| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-48页 |
| 1 褶皱臂尾轮虫综述 | 第16-26页 |
| 1.1 形态学特征 | 第16-17页 |
| 1.2 褶皱臂尾轮虫分类 | 第17-18页 |
| 1.3 褶皱臂尾轮虫生活史 | 第18-24页 |
| 1.3.1 单性生殖 | 第18-19页 |
| 1.3.2 两性生殖 | 第19-20页 |
| 1.3.3 诱发两性生殖的因子 | 第20-23页 |
| 1.3.4 世代交替的意义 | 第23-24页 |
| 1.4 影响休眠卵孵化的因素 | 第24-25页 |
| 1.4.1 形成休眠卵的母体的遗传因素 | 第24页 |
| 1.4.2 保存方法对休眠卵孵化的影响 | 第24页 |
| 1.4.3 孵化条件对孵化率的影响 | 第24-25页 |
| 1.5 轮虫分子生物学研究进展 | 第25-26页 |
| 2 微卫星 DNA 标记及其应用研究综述 | 第26-46页 |
| 2.1 微卫星 DNA 分子标记的发展简史 | 第27-28页 |
| 2.2 微卫星 DNA 的特点及分类 | 第28-30页 |
| 2.2.1 微卫星 DNA 的特点 | 第28-29页 |
| 2.2.2 微卫星分类 | 第29-30页 |
| 2.3 微卫星 DNA 的生物学功能 | 第30-32页 |
| 2.3.1 微卫星可能作为染色质折叠的密码 | 第30页 |
| 2.3.2 微卫星的变化可能导致生物体性别的变化 | 第30页 |
| 2.3.3 微卫星与端粒和着丝粒的结构存在一定的关系 | 第30-31页 |
| 2.3.4 微卫星与结构基因的表达相关 | 第31页 |
| 2.3.5 微卫星的存在与蛋白质表达存在剂量效应 | 第31页 |
| 2.3.6 微卫星可以作为重组和复制的密码 | 第31页 |
| 2.3.7 微卫星 DNA 可以造成生物表型差异 | 第31-32页 |
| 2.4 微卫星分子标记方法的优势 | 第32-33页 |
| 2.4.1 微卫星标记杂合度高 | 第32页 |
| 2.4.2 共显性遗传 | 第32页 |
| 2.4.3 微卫星的多态性高 | 第32页 |
| 2.4.4 微卫星位点易扩增 | 第32页 |
| 2.4.5 引物通用性 | 第32-33页 |
| 2.4.6 微卫星标记易于检测 | 第33页 |
| 2.4.7 中性标记 | 第33页 |
| 2.5 微卫星多态性产生的机制 | 第33-35页 |
| 2.5.1 微卫星的产生和消亡 | 第33-34页 |
| 2.5.2 微卫星突变的产生机制 | 第34-35页 |
| 2.6 微卫星 DNA 分析的流程 | 第35-42页 |
| 2.6.1 微卫星位点筛选 | 第35-40页 |
| 2.6.2 微卫星扩增产物检测 | 第40-42页 |
| 2.7 微卫星 DNA 开发存在的问题 | 第42-44页 |
| 2.7.1 开发费时，成本高 | 第42页 |
| 2.7.2 微卫星影子带 | 第42-43页 |
| 2.7.3 无效等位基因 | 第43页 |
| 2.7.4 等位基因的扩增丢失 | 第43-44页 |
| 2.7.5 其他问题 | 第44页 |
| 2.8 微卫星 DNA 标记在水产动物中的应用 | 第44-46页 |
| 2.8.1 种群遗传多样性分析 | 第44-45页 |
| 2.8.2 种群系统进化分析 | 第45页 |
| 2.8.3 遗传连锁图谱的构建 | 第45-46页 |
| 2.8.4 QTL 定位分子标记辅助育种 | 第46页 |
| 3 本研究的意义和目的 | 第46-48页 |
| 第二章 褶皱臂尾轮虫微卫星 DNA 的开发 | 第48-66页 |
| 1 实验材料 | 第48-49页 |
| 1.1 样本来源和培养 | 第48页 |
| 1.2 主要试剂及配方 | 第48-49页 |
| 1.2.1 DNA 提取试剂 | 第48页 |
| 1.2.2 文库构建试剂 | 第48-49页 |
| 1.3 主要仪器 | 第49页 |
