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转录组揭示双峰驼高浓度血糖耐受机制

摘要第2-3页
abstract第3-4页
1 引言第14-22页
    1.1 研究背景和意义第14-19页
        1.1.1 骆驼进化第14页
        1.1.2 双峰驼、哺乳动物血糖生理学研究第14-15页
        1.1.3 糖代谢基础研究第15-16页
        1.1.4 糖尿病世界现状第16-18页
        1.1.5 疾病机制假说第18-19页
    1.2 国内外研究进展第19-22页
        1.2.1 转录组测序技术应用第19-20页
        1.2.2 糖尿病治疗第20-21页
        1.2.3 双峰驼生理特征研究进展第21-22页
    1.3 本文研究内容第22页
        1.3.1 研究内容第22页
        1.3.2 技术路线第22页
2 双峰驼多组织转录组测序及基础分析第22-56页
    2.1 材料与方法第23-29页
        2.1.1 实验材料第23页
        2.1.2 RNA提取及TotalRNA样品检测第23页
        2.1.3 建库测序第23-26页
            2.1.3.1 文库构建第24-25页
            2.1.3.2 文库检测第25页
            2.1.3.3 测序第25-26页
        2.1.4 生物信息学分析第26-29页
            2.1.4.1 原始测序数据过滤评估第26页
            2.1.4.2 参考序列比对第26页
            2.1.4.3 可变剪接分析第26-27页
            2.1.4.4 新转录本预测第27页
            2.1.4.5 SNP和InDel分析第27页
            2.1.4.6 基因表达水平分析第27页
            2.1.4.7 不同样品相关性分析第27页
            2.1.4.8 差异表达分析第27-28页
            2.1.4.9 差异基因GO富集分析第28页
            2.1.4.10 差异基因KEGG富集分析第28-29页
            2.1.4.11 反义转录本预测第29页
            2.1.4.12 TSS和TTS预测第29页
    2.2 结果与分析第29-55页
        2.2.1 RNA提取检测结果第29-32页
            2.2.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测结果第29页
            2.2.1.2 五个组织样本总RNA浓度、纯度、完整度检测第29-32页
        2.2.2 原始数据分析第32-55页
            2.2.2.1 测序错误率分布第32-33页
            2.2.2.2 碱基含量分布检查第33-35页
            2.2.2.3 参考序列比对分析第35-36页
            2.2.2.4 可变剪接分析第36-37页
            2.2.2.5 新转录本预测第37-38页
            2.2.2.6 SNP分析第38页
            2.2.2.7 基因表达水平分析第38-39页
            2.2.2.8 样品间相关性分析第39-40页
            2.2.2.9 基因差异表达分析第40-42页
            2.2.2.10 差异基因GO第42-53页
            2.2.2.11 反义转录本预测第53-55页
            2.2.2.12 TSS和TTS预测第55页
    2.3 讨论第55-56页
        2.3.1 转录组测序物种的选择第55-56页
        2.3.2 测序平台与策略第56页
        2.3.3 测序数据初级分析第56页
    2.4 结论第56页
3 双峰驼多组织代谢分析第56-68页
    3.1 材料与方法第56-58页
        3.1.1 实验材料第56页
        3.1.2 多组织基因表达特征第56-57页
        3.1.3 糖酵解限速酶基因差异表达第57页
        3.1.4 糖酵解途径下游基因差异表达第57页
        3.1.5 抗氧化基因差异表达第57页
        3.1.6 HSP家族基因差异表达第57页
        3.1.7 SLC家族基因差异表达第57-58页
        3.1.8 肾源分泌型抗氧化基因差异表达第58页
    3.2 结果与分析第58-65页
        3.2.1 多组织表达特征第58-60页
        3.2.2 糖酵解限速酶基因差异表达第60-61页
        3.2.3 糖酵解途径下游基因差异表达第61-62页
        3.2.4 抗氧化基因差异表达第62-63页
        3.2.5 HSP家族基因差异表达第63-64页
        3.2.6 SLC家族基因差异表达第64-65页
        3.2.7 肾源分泌型抗氧化基因差异表达第65页
    3.3 讨论第65-67页
        3.3.1 双峰驼各组织基因表达特点第65-66页
        3.3.2 双峰驼糖酵解限速酶基因表达特点第66页
        3.3.3 双峰驼糖酵解途径下游基因表达特点第66页
        3.3.4 双峰驼抗氧化基因表达特点第66-67页
        3.3.5 双峰驼HSP家族基因表达特点第67页
        3.3.6 双峰驼SLC家族基因表达特点第67页
        3.3.7 双峰驼肾源分泌型抗氧化基因特点第67页
    3.4 结论第67-68页
4 候选基因筛选及高血糖耐受机制第68-74页
    4.1 材料与方法第68-69页
        4.1.1 实验材料第68页
        4.1.2 实验器材第68页
        4.1.3 RNA提取第68页
        4.1.4 RNA反转录cDNA及检测第68页
        4.1.5 引物设计第68页
        4.1.6 引物退火温度第68页
        4.1.7 定量分析第68-69页
        4.1.8 肝脏DNA提取、检测、凝胶电泳第69页
    4.2 结果与分析第69-72页
        4.2.1 反转录结果检测第69页
        4.2.2 引物选择第69页
        4.2.3 定量PCR结果第69-71页
        4.2.4 GCK组织表达结果第71-72页
    4.3 讨论第72-74页
    4.4 结论第74页
5 骆驼肾皮质蛋白质质谱分析第74-87页
    5.1 材料与方法第75-78页
        5.1.1 实验材料第75页
        5.1.2 蛋白质提取第75页
        5.1.3 蛋白质胶内酶解第75-76页
        5.1.4 SCX分肽段提取第76页
        5.1.5 基于Triple TOF 5600的LC-ESI-MSMS分析第76页
        5.1.6 蛋白质信息分析第76-78页
            5.1.6.1 数据格式转换第77页
            5.1.6.2 选择数据库第77-78页
            5.1.6.3 Mascot搜索第78页
            5.1.6.4 鉴定质量评估第78页
            5.1.6.5 GO注释第78页
    5.2 结果与分析第78-86页
        5.2.1 数据格式转换第78-79页
        5.2.2 肽段匹配误差分布第79页
        5.2.3 肽段电荷分布第79-80页
        5.2.4 蛋白质鉴定第80-84页
            5.2.4.1 基本鉴定信息第80-81页
            5.2.4.2 鉴定肽段序列长度分布第81-82页
            5.2.4.3 蛋白的鉴定肽段和谱图个数分布第82-84页
            5.2.4.4 蛋白鉴定覆盖度分布第84页
        5.2.5 GO注释第84-86页
    5.3 讨论第86-87页
    5.4 结论第87页
6 血液尿酸含量及尿液葡萄糖含量分析第87-89页
    6.1 材料与方法第87页
        6.1.1 实验材料第87页
        6.1.2 实验器材第87页
        6.1.3 血尿酸含量及尿液中尿糖含量检测第87页
        6.1.4 统计分析第87页
    6.2 结果与分析第87-88页
        6.2.1 血尿酸含量检查第87-88页
        6.2.2 统计结果分析第88页
        6.2.3 尿糖含量检测第88页
    6.3 讨论第88页
    6.4 结论第88-89页
7 全文总结第89-91页
    7.1 全文结论第89页
    7.2 本研究创新点第89页
    7.3 未来研究第89-91页
致谢第91-92页
参考文献第92-102页
附录第102-108页
作者简介第108页

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