| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 常用缩略词表 | 第6-10页 |
| 1 前言 | 第10-18页 |
| 1.1 拷贝数变异的基本概述 | 第10-14页 |
| 1.2 CNV与性状的相关性 | 第14-15页 |
| 1.3 CNP与SNP的连锁不平衡分析 | 第15-16页 |
| 1.4 CNV对基因表达的影响 | 第16页 |
| 1.5 功能候选基因SOX6基因的研究 | 第16-18页 |
| 1.6 本研究目的及意义 | 第18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第18页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第18-19页 |
| 2.2 实验方法 | 第19-30页 |
| 2.2.1 数据统计分析与生物信息学分析 | 第19-21页 |
| 2.2.2 血液采集及基因组DNA的抽提和检测 | 第21-22页 |
| 2.2.3 组织总RNA提取及检测 | 第22页 |
| 2.2.4 总RNA的反转录 | 第22页 |
| 2.2.5 实时荧光定量PCR | 第22-24页 |
| 2.2.6 DNA拷贝数变异的检测 | 第24页 |
| 2.2.7 细胞功能实验 | 第24-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-64页 |
| 3.1 CNV的遗传规律和多态性 | 第30-35页 |
| 3.1.1 CNV的遗传规律 | 第30-35页 |
| 3.1.2 拷贝数多态（CNP）的筛选 | 第35页 |
| 3.2 CNP与鸡重要经济性状的关联性 | 第35-41页 |
| 3.2.1 CNP与鸡生长性状的相关性 | 第36页 |
| 3.2.2 CNP与鸡屠体性状的相关 | 第36页 |
| 3.2.3 CNP与鸡肉质性状的相关 | 第36-41页 |
| 3.3 与鸡生长性状相关CNP的功能分析 | 第41-51页 |
| 3.3.1 候选CNP区域的qPCR验证 | 第41-43页 |
| 3.3.2 候选CNP与邻近SNP的连锁不平衡分析 | 第43-45页 |
| 3.3.3 在其他群体中筛选候选CNP变异个体 | 第45-51页 |
| 3.4 鸡不同拷贝数变异基因SOX6的表达差异 | 第51-54页 |
| 3.4.1 组织RNA的提取和反转录 | 第51页 |
| 3.4.2 SOX6基因的mRNA在鸡的各组织中的特异性表达 | 第51-53页 |
| 3.4.3 SOX6基因不同拷贝数类型之间mRNA的表达差异 | 第53-54页 |
| 3.5 SOX6基因的克隆及生物信息学分析 | 第54-60页 |
| 3.5.1 SOX6基因编码序列的克隆及测序 | 第54页 |
| 3.5.2 不同物种间SOX6基因编码序列比对分析 | 第54-55页 |
| 3.5.3 不同物种SOX6蛋白的系统进化树 | 第55-56页 |
| 3.5.4 SOX6蛋白理化性质分析 | 第56-57页 |
| 3.5.5 SOX6蛋白亲/疏水性分析 | 第57页 |
| 3.5.6 SOX6蛋白磷酸化位点的预测 | 第57-58页 |
| 3.5.7 SOX6蛋白二级结构的预测 | 第58页 |
| 3.5.8 SOX6蛋白三级结构的预测 | 第58-59页 |
| 3.5.9 SOX6蛋白无序区域的预测 | 第59-60页 |
| 3.6 鸡SOX6在细胞水平的功能验证 | 第60-64页 |
| 3.6.1 SOX6基因过表达载体的构建 | 第60-61页 |
| 3.6.2 鹌鹑成肌细胞的培养 | 第61页 |
| 3.6.3 鹌鹑成肌细胞的转染 | 第61-62页 |
| 3.6.4 过表达SOX6对成肌细胞周期的影响 | 第62-63页 |
| 3.6.5 干扰SOX6对候选功能基因表达的影响 | 第63-64页 |
| 4 讨论 | 第64-72页 |
| 4.1 CNV的遗传规律 | 第64-66页 |
| 4.2 CNP与重要经济性状的关联分析结果 | 第66-67页 |
| 4.3 候选CNP与邻近SNP的连锁不平衡 | 第67-68页 |
| 4.4 鸡SOX6的组织表达差异分析 | 第68-69页 |
| 4.5 不同拷贝数CNV对鸡SOX6基因表达的影响 | 第69页 |
| 4.6 鸡SOX6基因促进机体的生长和发育 | 第69-70页 |
| 4.7 SOX6蛋白理化性质和结构受基因的CNV影响 | 第70-72页 |
| 5 结论 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-80页 |
