| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 英文缩略表 | 第13-14页 |
| 第一章 序言 | 第14-32页 |
| ·表达序列标签（ESTs）概述 | 第14-16页 |
| ·EST 序列的获取 | 第14-15页 |
| ·Unigene 数据库 | 第15页 |
| ·EST 序列的提交 | 第15-16页 |
| ·ESTs 研究的存在的问题与展望 | 第16页 |
| ·基于新一代高通量测序技术的转录组测序（RNA-seq） | 第16-20页 |
| ·新一代高通量测序技术 | 第16-18页 |
| ·转录组测序（RNA-seq） | 第18-19页 |
| ·基因表达系列标签（Serial analysis of gene expression，SAGE） | 第19-20页 |
| ·SSR 分子标记研究进展 | 第20-25页 |
| ·基于文库构建的 SSR 分子标记的开发 | 第20-22页 |
| ·基于 EST 数据的 SSR 分子标记的开发 | 第22-24页 |
| ·SSR 引物的可转移性 | 第24-25页 |
| ·SSR 标记的应用 | 第25页 |
| ·SNP 分子标记的研究进展 | 第25-29页 |
| ·SNP 分子标记的概述 | 第25-26页 |
| ·SNP 位点的发现 | 第26页 |
| ·SNP 分型方法 | 第26-29页 |
| ·SNP 标记在林木研究中的应用 | 第29页 |
| ·茶树 SSR 和 SNP 分子标记开发研究进展 | 第29-30页 |
| ·立题意义与技术路线 | 第30-32页 |
| ·立题意义 | 第30页 |
| ·研究内容 | 第30-31页 |
| ·技术路线 | 第31-32页 |
| 第二章 茶树 EST 聚类及 Unigene 数据库构建 | 第32-39页 |
| ·材料与方法 | 第32-34页 |
| ·序列来源及下载 | 第32-33页 |
| ·序列格式转换 | 第33页 |
| ·EST 序列预处理 | 第33页 |
| ·茶树EST 聚类 | 第33-34页 |
| ·茶树Unigene 数据库构建 | 第34页 |
| ·结果与分析 | 第34-37页 |
| ·茶树表达序列标签（ESTs）数据 | 第34-36页 |
| ·EST 预处理结果 | 第36页 |
| ·EST 聚类拼接 | 第36-37页 |
| ·茶树 Unigene 数据库构建 | 第37页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| ·公共茶树 EST 数据的冗余性 | 第37-38页 |
| ·茶树 Unigene 数据库 | 第38-39页 |
| 第三章 茶树 EST-SSRs 分布特征及标记开发 | 第39-45页 |
| ·材料与方法 | 第39-41页 |
| ·EST-SSRs 的搜索 | 第39页 |
| ·EST-SSRs 的引物设计 | 第39-40页 |
| ·试验材料 | 第40页 |
| ·EST-SSR 引物的初步筛选 | 第40页 |
| ·DNA 提取和检测 | 第40页 |
| ·SSR 扩增和电泳 | 第40-41页 |
| ·数据处理 | 第41页 |
| ·结果和分析 | 第41-44页 |
| ·软件 SSRIT 对茶树 Unigene 序列的 SSR 搜寻结果 | 第41-42页 |
| ·茶树 EST-SSRs 的分布特征 | 第42-43页 |
| ·茶树 EST-SSR 引物的筛选 | 第43-44页 |
| ·讨论 | 第44-45页 |
| 第四章 基于 SSR 分子标记的茶树地方品种遗传多样性取样策略研究 | 第45-52页 |
| ·材料与方法 | 第46-47页 |
| ·试验材料 | 第46页 |
| ·DNA 的提取 | 第46页 |
| ·SSR 引物的来源 | 第46页 |
| ·PCR 扩增和产物检测 | 第46页 |
| ·数据处理 | 第46-47页 |
| ·结果与分析 | 第47-50页 |
| ·样本量对茶树地方品种遗传多样性参数值估算的影响 | 第47-48页 |
| ·SSR 引物的等位基因数差异对遗传多样性参数值估算的影响 | 第48-49页 |
