| 目录 | 第6-11页 |
| 致谢 | 第11-12页 |
| 摘要 | 第12-14页 |
| Abstract | 第14-15页 |
| 1 绪论 | 第16-35页 |
| 1.1 我国蔬菜病毒病的研究现状 | 第16-21页 |
| 1.1.1 生物学检测法 | 第17页 |
| 1.1.2 电镜检测技术 | 第17-18页 |
| 1.1.3 血清学方法 | 第18-20页 |
| 1.1.4 分子生物学检测技术 | 第20-21页 |
| 1.2 常见蔬菜病毒病 | 第21-29页 |
| 1.2.1 烟草花叶病毒 | 第21-22页 |
| 1.2.2 番茄斑萎病毒 | 第22-23页 |
| 1.2.3 黄瓜花叶病毒 | 第23-25页 |
| 1.2.4 番茄黄化曲叶病毒 | 第25-26页 |
| 1.2.5 番茄花叶病毒 | 第26-27页 |
| 1.2.6 黄瓜绿斑驳花叶病毒 | 第27-28页 |
| 1.2.7 蚕豆萎蔫病毒 | 第28页 |
| 1.2.8 芜菁花叶病毒 | 第28-29页 |
| 1.3 第二代测序技术 | 第29-34页 |
| 1.3.1 NGS在生物学中的一些应用 | 第30页 |
| 1.3.2 利用NGS挖掘植物病毒资源 | 第30-33页 |
| 1.3.3 NGS发现病毒的优势和局限性 | 第33-34页 |
| 1.4 研究内容及意义 | 第34-35页 |
| 2 Dot-ELISA检测浙江省和江西省蔬菜病毒病 | 第35-54页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-37页 |
| 2.1.1 样品采集的方法 | 第35-36页 |
| 2.1.2 Dot-ELISA方法检测病毒 | 第36-37页 |
| 2.2 样品采集信息 | 第37-40页 |
| 2.2.1 样品采集时间、地点及寄主 | 第37-39页 |
| 2.2.2 统计样品采集数量 | 第39-40页 |
| 2.3 结果与分析 | 第40-52页 |
| 2.3.1 浙江省蔬菜病毒病的发病情况 | 第40-48页 |
| 2.3.2 江西省蔬菜病毒病的发病情况 | 第48-52页 |
| 2.4 讨论 | 第52-54页 |
| 3. small RNA深度测序技术挖掘蔬菜新病毒 | 第54-67页 |
| 3.1 材料与方法 | 第54-59页 |
| 3.1.1 病叶组织总RNA的提取 | 第54-55页 |
| 3.1.2 RNA质量验证 | 第55页 |
| 3.1.3 小RNA深度测序样品统计 | 第55-58页 |
| 3.1.4 文库构建和Illumia测序 | 第58页 |
| 3.1.5 测序结果分析流程 | 第58-59页 |
| 3.2 small RNA深度测序结果分析 | 第59-65页 |
| 3.2.1 葫芦科样品小RNA深度测序结果 | 第59-60页 |
| 3.2.2 豆科样品深度测序结果 | 第60-61页 |
| 3.2.3 茄科样品深度测序结果 | 第61-63页 |
| 3.2.4 芝麻样品深度测序结果 | 第63-64页 |
| 3.2.5 甘薯样品深度测序结果 | 第64-65页 |
| 3.3 讨论 | 第65-67页 |
| 4. 常见病毒病的变异进化分析 | 第67-101页 |
| 4.1 材料与方法 | 第67-74页 |
| 4.1.1 植物总DNA提取(CTAB法) | 第67-68页 |
| 4.1.2 试验材料 | 第68页 |
| 4.1.3 逆转录 | 第68-69页 |
| 4.1.4 引物 | 第69-71页 |
| 4.1.5 普通PCR反应 | 第71-72页 |
| 4.1.6 PCR产物纯化 | 第72页 |
| 4.1.7 连接 | 第72-73页 |
| 4.1.8 感受态细胞的制备 | 第73页 |
| 4.1.9 转化 | 第73-74页 |
| 4.1.10 筛板 | 第74页 |
| 4.1.11 序列分析 | 第74页 |
| 4.2 病毒变异进化分析 | 第74-99页 |
| 4.2.1 黄瓜花叶病毒(CMV) | 第74-76页 |
| 4.2.2 番茄花叶病毒(ToMV) | 第76-77页 |
| 4.2.3 蚕豆萎蔫病毒(BBWV) | 第77-78页 |
| 4.2.4 黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV) | 第78-79页 |
| 4.2.5 芜菁花叶病毒(TuMV) | 第79-80页 |
| 4.2.6 番茄黄化曲叶病毒(TYLCV) | 第80-81页 |
