| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 1 绪论 | 第12-31页 |
| 1.1 基因调控的生物背景 | 第12-13页 |
| 1.1.1 基因调控 | 第12页 |
| 1.1.2 转录调控的重要性 | 第12-13页 |
| 1.2 转录调控网络的研究 | 第13-15页 |
| 1.2.1 两种主要的生物网络 | 第13页 |
| 1.2.2 生物网络的结构构成和结构特征 | 第13-14页 |
| 1.2.3 研究生物网络的结构对研究生物学的意义 | 第14-15页 |
| 1.3 microRNA介绍 | 第15-25页 |
| 1.3.1 microRNA的生物合成过程 | 第15-18页 |
| 1.3.2 microRNA靶基因的生物信息学预测 | 第18-24页 |
| 1.3.3 microRNA与人类疾病的相关性 | 第24-25页 |
| 1.4 microRNA的协同作用与调控的网络关系 | 第25-28页 |
| 1.4.1 microRNA的相互协同作用 | 第25-26页 |
| 1.4.2 microRNA与其调控的基因调控网络的关系 | 第26-27页 |
| 1.4.3 microRNA与蛋白质相互作用网络的关系 | 第27-28页 |
| 1.5 小RNA相关数据库 | 第28-29页 |
| 1.5.1 miRBase | 第28-29页 |
| 1.5.2 DEEPBASE | 第29页 |
| 1.5.3 piRNABank | 第29页 |
| 1.5.4 NONCODE | 第29页 |
| 1.6 论文的组织结构 | 第29-31页 |
| 2 dbDEMC：癌症相关microRNA表达谱的数据库构建和大规模挖掘 | 第31-54页 |
| 2.1 背景 | 第31-34页 |
| 2.2 数据来源及处理 | 第34-35页 |
| 2.2.1 数据收集 | 第34-35页 |
| 2.2.2 数据处理 | 第35页 |
| 2.3 数据库系统的设计与构建 | 第35-42页 |
| 2.3.1 数据库系统的体系结构 | 第36页 |
| 2.3.2 数据字典设计与实现 | 第36-40页 |
| 2.3.3 数据库系统的功能与实现 | 第40-42页 |
| 2.4 数据库系统的使用 | 第42-50页 |
| 2.4.1 检索功能 | 第42-44页 |
| 2.4.2 浏览功能 | 第44-45页 |
| 2.4.3 详细信息功能 | 第45-46页 |
| 2.4.4 BLAST功能 | 第46-48页 |
| 2.4.5 统计功能 | 第48-49页 |
| 2.4.6 下载功能 | 第49-50页 |
| 2.5 结论 | 第50页 |
| 2.6 讨论 | 第50-54页 |
| 3 microRNA协同调控网络研究 | 第54-69页 |
| 3.1 microRNA协同调控网络分析研究 | 第54页 |
| 3.2 背景及研究出发点 | 第54-56页 |
| 3.3 材料和方法 | 第56-58页 |
| 3.4 结果 | 第58-63页 |
| 3.4.1 构建microRNA协同调控网络 | 第58-59页 |
| 3.4.2 microRNA协同调控网络的拓扑结构分析 | 第59-60页 |
| 3.4.3 结合microRNA表达谱数据分析microRNA协同调控网络 | 第60-61页 |
| 3.4.4 结合靶基因阐述协同调控网络 | 第61-62页 |
| 3.4.5 Hub microRNA的结合位点更少 | 第62-63页 |
| 3.5 讨论 | 第63-65页 |
| 3.6 结论 | 第65-69页 |
| 4 肝癌术后复发相关microRNA筛选及转录后调控网络构建 | 第69-82页 |
| 4.1 研究背景 | 第69-71页 |
| 4.1.1 microRNA与肝细胞癌的发生 | 第69页 |
| 4.1.2 microRNA与肝细胞癌的分化 | 第69-70页 |
| 4.1.3 microRNA与肝细胞癌的转移及预后 | 第70页 |
| 4.1.4 microRNA与肝细胞癌的治疗 | 第70-71页 |
| 4.2 材料与方法 | 第71-76页 |
| 4.2.1 病理样本来源 | 第71-72页 |
| 4.2.2 样本处理与RNA提取 | 第72页 |
| 4.2.3 microRNA表达谱测定 | 第72-73页 |
| 4.2.4 数据分析及差异表达microRNA筛选 | 第73-74页 |
| 4.2.5 RT-PCR验证microRNA表达谱 | 第74-75页 |
| 4.2.6 microRNA靶基因预测及功能分析 | 第75-76页 |
| 4.3 结果 | 第76-80页 |
| 4.3.1 肝癌复发相关microRNA筛选 | 第76-77页 |
| 4.3.2 RT-PCR验证差异表达microRNA | 第77-78页 |
| 4.3.3 microRNA靶基因预测及功能富集分析 | 第78-80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-82页 |
| 5 总结及展望 | 第82-83页 |
| 5.1 总结 | 第82页 |
| 5.2 下一步的工作 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-94页 |
| 攻读学位期间主要的研究成果 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95页 |
