| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| LIST OF ABBREVIATION | 第17-19页 |
| Chapter1 Introduction | 第19-38页 |
| 1.1 Rice(Oryza sativa) | 第19-20页 |
| 1.1.1 Indica and japonica rice | 第19-20页 |
| 1.2 Rice and future challenges | 第20页 |
| 1.3 Photosynthesis | 第20-24页 |
| 1.3.1 C3 Photosynthesis | 第21-23页 |
| 1.3.2 C4 Photosynthesis | 第23-24页 |
| 1.3.3 The site of photosynthesis in plants | 第24页 |
| 1.4 Epigenetic regulation of photosynthesis in rice | 第24-26页 |
| 1.5 DNA methylation | 第26-31页 |
| 1.5.1 DNA Adenine Methylation(6mA)In Plants | 第27-29页 |
| 1.5.2 DNA Cytosine Methylation(5mC) | 第29-31页 |
| 1.6 RNA directed DNA methylation (RdDM) pathway | 第31-32页 |
| 1.7 DNA demethylation | 第32页 |
| 1.8 DNA methyltransferases and their functions | 第32-33页 |
| 1.9 DNA demethylases and their functions | 第33-34页 |
| 1.10 Methods for detecting DNA Methylation | 第34-36页 |
| 1.11 Significance and objectives of the study | 第36-38页 |
| Chapter2 Evaluation of leaf color,grain yield,gas exchange measurement,chlorophyll florescence and photosynthetic pigments in indica and japonica rice | 第38-52页 |
| 2.1 Summary | 第38页 |
| 2.2 Introduction | 第38-40页 |
| 2.3 Material and Methods | 第40-42页 |
| 2.3.1 Plant material and growth conditions | 第40页 |
| 2.3.2 Chlorophyll Contents | 第40-41页 |
| 2.3.3 Gas Exchange measurements | 第41页 |
| 2.3.4 Chlorophyll florescence measurements | 第41页 |
| 2.3.5 Assessment of yield and other related traits | 第41-42页 |
| 2.3.6 Statistical analysis | 第42页 |
| 2.4 Results | 第42-49页 |
| 2.4.1 Assessment of Leaf color variation | 第42-43页 |
| 2.4.2 Assessment of yield and other related traits | 第43-44页 |
| 2.4.3 Flag leaf chlorophyll contents and chlorophyll a/b ratio | 第44-46页 |
| 2.4.4 Variation in photosynthesis rate and other gas-exchange traits | 第46-48页 |
| 2.4.5 Variation in chlorophyll florescence parameters | 第48-49页 |
| 2.5 Discussion | 第49-52页 |
| 2.5.1 Leaf color | 第49-50页 |
| 2.5.2 Leaf chlorophyll contents | 第50页 |
| 2.5.3 Gas exchange | 第50-51页 |
| 2.5.4 Chlorophyll Florescence | 第51-52页 |
| Chapter3 Characterization of key photosynthesis related genes in Rice | 第52-69页 |
| 3.1 Summary | 第52页 |
| 3.2 Introduction | 第52-53页 |
| 3.3 Material and Methods | 第53-57页 |
| 3.3.1 Plant materials and growth conditions | 第53页 |
| 3.3.2 Gene identification and sequence analysis | 第53-55页 |
| 3.3.3 RNA isolation | 第55页 |
| 3.3.4 Quantification of RNA on Nano-drop spectrophotometer | 第55-56页 |
| 3.3.5 cDNA synthesis | 第56页 |
| 3.3.6 Quantitative real time PCR(qRT-PCR) | 第56-57页 |
| 3.4 Results | 第57-65页 |
| 3.4.1 Expression pattern of key photosynthetic genes in rice | 第57-58页 |
| 3.4.2 Expression Pattern of PEPC and PEPC | 第58页 |
| 3.4.3 Expression Pattern of NADP-ME and NADP-MDH | 第58-59页 |
| 3.4.4 Expression Pattern of PPDK and PPDK-RP | 第59-60页 |
| 3.4.5 Expression Pattern of PP and AK | 第60页 |
| 3.4.6 Expression Pattern of NAD-ME and MEP3A | 第60-61页 |
| 3.4.7 Expression Pattern of TPT and PPT | 第61-62页 |
| 3.4.8 Expression Pattern of PCK and CA | 第62页 |
| 3.4.9 Expression Pattern of ASPAT and GLK | 第62-63页 |
| 3.4.10 Expression Pattern of Phytochromes PHYA and PHYB | 第63-64页 |
| 3.4.11 Expression Pattern of RBCS and RBCACT | 第64页 |
| 3.4.12 Expression Pattern of AMT1 and DiT | 第64-65页 |
| 3.5 Discussion | 第65-69页 |
| 3.5.1 Regulation of key photosynthesis pathway genes | 第65-67页 |
| 3.5.2 Transporters and translocators in photosynthesis pathway | 第67-69页 |
| Chapter4 Estimation of global and photosynthetic gene specific associated methylation levels in Rice | 第69-85页 |
| 4.1 Summary | 第69页 |
| 4.2 Introduction | 第69-71页 |
| 4.3 Material and methods | 第71-77页 |
| 4.3.1 Plant materials and growth conditions | 第71-72页 |
| 4.3.2 DNA extraction | 第72页 |
| 4.3.3 Dot blot assay | 第72-74页 |
| 4.3.4 Liquid Chromatography-Mass Spectrometry(LC-MS/MS)assay | 第74页 |
| 4.3.5 Bisulfite conversion and sequencing | 第74-77页 |
| 4.3.6 Data analysis | 第77页 |
| 4.4 Results | 第77-83页 |
| 4.4.1 Dot Blot analysis of DNA modifications | 第77-79页 |
| 4.4.2 LC-MS/MS analysis of DNA modifications | 第79-83页 |
| 4.5 Discussions | 第83-85页 |
| 4.5.1 DNA modifications are dynamic in plants | 第83-85页 |
| Chapter5 Conclusion | 第85-87页 |
| REFERENCES | 第87-104页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第104-105页 |
| RESUME | 第105-106页 |