| ·遗传多样性参数和SSR 引物等位基因数对达到90%总体遗传多样性所需样本量的影响 | 第49-50页 |
| ·讨论 | 第50-52页 |
| ·样本量对茶树地方品种遗传多样性参数值估算的影响 | 第50页 |
| ·SSR 引物的等位基因数差异对遗传多样性参数值估算的影响 | 第50页 |
| ·遗传多样性参数和SSR 引物等位基因数对达到90%总体遗传多样性所需样本量的影响 | 第50-52页 |
| 第五章 基于 SSR 分子标记的龙井群体种遗传多样性及遗传分化研究 | 第52-61页 |
| ·材料与方法 | 第52-56页 |
| ·材料 | 第52-56页 |
| ·DNA 的提取 | 第56页 |
| ·SSR 引物来源 | 第56页 |
| ·PCR 扩增和产物检测 | 第56页 |
| ·数据处理 | 第56页 |
| ·结果与分析 | 第56-60页 |
| ·遗传多样性分析 | 第56-58页 |
| ·龙井群体种的哈迪-温伯格平衡检验 | 第58页 |
| ·龙井群体种的遗传分化研究 | 第58-60页 |
| ·讨论 | 第60-61页 |
| 第六章 茶树 EST-SNP 分布特征及标记开发 | 第61-68页 |
| ·材料与方法 | 第61-63页 |
| ·材料 | 第61页 |
| ·DNA 的提取 | 第61页 |
| ·EST 序列来源及处理 | 第61-62页 |
| ·EST-SNP 位点搜索 | 第62页 |
| ·PCR 扩增及检测 | 第62页 |
| ·PCR 产物的切胶纯化 | 第62-63页 |
| ·EST-SNP 位点的分型检测 | 第63页 |
| ·DNA 测序结果分析 | 第63页 |
| ·结果和分析 | 第63-66页 |
| ·茶树 EST-SNP 分布特征 | 第63-64页 |
| ·EST-SNP 位点的PCR 引物设计 | 第64-65页 |
| ·EST-SNP 引物的筛选 | 第65页 |
| ·EST-SNP 位点的验证 | 第65-66页 |
| ·讨论 | 第66-68页 |
| ·茶树 EST-SNP 出现的频率及突变类型 | 第66-67页 |
| ·茶树基因组DNA 的杂合率的推算 | 第67页 |
| ·茶树EST-SNP 的分型 | 第67-68页 |
| 第七章 茶树花的转录组测序及基于 Perl 语言的 SSR 引物开发 | 第68-96页 |
| ·材料与方法 | 第68-72页 |
| ·材料及处理 | 第68页 |
| ·总RNA 提取及检测 | 第68页 |
| ·mRNA 的分离 | 第68-69页 |
| ·转录组测序 | 第69页 |
| ·序列拼接 | 第69-70页 |
| ·基因表达量计算方法 | 第70页 |
| ·功能注释、分类和代谢途径分析 | 第70-72页 |
| ·预测编码蛋白框 | 第72页 |
| ·基于perl 语言的简单重复序列分析(SSR) 搜索 | 第72页 |
| ·基于perl 的SSR 引物设计 | 第72页 |
| ·结果和分析 | 第72-93页 |
| ·RNA 提取及检测 | 第72-73页 |
| ·转录组测序产量及组装 | 第73-77页 |
| ·茶树花转录组的基因表达量分布 | 第77-78页 |
| ·茶树花转录组的功能注释 | 第78-80页 |
| ·茶树花转录组的 GO 分类 | 第80-81页 |
| ·茶树花转录组的 COG 分类 | 第81-82页 |
| ·茶树花转录组的代谢通路分析 | 第82-88页 |
| ·预测编码蛋白框（Coding sequence, CDS） | 第88-90页 |
| ·茶树花转录组序列中SSR 分布特征 | 第90-93页 |
| ·SSR 引物批量设计 | 第93页 |
| ·讨论 | 第93-96页 |
| ·茶树花转录组测序及功能注释 | 第93-94页 |
| ·茶树花转录组中 SSR 位点的分布特征 | 第94-95页 |
| ·基于 Perl 语言的 SSR 位点批量挖掘 | 第95-96页 |
| 第八章 全文结论与展望 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 作者简历 | 第113-114页 |
| 在读期间发表的主要学术论文 | 第114页 |
