟环与CLIFFORD 拟正则半环 | 第19-23页 |
| ·基本概念 | 第19页 |
| ·拟环 | 第19-22页 |
| ·Clifford 拟正则半环 | 第22-23页 |
| 第三章、基于代数理论的蛋白质序列分析 | 第23-35页 |
| ·引言 | 第23-25页 |
| ·密码子与代数运算关系的建立 | 第25-27页 |
| ·基于代数运算的蛋白质序列比对算法 | 第27页 |
| ·关于不完全双链分子的广义代数运算 | 第27-29页 |
| ·关于不完全双链分子的波斯特（PCP）问题 | 第29-35页 |
| 第四章、基于拟氨基酸编码的蛋白质序列结构分析 | 第35-43页 |
| ·引言 | 第35-36页 |
| ·关于拟氨基酸编码的建立及一些重要性质 | 第36-40页 |
| ·基于拟氨基酸编码的蛋白质序列的代数结构 | 第40-41页 |
| ·结论 | 第41-43页 |
| 第五章、拟氨基酸编码下的同义密码子的偏好性分析 | 第43-53页 |
| ·引言 | 第43-44页 |
| ·基因组基因编码下密码子的相对使用度RSCU | 第44-45页 |
| ·拟氨基酸编码下的密码子相对使用度QRSCU | 第45-46页 |
| ·78个基因样本及其同义密码子的偏好 | 第46-47页 |
| ·结果与分析 | 第47-53页 |
| 第六章、基于氨基酸特征序列的蛋白质结构描述 | 第53-61页 |
| ·引言 | 第53-55页 |
| ·特征序列及其数值刻划 | 第55-60页 |
| ·结果与分析 | 第60-61页 |
| 第七章、关于蛋白质序列的一种球形曲线表示方法 | 第61-68页 |
| ·引言 | 第61页 |
| ·蛋白质序列球形曲线设计 | 第61-63页 |
| ·利用距离对突变基因的序列进行计算 | 第63-66页 |
| ·结论 | 第66-68页 |
| 第八章、关于入侵物种的模型研究及其密码子的基因签名 | 第68-76页 |
| ·引言 | 第68-69页 |
| ·我国入侵物种的基因签名 | 第69-73页 |
| ·基因签名产生法则 | 第69页 |
| ·数据和结果 | 第69-73页 |
| ·基因突变及讨论 | 第73-74页 |
| ·基因突变 | 第73-74页 |
| ·突变后结果与原结果相比较 | 第74页 |
| ·结论 | 第74-76页 |
| 第九章、展望 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-84页 |
| 作者在攻读博士学位期间撰写和公开发表的学术论文 | 第84-85页 |