Fis蛋白在沙门氏菌中的全局调控网络及其对致病岛的调控机制研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-80页 |
| 第一节 沙门氏菌的研究现状 | 第13-35页 |
| ·沙门氏菌的生物学特征及分类 | 第13-14页 |
| ·多重抗药性沙门氏菌的威胁 | 第14页 |
| ·沙门氏菌的致病性及致病机制 | 第14-31页 |
| ·钴胺素在沙门氏菌中的合成 | 第31-35页 |
| 第二节 高通量测序与转录组学 | 第35-41页 |
| ·RNA | 第36页 |
| ·高通量测序技术 | 第36-41页 |
| 第三节 原核转录组研究现况 | 第41-51页 |
| ·转录组研究方法 | 第42-44页 |
| ·转录组的复杂性 | 第44-49页 |
| ·宏转录组 | 第49-51页 |
| 第四节 核酸结合蛋白FIS的研究背景 | 第51-78页 |
| ·核酸结合蛋白 | 第51-62页 |
| ·Fis蛋白 | 第62-64页 |
| ·Fis影响沙门氏菌与大肠杆菌的DNA超螺旋化 | 第64-65页 |
| ·Fis蛋白在转录调控中的作用 | 第65-73页 |
| ·Fis蛋白在基因组上结合位点的研究进展 | 第73-78页 |
| 第五节 本课题的研究内容及意义 | 第78-80页 |
| 第二章 材料与方法 | 第80-103页 |
| 第一节 实验材料 | 第80-92页 |
| ·菌株与细胞株 | 第80-81页 |
| ·基因组与引物 | 第81-88页 |
| ·仪器和设备 | 第88-89页 |
| ·试剂及试剂盒 | 第89-92页 |
| 第二节 实验方法 | 第92-103页 |
| ·细菌培养 | 第92页 |
| ·基因克隆,敲除与插入 | 第92-93页 |
| ·RT-PCR | 第93-94页 |
| ·染色体免疫共沉淀(ChIP-Seq)样品制备 | 第94页 |
| ·转录组测序样品制备 | 第94-96页 |
| ·文库构建与测序 | 第96页 |
| ·细胞侵染实验 | 第96-97页 |
| ·胶迁移实验 | 第97-98页 |
| ·预测的sRNA 5’末端测定 | 第98-101页 |
| ·生物信息学分析 | 第101-103页 |
| 第三章 实验结果与讨论 | 第103-159页 |
| 第一节 FIS在沙门氏菌中结合位点分析 | 第103-108页 |
| ·测序数据 | 第103-104页 |
| ·结合位点特征 #,92 | 第104-105页 |
| ·统计motif | 第105-107页 |
| ·与大肠杆菌差异 | 第107-108页 |
| 第二节 对数中期转录组测序及FIS调控网络分析 | 第108-131页 |
| ·转录组测序结果 | 第108-109页 |
| ·Fis转录调控基因COG分类 | 第109-110页 |
| ·Fis转录调控基因与已报道数据比较 | 第110-118页 |
| ·调控网络分析 | 第118-126页 |
| ·Fis蛋白调控沙门氏菌LT2毒性的机制 | 第126-131页 |
| 第三节 FIS对沙门氏菌致病岛基因的调控机制 | 第131-142页 |
| ·Fis蛋白在沙门氏菌致病岛上的结合位点 | 第131-132页 |
| ·Fis蛋白调控致病岛基因的分子机制 | 第132-142页 |
| 第四节 FIS蛋白在对数早期调控基因 | 第142-149页 |
| ·对数早期Fis的调控基因 | 第142-143页 |
| ·对数早期和中期Fis调控基因的比较 | 第143-145页 |
| ·对数早期Fis调控基因与已报道基因的比较 | 第145-149页 |
| 第五节 预测SRNA及验证 | 第149-159页 |
| ·预测sRNA的标准 | 第149-150页 |
| ·对数早期转录组中预测的sRNA | 第150-152页 |
| ·对数中期转录组中预测的sRNA | 第152-153页 |
| ·实验验证预测的sRNA | 第153-159页 |
| 第四章 结论 | 第159-160页 |
| 参考文献 | 第160-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
| 个人简历 在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第178页 |
