| 目录 | 第1-9页 |
| 符号说明 | 第9-10页 |
| 中文摘要 | 第10-16页 |
| ABSTRACT | 第16-20页 |
| 第一章 研究背景 | 第20-50页 |
| ·蛋白质简介 | 第20-28页 |
| ·蛋白质与氨基酸 | 第20-22页 |
| ·蛋白质的高级结构 | 第22-23页 |
| ·稳定蛋白质三维结构的作用力 | 第23-26页 |
| ·氢键 | 第23-24页 |
| ·范德华力 | 第24页 |
| ·疏水作用(熵效应) | 第24-25页 |
| ·盐键 | 第25-26页 |
| ·本论文研究的主要蛋白质 | 第26-28页 |
| ·Subtilisin | 第26页 |
| ·藻蓝蛋白(phycocyanin,PC) | 第26-28页 |
| ·Thermolysin家族 | 第28页 |
| ·蛋白质的分子进化 | 第28-33页 |
| ·同源蛋白质 | 第28-29页 |
| ·进化距离的度量方法 | 第29-31页 |
| ·氨基酸差异和p距离 | 第29页 |
| ·泊松校正 | 第29-30页 |
| ·Γ距离 | 第30页 |
| ·氨基酸的替代矩阵 | 第30-31页 |
| ·PAM矩阵 | 第31-33页 |
| ·相互作用与进化相关性 | 第33-34页 |
| ·分子内相互作用与相关突变 | 第33页 |
| ·分子间相互作用与共进化 | 第33-34页 |
| ·蛋白质相互作用预测 | 第34-38页 |
| ·进化相关性与分子间相互作用预测 | 第34-35页 |
| ·相互作用面预测 | 第35页 |
| ·相关突变法与相互作用面的预测 | 第35-38页 |
| ·OMES法 | 第36页 |
| ·互信息法 | 第36-37页 |
| ·统计耦合分析法 | 第37页 |
| ·McBASC法 | 第37-38页 |
| ·CMARP法 | 第38页 |
| ·进化信息与功能位点的预测 | 第38-39页 |
| ·适冷酶分子内相互作用的进化 | 第39-47页 |
| ·适冷酶及性质特点 | 第39-43页 |
| ·适冷酶的K_(cat)和K_m | 第40页 |
| ·适冷酶的稳定性 | 第40-41页 |
| ·适冷酶的柔性 | 第41-43页 |
| ·适冷酶的适冷的结构基础 | 第43-47页 |
| ·立题依据和研究内容 | 第47-50页 |
| ·立题依据 | 第47-48页 |
| ·研究内容 | 第48-50页 |
| 第二章 利用蛋白进化信息预测蛋白质相互作用面 | 第50-72页 |
| ·引言 | 第50-51页 |
| ·材料和方法 | 第51-56页 |
| ·IF的定义 | 第51页 |
| ·基准数据集(Benchmark data set) | 第51-52页 |
| ·算法 | 第52-54页 |
| ·构建相关图 | 第52-54页 |
| ·从相关图中提取CIF | 第54页 |
| ·预测结果的检验 | 第54页 |
| ·与已报道的方法的比较 | 第54-55页 |
| ·自展(Bootstrap)分析 | 第55页 |
| ·P值的计算 | 第55-56页 |
| ·结果 | 第56-69页 |
| ·Subtilisin分子内IF的预测 | 第56-59页 |
| ·藻蓝蛋白亚基间IF的预测 | 第59-62页 |
| ·窗口宽度ws的选择对预测结果的影响 | 第62-65页 |
| ·对于基准数据集的预测 | 第65页 |
| ·与已发表预测方法的比较 | 第65-68页 |
| ·序列选择对预测结果的影响 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-71页 |
| ·窗口宽度ws选择对预测结果的影响 | 第69页 |
| ·精确度和灵敏度 | 第69-70页 |
| ·CIF和"相关突变"以及"表面碎片"的关系 | 第70页 |
| ·应用与局限性 | 第70-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 第三章 一种改进的蛋白质共进化分析方法:对藻蓝蛋白的研究 | 第72-86页 |
| ·引言 | 第72页 |
| ·基本思想 | 第72-73页 |
| ·材料和方法 | 第73-80页 |
| ·参考三维结构 | 第73-74页 |
| ·序列比对的获得 | 第74页 |
| ·系统发育树的构建 | 第74页 |
| ·进化模拟 | 第74-75页 |
| ·距离矩阵和相关系数的计算 | 第75页 |
| ·相关系数r的P值的计算 | 第75-80页 |
| ·结果 | 第80-84页 |
| ·序列比对信息 | 第80页 |
| ·模拟树与引导树的相似性 | 第80-81页 |
| ·PC(αβ)单体内亚基相互作用面的协同进化分析 | 第81-84页 |
| ·藻胆蛋白α亚基和β亚基之间的协同进化分析 | 第84页 |
| ·讨论 | 第84-85页 |
| ·小结 | 第85-86页 |
| 第四章 蛋白质分子内相互作用网络与区域进化:对藻蓝蛋白的研究 | 第86-97页 |
| ·引言 | 第86-87页 |
| ·材料和方法 | 第87-88页 |
| ·研究材料 | 第87页 |
| ·位点保守性的计算 | 第87页 |
| ·相互作用网络的构建 | 第87页 |
| ·相互作用网络的划分 | 第87-88页 |
| ·子网络的相关系数和P值的计算 | 第88页 |
| ·结果 | 第88-95页 |
| ·PC的(αβ)单体内相互作用网络 | 第88页 |
| ·相互作用网络的划分 | 第88-93页 |
| ·大型子网络的分析 | 第93-94页 |
| ·大型子网络之间的相关性 | 第94-95页 |
| ·讨论 | 第95-96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 第五章 Thermolysin家族的适冷进化 | 第97-127页 |
| ·引言 | 第97-98页 |
| ·材料和方法 | 第98-104页 |
| ·重组蛋白酶的鉴定 | 第98页 |
| ·最适pH、最适催化温度T_(opt)的测定 | 第98页 |
| ·失活速率常数K_(inact)和半衰期t_(1/2)的测定 | 第98-99页 |
| ·催化效率K_(cat)/K_m的测定 | 第99页 |
| ·表观变构温度T_m的测定 | 第99-100页 |
| ·动态荧光淬灭实验 | 第100页 |
| ·生物信息学分析 | 第100-101页 |
| ·同源模建和结构质量的检验 | 第101-102页 |
| ·分子动力学模拟 | 第102-103页 |
| ·分子动力学模拟结果分析 | 第103-104页 |
| ·盐键和氢键分析 | 第104页 |
| ·结果 | 第104-122页 |
| ·序列和同源模建 | 第104-109页 |
| ·催化效率 | 第109-111页 |
| ·热稳定性 | 第111-113页 |
| ·动态荧光淬灭实验 | 第113页 |
| ·分子动力学模拟 | 第113-115页 |
| ·分子内盐键分析 | 第115-117页 |
| ·分子内氢键分析 | 第117-122页 |
| ·讨论 | 第122-126页 |
| ·催化和结构性质 | 第122-123页 |
| ·适冷进化的结构基础 | 第123-125页 |
| ·能量景观模型 | 第125-126页 |
| ·小结 | 第126-127页 |
| 全文总结与展望 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-139页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
| 附发表文章 | 第141-168页 |
