| 摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第15-38页 |
| 1.1 生物大分子动态修饰概述 | 第15-16页 |
| 1.2 靶向疾病相关修饰酶抑制剂在疾病治疗中的应用 | 第16-36页 |
| 1.2.1 靶向磷酸化修饰相关蛋白的药物发现 | 第16-21页 |
| 1.2.2 靶向甲基化修饰相关蛋白的药物发现 | 第21-25页 |
| 1.2.3 靶向乙酰化修饰相关蛋白的药物发现 | 第25-29页 |
| 1.2.4 靶向脂肪酰化修饰相关蛋白的药物发现 | 第29-33页 |
| 1.2.5 靶向泛素化修饰相关蛋白的药物发现 | 第33-36页 |
| 1.3 本章小结与论文总体安排 | 第36-38页 |
| 第2章 靶向TEADs棕榈酰化位点共价小分子抑制剂发现 | 第38-66页 |
| 2.1 研究背景 | 第38-41页 |
| 2.1.1 Hippo信号通路 | 第38-40页 |
| 2.1.2 TEAD-YAP 与疾病 | 第40-41页 |
| 2.1.3 TEAD棕榈酰化 | 第41页 |
| 2.2 研究方法 | 第41-47页 |
| 2.2.1 TEAD4蛋白可靶性预测 | 第41-42页 |
| 2.2.2 基于结构的虚拟筛选及共价对接 | 第42页 |
| 2.2.3 TEAD4蛋白表达及纯化 | 第42-43页 |
| 2.2.4 基于“点击化学”原理的棕榈酰化体外酶活实验 | 第43页 |
| 2.2.5 蛋白热迁移实验 | 第43页 |
| 2.2.6 表面等离子体共振实验 | 第43-44页 |
| 2.2.7 一维核磁共振实验 | 第44页 |
| 2.2.8 质谱 | 第44页 |
| 2.2.9 化学合成 | 第44页 |
| 2.2.10 选择性评估 | 第44-45页 |
| 2.2.11 数据库分析 | 第45页 |
| 2.2.12 细胞系 | 第45页 |
| 2.2.13 细胞活力测定 | 第45页 |
| 2.2.14 报告基因实验 | 第45-46页 |
| 2.2.15 细胞凋亡实验 | 第46页 |
| 2.2.16 定量实时荧光PCR实验 | 第46页 |
| 2.2.17 细胞内蛋白热迁移实验 | 第46-47页 |
| 2.2.18 小鼠结肠癌移植瘤实验 | 第47页 |
| 2.2.19 统计学分析 | 第47页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第47-64页 |
| 2.3.1 基于结构的虚拟筛选 | 第47-49页 |
| 2.3.2 苗头化合物确证 | 第49-51页 |
| 2.3.3 药物化学优化 | 第51-53页 |
| 2.3.4 构效关系研究 | 第53-54页 |
| 2.3.5 共价化合物的化学生物学表征 | 第54-55页 |
| 2.3.6 共价化合物的体外选择性表征 | 第55-60页 |
| 2.3.7 细胞活性评估 | 第60-62页 |
| 2.3.8 动物移植瘤模型药效学评估 | 第62-64页 |
| 2.4 本章小结 | 第64-66页 |
| 第3章 靶向TEAD3选择性小分子抑制剂的发现与设计 | 第66-91页 |
| 3.1 研究背景 | 第66-70页 |
| 3.1.1 TEADs家族蛋白成员功能 | 第66-67页 |
| 3.1.2 TEADs与疾病 | 第67-68页 |
| 3.1.3 骨架跃迁药物设计方法及其在药物发现中应用 | 第68-70页 |
| 3.2 研究方法 | 第70-75页 |
| 3.2.1 骨架跃迁 | 第70页 |
| 3.2.2 TEADs家族蛋白纯化 | 第70-71页 |
| 3.2.3 基于“点击化学”原理的棕榈酰化体外酶活实验 | 第71-72页 |
| 3.2.4 蛋白热迁移实验 | 第72页 |
| 3.2.5 差示扫描量热实验 | 第72页 |
| 3.2.6 质谱 | 第72页 |
| 3.2.7 晶体培养与生长 | 第72-73页 |
| 3.2.8 晶体数据及解析 | 第73页 |
| 3.2.9 共价对接 | 第73页 |
| 3.2.10 化学合成 | 第73-74页 |
| 3.2.11 荧光偏振实验 | 第74页 |
| 3.2.12 Pull down 实验 | 第74页 |
| 3.2.13 选择性评估 | 第74页 |
| 3.2.14 转录实验 | 第74-75页 |
| 3.2.15 斑马鱼相关实验 | 第75页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第75-90页 |
| 3.3.1 骨架跃迁及初步的生物活性评估 | 第75-76页 |
| 3.3.2 TEADs晶体结构解析 | 第76-80页 |
