| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-30页 |
| 1.1 绵羊产羔性能的影响因素 | 第15-16页 |
| 1.1.1 品种与产羔性能 | 第15页 |
| 1.1.2 影响产羔性能的因素 | 第15-16页 |
| 1.2 下丘脑-垂体-性腺轴调控与卵巢功能 | 第16-17页 |
| 1.2.1 下丘脑-垂体-性腺轴调控 | 第16页 |
| 1.2.2 卵泡的发育与调控因素 | 第16-17页 |
| 1.2.3 颗粒细胞和卵泡膜的功能 | 第17页 |
| 1.3 绵羊多羔性状的研究进展 | 第17-21页 |
| 1.3.1 已知的多羔基因及突变 | 第17-19页 |
| 1.3.2 遗传方式已知的多羔基因 | 第19页 |
| 1.3.3 假定主效基因 | 第19-20页 |
| 1.3.4 绵羊多羔基因的研究方法 | 第20-21页 |
| 1.3.5 转录组学技术研究进展 | 第21页 |
| 1.4 单细胞转录组测序 | 第21-25页 |
| 1.4.1 scRNA-Seq的发展 | 第21-22页 |
| 1.4.2 样本处理和c DNA扩增 | 第22-23页 |
| 1.4.3 技术噪声和捕获效率 | 第23-24页 |
| 1.4.4 scRNA-Seq技术应用 | 第24-25页 |
| 1.5 蛋白质组学的研究进展 | 第25-28页 |
| 1.5.1 蛋白质组学的兴起 | 第25页 |
| 1.5.2 蛋白质组学研究内容 | 第25-26页 |
| 1.5.3 TMT方法 | 第26-28页 |
| 1.5.4 蛋白质组学的研究进展 | 第28页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第28-29页 |
| 1.7 技术路线 | 第29-30页 |
| 第二章 无Fec B突变效应的绵羊母羊繁殖性能表型分析 | 第30-40页 |
| 2.1 材料与方法 | 第30-32页 |
| 2.1.1 试验羊分型和选择 | 第30页 |
| 2.1.2 卵泡直径和排卵数测定 | 第30-31页 |
| 2.1.3 试验羊分组 | 第31页 |
| 2.1.4 发情表型测定 | 第31页 |
| 2.1.5 血清激素测定 | 第31-32页 |
| 2.1.6 数据统计 | 第32页 |
| 2.2 结果与分析 | 第32-37页 |
| 2.2.1 卵泡数和直径测定 | 第32页 |
| 2.2.2 试验羊体尺体况和排卵数 | 第32-33页 |
| 2.2.3 发情表型分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 激素水平分析 | 第34-36页 |
| 2.2.5 激素浓度变化与母羊发情、排卵 | 第36-37页 |
| 2.3 讨论 | 第37-38页 |
| 2.4 小结 | 第38-40页 |
| 第三章 基于单细胞RNA-Seq探讨绵羊高繁殖性能的分子遗传机制 | 第40-68页 |
| 3.1 材料与方法 | 第40-45页 |
| 3.1.1 试验动物选择和分组 | 第40页 |
| 3.1.2 单细胞RNA-Seq技术流程 | 第40-42页 |
| 3.1.3 样本收集 | 第42-43页 |
| 3.1.4 cDNA扩增及检测 | 第43页 |
| 3.1.5 文库构建、质检和上机测序 | 第43页 |
| 3.1.6 测序数据处理 | 第43-44页 |
| 3.1.7 表达量定量 | 第44页 |
| 3.1.8 基因差异信息分析 | 第44页 |
| 3.1.9 lncRNA的筛选与靶标预测 | 第44-45页 |
| 3.1.10 目的基因验证 | 第45页 |
| 3.2 试验结果 | 第45-64页 |
| 3.2.1 单细胞RNA扩增结果 | 第45-46页 |
| 3.2.2 数据过滤及比对率 | 第46-50页 |
| 3.2.3 样本基因表达量分析 | 第50页 |
| 3.2.4 lncRNA分析 | 第50-51页 |
| 3.2.5 差异基因分析 | 第51-54页 |
| 3.2.6 差异表达基因的GO注释 | 第54-58页 |
| 3.2.7 差异表达基因的KEGG富集分析 | 第58-60页 |
| 3.2.8 lncRNA与靶基因互作调控 | 第60-62页 |
| 3.2.9 差异基因qPCR分析 | 第62-64页 |
| 3.3 讨论 | 第64-67页 |
| 3.3.1 卵母细胞中差异基因表达分析 | 第65-66页 |
| 3.3.2 颗粒细胞中差异基因的表达分析 | 第66页 |
| 3.3.3 卵泡膜中差异基因的表达分析 | 第66-67页 |
| 3.4 小结 | 第67-68页 |
