| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第14-34页 |
| 1.1 煤污病及其致病菌 | 第14-17页 |
| 1.1.1 煤污病概述 | 第14-15页 |
| 1.1.2 苹果煤污病 | 第15-17页 |
| 1.2 植物病原真菌 | 第17-23页 |
| 1.2.1 植物病原真菌的寄生方式 | 第17-18页 |
| 1.2.2 植物病原真菌的侵染策略 | 第18-19页 |
| 1.2.3 植物致病真菌的起源与演化 | 第19-23页 |
| 1.3 真菌基因组学研究 | 第23-26页 |
| 1.3.1 真菌全基因组测序的发展 | 第23-24页 |
| 1.3.2 基因组测序技术 | 第24-25页 |
| 1.3.3 比较基因组学和植物病原真菌 | 第25-26页 |
| 1.4 真菌致病性相关的基因家族 | 第26-33页 |
| 1.4.1 植物细胞壁降解酶 | 第26-28页 |
| 1.4.2 次级代谢产物合成酶 | 第28-30页 |
| 1.4.3 膜转运蛋白 | 第30-32页 |
| 1.4.4 分泌肽酶和效应蛋白 | 第32-33页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 果生月盾霉基因组学：从侵略性植物致病菌到外寄生菌 | 第34-78页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 材料和方法 | 第34-44页 |
| 2.2.1 供试菌株 | 第34-35页 |
| 2.2.2 田间接种 | 第35页 |
| 2.2.3 DNA和RNA提取 | 第35-36页 |
| 2.2.4 基因组测序及组装 | 第36-37页 |
| 2.2.5 基因组重复序列分析 | 第37页 |
| 2.2.6 基因结构预测与注释 | 第37-38页 |
| 2.2.7 多基因家族和系统发育分析 | 第38-39页 |
| 2.2.8 碳水化合物活性酶和植物细胞壁降解酶 | 第39-42页 |
| 2.2.9 分泌组、分泌肽酶和小分泌蛋白 | 第42页 |
| 2.2.10 次级代谢产物合成酶编码基因 | 第42页 |
| 2.2.11 果生月盾霉在苹果果实表面的显微镜检测 | 第42-43页 |
| 2.2.12 cDNA文库构建和测序 | 第43页 |
| 2.2.13 转录组数据分析 | 第43-44页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第44-77页 |
| 2.3.1 果生月盾霉的基因组测序、拼接及主要特征 | 第44-47页 |
| 2.3.2 果生月盾霉的转录组分析 | 第47-50页 |
| 2.3.3 系统发育分析和基因家族鉴定 | 第50-53页 |
| 2.3.4 分泌肽酶和候选效应蛋白的显著性缺失 | 第53-58页 |
| 2.3.5 植物细胞壁降解酶的缺失 | 第58-68页 |
| 2.3.6 弱化的次级代谢和有效的黑色素生物合成 | 第68-69页 |
| 2.3.7 果生月盾霉在苹果果实上的定殖策略 | 第69-75页 |
| 2.3.8 煤污病病原真菌的演化模式 | 第75-77页 |
| 2.4 结论 | 第77-78页 |
| 第三章 煤污病菌比较基因组和基因组进化分析 | 第78-101页 |
| 3.1 引言 | 第78-79页 |
| 3.2 材料和方法 | 第79-81页 |
| 3.2.1 真菌菌株和DNA制备 | 第79页 |
| 3.2.2 基因组测序和拼装 | 第79页 |
| 3.2.3 基因结构预测与注释 | 第79页 |
| 3.2.4 基因组共线性分析 | 第79页 |
| 3.2.5 重复序列和重复诱导点突变分析 | 第79页 |
| 3.2.6 特定类别基因的注释 | 第79-80页 |
| 3.2.7 多基因家族和系统发育分析 | 第80页 |
| 3.2.8 物种特异性HGT候选基因的鉴定 | 第80-81页 |
| 3.3 结果与分析 | 第81-97页 |
| 3.3.1 基因组测序、拼接及主要特征 | 第81-83页 |
| 3.3.2 基因家族和系统发育分析 | 第83-86页 |
| 3.3.3 煤污病菌致病相关基因的匮乏 | 第86-91页 |
| 3.3.4 基因家族的演化 | 第91-93页 |
| 3.3.5 基因的转移水平 | 第93-94页 |
| 3.3.6 重复诱导点突变 | 第94-97页 |
| 3.4 讨论 | 第97-101页 |
| 第四章 全文总结 | 第101-103页 |
| 4.1 研究结果 | 第101-102页 |
| 4.2 论文创新点 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 作者简介 | 第119页 |