| 4.2.7 西瓜花叶病毒(WMV) | 第81-83页 |
| 4.2.8 小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV) | 第83-85页 |
| 4.2.9 南方番茄病毒(STV) | 第85-86页 |
| 4.2.10 红辣椒脉斑驳病毒(ChiVMV) | 第86-88页 |
| 4.2.11 辣椒轻斑驳病毒(PMMoV) | 第88-89页 |
| 4.2.12 马铃薯X病毒(PVX) | 第89-90页 |
| 4.2.13 马铃薯Y病毒(PVY) | 第90-91页 |
| 4.2.14 菜豆普通花叶病毒(BCMV) | 第91-92页 |
| 4.2.15 甜瓜黄斑病毒(MYSV) | 第92-93页 |
| 4.2.16 瓜类褪绿黄化病毒(CCYV) | 第93-94页 |
| 4.2.17 甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV) | 第94-95页 |
| 4.2.18 甘薯C病毒(SPVC) | 第95页 |
| 4.2.19 甘薯G病毒(SPVG) | 第95-96页 |
| 4.2.20 甘薯潜隐病毒(SPLV) | 第96-97页 |
| 4.2.21 苎麻花叶病毒(RaMoV) | 第97页 |
| 4.2.22 花生条纹病毒(PSV) | 第97-98页 |
| 4.2.23 番木瓜环斑病毒(PRSV) | 第98-99页 |
| 4.3 讨论 | 第99-101页 |
| 5 首次检测到的病毒 | 第101-122页 |
| 5.1 材料与方法 | 第101页 |
| 5.2 引物 | 第101-103页 |
| 5.3 辣椒斑驳病毒(PepMoV) | 第103-109页 |
| 5.3.1 PepMoV的田间检测 | 第103-104页 |
| 5.3.2 PepMoV全基因组序列的获得 | 第104页 |
| 5.3.3 PepMoV全基因组序列的比较分析 | 第104-109页 |
| 5.3.4 讨论 | 第109页 |
| 5.4 辣椒隐症病毒(PCV) | 第109-111页 |
| 5.4.1 PCV的验证 | 第109-110页 |
| 5.4.2 PCV全基因组序列分析 | 第110页 |
| 5.4.3 PCV全基因组序列比较 | 第110-111页 |
| 5.4.4 讨论 | 第111页 |
| 5.5 大豆褪绿斑驳病毒(SoyCMV) | 第111-113页 |
| 5.5.1 SoyCMV的验证 | 第111-112页 |
| 5.5.2 SoyCMV全基因组序列的获得 | 第112页 |
| 5.5.3 SoyCMV全基因组序列的比较 | 第112-113页 |
| 5.5.4 讨论 | 第113页 |
| 5.6 紫云英矮缩病毒(MDV) | 第113-116页 |
| 5.6.1 MDV的验证 | 第113-114页 |
| 5.6.2 MDV部分组份全基因组序列的获得 | 第114页 |
| 5.6.3 MDV部分组份全基因组序列的分析 | 第114-115页 |
| 5.6.4 讨论 | 第115-116页 |
| 5.7 甘薯杆状DNA病毒(SPBV) | 第116-118页 |
| 5.7.1 甘薯杆状DNA病毒B(SPBV-B)的验证 | 第116页 |
| 5.7.2 SPBV-B全基因组序列的获得 | 第116-117页 |
| 5.7.3 SPBV-B全基因组序列的比较分析 | 第117页 |
| 5.7.4 讨论 | 第117-118页 |
| 5.8 紫荆黄环斑病毒(RYRV) | 第118-122页 |
| 5.8.1 RYRV的验证 | 第118页 |
| 5.8.2 RYRV全基因组序列的获得 | 第118-119页 |
| 5.8.3 RYRV全基因组序列的比较分析 | 第119-120页 |
| 5.8.4 讨论 | 第120-122页 |
| 6 浙江省和江西省蔬菜病毒病种类和发生分布 | 第122-128页 |
| 6.1 浙江省蔬菜病毒病种类和发生分布 | 第122-123页 |
| 6.2 江西省蔬菜病毒病种类和发生分布 | 第123-124页 |
| 6.3 统计病毒病的发生情况 | 第124-126页 |
| 6.4 讨论 | 第126-128页 |
| 7 全文小结 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-140页 |
| 附录A 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第140-141页 |
