| 致谢 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第10-14页 |
| 1 文献综述 | 第14-26页 |
| ·整合酶的结构 | 第14-15页 |
| ·整合酶的功能 | 第15-17页 |
| ·病毒cDNA的3’端加工 | 第16页 |
| ·病毒cDNA链转移 | 第16-17页 |
| ·整合酶的其他功能 | 第17页 |
| ·HIV-1的整合位点偏好性 | 第17-18页 |
| ·基因组上宏观尺度的偏好性 | 第17-18页 |
| ·DNA序列上微观尺度的偏好性 | 第18页 |
| ·HIV-1及其衍生载体的定向整合 | 第18-19页 |
| ·整合酶的细胞内互相作用因子 | 第19-21页 |
| ·整合酶与细胞内蛋白的相互作用 | 第19-20页 |
| ·整合酶与金属离子的相互作用 | 第20-21页 |
| ·整合酶抑制剂与抗HIV药物 | 第21页 |
| ·获取基因组整合位点的常用实验技术 | 第21-24页 |
| ·反向PCR扩增(Inverse PCR) | 第22页 |
| ·Alu-PCR | 第22-23页 |
| ·线性扩增介导PCR(Linear Amplification Mediated PCR,LAM-PCR) | 第23页 |
| ·接头介导PCR(Ligation Mediated PCR,LM-PCR) | 第23页 |
| ·使用生物素亲和磁珠进一步富集 | 第23页 |
| ·对整合位点的分析 | 第23-24页 |
| ·实验技术的局限和和发展 | 第24-26页 |
| ·实验手段存在的不足 | 第24-25页 |
| ·生物信息学方法的应用 | 第25-26页 |
| 2 454测序方法研究HIV-1"整合酶/E2C融合蛋白"定向整合引导作用 | 第26-52页 |
| ·引言 | 第26-29页 |
| ·材料与方法 | 第29-38页 |
| ·实验仪器 | 第29-30页 |
| ·实验材料 | 第30-32页 |
| ·三质粒共转染病毒载体的包装 | 第32-34页 |
| ·病毒感染 | 第34页 |
| ·抗性筛选和感染能力评估 | 第34页 |
| ·提取基因组DNA及对整合位点序列进行扩增和富集 | 第34-37页 |
| ·454测序准备 | 第37-38页 |
| ·整合位点分析 | 第38页 |
| ·结果 | 第38-48页 |
| ·导入不同的融合蛋白对病毒生长的影响 | 第38-40页 |
| ·不同病毒感染能力的测定 | 第40-42页 |
| ·对整合位点附近序列进行扩增、富集处理 | 第42-43页 |
| ·454测序结果及校正分析 | 第43-45页 |
| ·E2C融合蛋白对e2c位点偏好性的分析 | 第45-47页 |
| ·整合酶S119D突变对DNA序列偏好性的分析 | 第47-48页 |
| ·讨论 | 第48-51页 |
| ·融合蛋白的整合位点数量 | 第48-49页 |
| ·顺式表达和反式包装整合酶 | 第49-50页 |
| ·整合酶/E2C融合蛋白对整合的影响 | 第50页 |
| ·实验手段的局限性 | 第50-51页 |
| ·小结 | 第51-52页 |
| 3 支持向量机对HIV-1整合位点信息预测分析 | 第52-75页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料和仪器 | 第53-54页 |
| ·序列和数据库 | 第53页 |
| ·服务器及操作系统 | 第53页 |
| ·使用到的辅助软件 | 第53-54页 |
| ·编程使用语言 | 第54页 |
| ·实验方法 | 第54-58页 |
| ·数据下载和处理 | 第54-56页 |
| ·预测模型的评价标准 | 第56-57页 |
| ·选择SVM的核函数 | 第57页 |
| ·寻找核函数的最佳参数 | 第57-58页 |
| ·对预测模型的优化 | 第58页 |
| ·结果 | 第58-71页 |
| ·单一整合位点在基因组上分布情况 | 第58-60页 |
| ·正交抽样交叉验证 | 第60页 |
| ·参数的优化 | 第60-62页 |
| ·整合位点附近截取窗口的宽度对预测的影响 | 第62-64页 |
| ·整合位点附近选取窗口的位置 | 第64-65页 |
| ·训练数据集的大小 | 第65-67页 |
| ·在DNA序列向量的基础上加入基因组区域的特征信息 | 第67-69页 |
| ·参数固定后的模型评价 | 第69-70页 |
| ·对整合热点序列和冰点序列的预测和分析 | 第70-71页 |
| ·讨论 | 第71-74页 |
| ·整合反应偏好性的分子生物学基础 | 第71-73页 |
| ·表观遗传学上述模型的补充 | 第73页 |
| ·使用SVM预测分析的准确率 | 第73页 |
| ·整合热点序列和冰点序列的GC/AT含量 | 第73-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| 4 全文结论 | 第75-76页 |
| 5 参考文献 | 第76-87页 |
| 附录: 部分自编PERL代码 | 第87-89页 |
| 作者简介 | 第89页 |