| 1.4 主要软件 | 第49页 |
| 2 实验方法 | 第49-57页 |
| 2.1 基因组 DNA 制备 | 第49-51页 |
| 2.1.1 样本预处理 | 第49-50页 |
| 2.1.2 基因组 DNA 的提取 | 第50页 |
| 2.1.3 基因组 DNA 浓度测定与质量检测 | 第50-51页 |
| 2.2 褶皱臂尾轮虫微卫星富集文库构建 | 第51-57页 |
| 2.2.1 微卫星富集文库构建 | 第51-56页 |
| 2.2.2 阳性克隆 PCR 筛选 | 第56-57页 |
| 2.2.3 测序结果处理 | 第57页 |
| 3 实验结果 | 第57-63页 |
| 3.1 基因组 DNA 提取和酶切 | 第57-58页 |
| 3.2 连接产物扩增 | 第58-59页 |
| 3.3 洗脱产物扩增和回收 | 第59页 |
| 3.4 转化结果 | 第59页 |
| 3.5 阳性克隆筛选 | 第59-60页 |
| 3.6 测序结果处理和微卫星 DNA 序列特征分析 | 第60-63页 |
| 4 讨论 | 第63-66页 |
| 4.1 褶皱臂尾轮虫大量基因组 DNA 的获取 | 第63页 |
| 4.2 微卫星 DNA 筛选方法和探针的选择 | 第63-64页 |
| 4.3 FIASCO 法构建微卫星文库 | 第64页 |
| 4.4 微卫星 DNA 的特征分析 | 第64-66页 |
| 第三章 褶皱臂尾轮虫微卫星位点的遗传多样性评估 | 第66-88页 |
| 1 实验材料 | 第66-68页 |
| 1.1 样本来源 | 第66页 |
| 1.2 主要试剂和配方 | 第66-67页 |
| 1.3 主要仪器 | 第67页 |
| 1.4 主要软件 | 第67-68页 |
| 2 实验方法 | 第68-73页 |
| 2.1 基因组 DNA 制备 | 第68页 |
| 2.2 微卫星引物设计和溶解 | 第68页 |
| 2.3 扩增条件优化 | 第68-69页 |
| 2.4 6%变性 PAGE 银染分型 | 第69-71页 |
| 2.4.1 玻璃板的处理 | 第69页 |
| 2.4.2 PAGE 凝胶制备 | 第69页 |
| 2.4.3 灌制凝胶 | 第69-70页 |
| 2.4.4 上样与电泳 | 第70页 |
| 2.4.5 银染 | 第70-71页 |
| 2.5 数据处理 | 第71-73页 |
| 2.5.1 数据读取 | 第71-72页 |
| 2.5.2 数据分析 | 第72-73页 |
| 3 实验结果 | 第73-81页 |
| 3.1 微卫星引物设计 | 第73页 |
| 3.2 微卫星引物退火温度摸索 | 第73-74页 |
| 3.3 微卫星引物多态性分析 | 第74-81页 |
| 3.3.1 对 41 个褶皱臂尾轮虫个体的微卫星多态性统计 | 第74-78页 |
| 3.3.2 褶皱臂尾轮虫微卫星引物多态性分析 | 第78-81页 |
| 4 讨论 | 第81-88页 |
| 4.1 PCR 体系优化以及引物设计、退火温度摸索 | 第81页 |
| 4.2 部分引物或个体不能得到扩增产物的原因 | 第81页 |
| 4.3 微卫星标记在褶皱臂尾轮虫姐妹种间的特异性 | 第81-82页 |
| 4.4 褶皱臂尾轮虫的甄别 | 第82-83页 |
| 4.4.1 褶皱臂尾轮虫与圆形臂尾轮虫的甄别 | 第83页 |
| 4.4.2 褶皱臂尾轮虫种复合体内姐妹种的甄别 | 第83页 |
| 4.5 微卫星 DNA 标记遗传学参数的选取及意义 | 第83-85页 |
| 4.6 褶皱臂尾轮虫微卫星多态性低的原因 | 第85-88页 |
| 4.6.1 褶皱臂尾轮虫微卫星序列的独特性 | 第85页 |
| 4.6.2 褶皱臂尾轮虫生活史的独特性 | 第85-86页 |
| 4.6.3 PAGE 分型技术的有限性 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 个人简历 | 第105页 |
| 在读期间完成论文 | 第105-106页 |
