| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| ·研究背景 | 第9-10页 |
| ·研究内容与意义 | 第10-12页 |
| ·国内外研究现状 | 第12-15页 |
| ·两类比对方法 | 第12页 |
| ·三种高效比对工具 | 第12-13页 |
| ·BWT算法原理 | 第13-15页 |
| ·论文结构 | 第15-16页 |
| 第二章 稀疏索引算法原理 | 第16-24页 |
| ·引言 | 第16-17页 |
| ·比对数据及其格式 | 第17-18页 |
| ·稀疏索引原理 | 第18-21页 |
| ·碱基比对面临的挑战 | 第18页 |
| ·稀疏索引的构建原理 | 第18-20页 |
| ·基于稀疏索引的比对过程 | 第20-21页 |
| ·稀疏索引算法与传统比对算法的区别 | 第21-23页 |
| ·构建索引的区别 | 第21-22页 |
| ·稀疏索引比对方法的优缺点 | 第22-23页 |
| ·本章小结 | 第23-24页 |
| 第三章 CompMap工具——多基因组间比对与物种鉴定 | 第24-35页 |
| ·引言 | 第24-25页 |
| ·CompMap工具设计原理及实现 | 第25-29页 |
| ·CompMap实现流程 | 第25-26页 |
| ·基因组间的比对 | 第26-29页 |
| ·CompMap工具的测试实验 | 第29-33页 |
| ·CompMap测试实验设计 | 第29-30页 |
| ·实验数据 | 第30-31页 |
| ·实验结果及分析 | 第31-33页 |
| ·本章小结 | 第33-35页 |
| 第四章 ReadBestMap工具——最优匹配与基于参考基因组压缩 | 第35-42页 |
| ·引言 | 第35-36页 |
| ·短读对基因组的最佳匹配 | 第36-38页 |
| ·ReadBestMap工具测试实验 | 第38-41页 |
| ·ReadBestMap测试实验设计 | 第38-39页 |
| ·实验数据 | 第39-40页 |
| ·实验结果及分析 | 第40-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第五章 总结与展望 | 第42-44页 |
| ·研究工作总结 | 第42-43页 |
| ·未来研究工作展望 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 附录 | 第48-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第52-53页 |