| 第四章 基于卵巢RNA-Seq技术开展绵羊高繁性能的机理研究 | 第68-86页 |
| 4.1 材料与方法 | 第68-70页 |
| 4.1.1 试验羊分组与处理 | 第68页 |
| 4.1.2 样本采集 | 第68-69页 |
| 4.1.3 总RNA提取和质检 | 第69页 |
| 4.1.4 文库构建和上机测序 | 第69页 |
| 4.1.5 数据过滤、比对分析和拼接 | 第69页 |
| 4.1.6 基因表达量和差异筛选 | 第69页 |
| 4.1.7 差异基因GO和 KEGG分析 | 第69页 |
| 4.1.8 lncRNAs的筛选与靶标预测 | 第69页 |
| 4.1.9 目的基因的qPCR验证 | 第69-70页 |
| 4.2 结果与分析 | 第70-82页 |
| 4.2.1 样品RNA的完整性和浓度 | 第70页 |
| 4.2.2 测序数据过滤及比对 | 第70-73页 |
| 4.2.3 基因表达量分析 | 第73页 |
| 4.2.4 差异基因的筛选 | 第73-75页 |
| 4.2.5 lncRNAs预测与统计 | 第75-76页 |
| 4.2.6 DEGs的 GO注释 | 第76-78页 |
| 4.2.7 DEGs的 KEGG通路分析 | 第78-80页 |
| 4.2.8 lncRNAs与靶基因互作调控 | 第80-81页 |
| 4.2.9 差异mRNA和 lncRNA的 qPCR验证 | 第81-82页 |
| 4.3 讨论 | 第82-85页 |
| 4.3.1 卵泡期DEGs分析 | 第83-84页 |
| 4.3.2 黄体期DEGs分析 | 第84-85页 |
| 4.4 小结 | 第85-86页 |
| 第五章 利用卵巢比较蛋白质组学策略分析绵羊高繁性能的遗传机制 | 第86-111页 |
| 5.1 材料与方法 | 第86-89页 |
| 5.1.1 试验羊分组和处理 | 第86页 |
| 5.1.2 样本采集 | 第86-87页 |
| 5.1.3 蛋白质提取和TMT标记 | 第87页 |
| 5.1.4 高PH反相肽分馏 | 第87页 |
| 5.1.5 液相串联质谱(LC-MS)鉴定 | 第87页 |
| 5.1.6 质谱数据分析 | 第87-88页 |
| 5.1.7 生物信息学分析 | 第88页 |
| 5.1.8 差异丰度蛋白验证 | 第88页 |
| 5.1.9 转录组学与蛋白质组学联合分析 | 第88-89页 |
| 5.2 结果与分析 | 第89-106页 |
| 5.2.1 数据质控 | 第89-92页 |
| 5.2.2 蛋白质鉴定结果 | 第92-93页 |
| 5.2.3 鉴定的蛋白质分类 | 第93-94页 |
| 5.2.4 差异丰度蛋白(DAPs)分析 | 第94-96页 |
| 5.2.5 DAPs的 GO注释和KEGG分析 | 第96-100页 |
| 5.2.6 平行反应监测(PRM)验证 | 第100-102页 |
| 5.2.7 鉴定基因和蛋白质的关联分析 | 第102-106页 |
| 5.3 讨论 | 第106-110页 |
| 5.3.1 卵泡期卵巢中DAPs分析 | 第107-108页 |
| 5.3.2 黄体期卵巢中DAPs分析 | 第108-109页 |
| 5.3.3 转录组与蛋白质组联合分析 | 第109-110页 |
| 5.4 小结 | 第110-111页 |
| 第六章 影响绵羊产羔性状的5个相关基因的组织表达分析 | 第111-121页 |
| 6.1 材料与方法 | 第111-113页 |
| 6.1.1 试验羊选择与样品采集 | 第111页 |
| 6.1.2 组织RNA提取与c DNA合成 | 第111-112页 |
| 6.1.3 引物设计 | 第112页 |
| 6.1.4 RT-PCR程序和扩增体系 | 第112-113页 |
| 6.1.5 qPCR | 第113页 |
| 6.2 结果与分析 | 第113-119页 |
| 6.2.1 总RNA质量检测 | 第113页 |
| 6.2.2 组织表达谱分析 | 第113-114页 |
| 6.2.3 目的基因qPCR分析 | 第114-119页 |
| 6.3 讨论 | 第119-120页 |
| 6.3.1 BMPR1B、BMP15和GDF9 基因功能与表达 | 第119-120页 |
| 6.3.2 CD9和CD81 基因功能与表达 | 第120页 |
| 6.4 小结 | 第120-121页 |
| 第七章 全文结论 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-140页 |
| 附录 | 第140-150页 |
| 致谢 | 第150-151页 |
| 作者简历 | 第151-152页 |
