| 摘要 | 第2-3页 |
| abstract | 第3-4页 |
| 1 引言 | 第11-21页 |
| 1.1 蒙古牛简介 | 第11页 |
| 1.2 动物抗寒机制研究进展 | 第11-16页 |
| 1.2.1 变温动物的抗寒机制 | 第11-13页 |
| 1.2.2 恒温动物的抗寒机制 | 第13-16页 |
| 1.3 转录组测序技术及其应用 | 第16-20页 |
| 1.3.1 转录组 | 第16-17页 |
| 1.3.2 测序技术 | 第17-19页 |
| 1.3.3 转录组测序技术的应用 | 第19-20页 |
| 1.4 牛转录组学研究进展 | 第20页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 2 各组织cDNA文库构建及转录组测序 | 第21-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第21-22页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第21页 |
| 2.1.2 实验主要试剂 | 第21-22页 |
| 2.1.3 实验主要仪器 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-29页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第22页 |
| 2.2.2 总RNA提取与质量检测 | 第22-23页 |
| 2.2.3 mRNA纯化 | 第23页 |
| 2.2.4 cDNA文库构建 | 第23-25页 |
| 2.2.5 模板制备 | 第25-26页 |
| 2.2.6 测序 | 第26-29页 |
| 2.3 实验结果 | 第29-34页 |
| 2.3.1 各组织总RNA质量检测结果 | 第29-32页 |
| 2.3.2 cDNA文库质量检测结果 | 第32-33页 |
| 2.3.3 测序质量评估结果 | 第33-34页 |
| 2.4 讨论 | 第34页 |
| 2.5 小结 | 第34-35页 |
| 3 转录组数据的评估、处理及基础分析 | 第35-43页 |
| 3.1 分析方法 | 第35-36页 |
| 3.1.1 原始数据统计与评估 | 第35页 |
| 3.1.2 原始数据预处理 | 第35页 |
| 3.1.3 与参考基因组比对 | 第35-36页 |
| 3.1.4 Reads分布统计 | 第36页 |
| 3.1.5 剪接位点分析 | 第36页 |
| 3.1.6 链特异性检测 | 第36页 |
| 3.1.7 基因完整性/随机性检测 | 第36页 |
| 3.2 结果 | 第36-42页 |
| 3.2.1 原始数据统计与评估结果 | 第36-38页 |
| 3.2.2 数据预处理统计结果 | 第38-39页 |
| 3.2.3 与参考基因组比对结果 | 第39-40页 |
| 3.2.4 Reads分布统计结果 | 第40页 |
| 3.2.5 剪接位点分析结果 | 第40-41页 |
| 3.2.6 链特异性检测结果 | 第41-42页 |
| 3.2.7 基因完整性/随机性检测结果 | 第42页 |
| 3.3 讨论 | 第42页 |
| 3.4 小结 | 第42-43页 |
| 4 基因差异表达分析 | 第43-80页 |
| 4.1 实验材料 | 第43页 |
| 4.1.1 实验仪器 | 第43页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第43页 |
| 4.2 分析方法 | 第43-47页 |
| 4.2.1 基因表达水平分析 | 第43页 |
| 4.2.2 差异表达基因筛选 | 第43-44页 |
| 4.2.3 差异表达基因的聚类分析 | 第44页 |
| 4.2.4 差异表达基因GO分析 | 第44页 |
| 4.2.5 差异表达基因KEGG富集分析 | 第44页 |
| 4.2.6 测序结果可靠性检测 | 第44-47页 |
| 4.3 结果 | 第47-77页 |
| 4.3.0 基因表达水平分析结果 | 第47-48页 |
| 4.3.1 差异表达基因筛选结果 | 第48-49页 |
| 4.3.2 差异表达基因的维恩分析 | 第49-56页 |
| 4.3.3 差异表达基因的聚类分析结果 | 第56-58页 |
| 4.3.4 差异表达基因GO分析结果 | 第58-63页 |
| 4.3.5 差异表达基因KEGG富集分析结果 | 第63-76页 |
| 4.3.6 测序可靠性检测结果 | 第76-77页 |
| 4.4 讨论 | 第77-79页 |
| 4.4.1 差异表达基因维恩分析 | 第77-78页 |
| 4.4.2 差异表达基因聚类分析 | 第78页 |
| 4.4.3 差异表达基因GO富集分析 | 第78页 |
| 4.4.4 差异表达基因KEGG富集分析 | 第78-79页 |
| 4.5 小结 | 第79-80页 |
| 5 Hub基因网络分析、候选基因筛选及抗寒调控机制的研究 | 第80-96页 |
| 5.1 分析方法 | 第80页 |
| 5.1.1 Hub基因网络分析 | 第80页 |
| 5.1.2 候选基因筛选 | 第80页 |
| 5.2 结果 | 第80-89页 |
| 5.2.1 Hub基因网络分析结果 | 第80-81页 |
| 5.2.2 候选基因筛选结果 | 第81-82页 |
| 5.2.3 蒙古牛抗寒调控机制 | 第82-89页 |
| 5.3 讨论 | 第89-95页 |
| 5.3.1 Hub基因网络分析 | 第89页 |
| 5.3.2 蒙古牛抗寒调控机制 | 第89-95页 |
| 5.4 小结 | 第95-96页 |
| 6 全文结论 | 第96页 |
| 7 创新点与展望 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-122页 |
| 附录 | 第122-159页 |
| 作者简介 | 第159页 |