| 3.3.3 TEADs棕榈酰化口袋保守性分析 | 第80-81页 |
| 3.3.4 化学生物学初步确证 | 第81-83页 |
| 3.3.5 药物化学改造 | 第83-84页 |
| 3.3.6 激酶酶谱及表观遗传谱选择性评估 | 第84-88页 |
| 3.3.7 转录活性评估及 TEAD-YAP 互作分析 | 第88-89页 |
| 3.3.8 斑马鱼发育实验 | 第89-90页 |
| 3.4 本章小结 | 第90-91页 |
| 第4章 靶向组蛋白去甲基化酶LSD1的变构调控抑制剂发现 | 第91-113页 |
| 4.1 引言 | 第91-96页 |
| 4.1.1 组蛋白去甲基化酶家族 | 第91-92页 |
| 4.1.2 LSD1/KDM1A | 第92-93页 |
| 4.1.3 LSD1/KDM1A 与疾病 | 第93页 |
| 4.1.4 LSD1已有抑制剂研发进展 | 第93-96页 |
| 4.2 研究方法 | 第96-101页 |
| 4.2.1 动力学模拟体系构建 | 第96页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第96-97页 |
| 4.2.3 虚拟筛选 | 第97页 |
| 4.2.4 LSD1/CoREST 表达质粒构建 | 第97-98页 |
| 4.2.5 LSD1/CoREST 蛋白的表达和纯化 | 第98-99页 |
| 4.2.6 ALPHAScreen 确证平台的建立及化合物活性测试 | 第99-100页 |
| 4.2.7 一维核磁共振实验 | 第100页 |
| 4.2.8 LSD1/CoREST 复合物晶体培养及生长 | 第100-101页 |
| 4.2.9 药物化学合成优化 | 第101页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第101-112页 |
| 4.3.1 理论模拟驱动的变构调控位点的发现 | 第101页 |
| 4.3.2 基于变构调控位点的虚拟筛选 | 第101-102页 |
| 4.3.3 LSD1/CoREST 的蛋白表达及纯化 | 第102-105页 |
| 4.3.4 基于 ALPHAScreen 的酶活评价平台建立及优化 | 第105-106页 |
| 4.3.5 苗头化合物的化学生物学确证 | 第106-107页 |
| 4.3.6 LSD1/CoREST 晶体培养,生长及优化 | 第107-108页 |
| 4.3.7 苗头化合物与 LSD1/CoREST-FAD-组蛋白五元复合物晶体结构解析 | 第108-110页 |
| 4.3.8 基于复合物共晶结构的药物化学优化 | 第110-112页 |
| 4.4 本章小结 | 第112-113页 |
| 第5章 靶向乙酰化修饰识别因子家族的先导化合物发现 | 第113-130页 |
| 5.1 引言 | 第113-118页 |
| 5.1.1 组蛋白乙酰化修饰识别因子 | 第113-114页 |
| 5.1.2 非BET类溴结构域家族 | 第114-118页 |
| 5.2 研究方法 | 第118-122页 |
| 5.2.1 基于结构的虚拟筛选 | 第118页 |
| 5.2.2 蛋白表达纯化 | 第118-119页 |
| 5.2.3 基于 ALPHAScreen 的酶活评价平台建立及优化 | 第119-120页 |
| 5.2.4 基于 TR-FRET 的酶活评价平台建立及优化 | 第120页 |
| 5.2.5 表面等离子体共振实验 | 第120-121页 |
| 5.2.6 一维核磁共振实验 | 第121页 |
| 5.2.7 二维相似性搜索 | 第121页 |
| 5.2.8 分子对接实验 | 第121页 |
| 5.2.9 晶体培养及生长 | 第121-122页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第122-129页 |
| 5.3.1 SMARCA2 及 BPTF 蛋白纯化 | 第122页 |
| 5.3.2 靶向 SMARCA2 与 BPTF 先导化合物发现 | 第122-126页 |
| 5.3.3 苗头化合物结合实验确证 | 第126-127页 |
| 5.3.4 二维相似性搜索及活性测定 | 第127-128页 |
| 5.3.5 分子对接实验 | 第128-129页 |
| 5.4 本章小结 | 第129-130页 |
| 全文总结 | 第130-133页 |
| 参考文献 | 第133-170页 |
| 附录 | 第170-173页 |
| 致谢 | 第173-175页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第175-179页 |
| 附件 | 第179-186页 |
