| 中文摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 主要缩略词 | 第11-16页 |
| 引言 | 第16-17页 |
| 第一篇 文献综述 | 第17-53页 |
| 第一章 大熊猫西氏贝蛔虫病概述 | 第17-27页 |
| 1.1 西氏贝蛔虫生物学 | 第17-21页 |
| 1.1.1 分类与形态 | 第17-18页 |
| 1.1.2 生活史 | 第18-20页 |
| 1.1.4 致病与临床症状 | 第20-21页 |
| 1.1.5 诊治及存在的问题 | 第21页 |
| 1.2 西氏贝蛔虫分子生物学 | 第21-26页 |
| 1.2.1 疫苗分子研究 | 第22页 |
| 1.2.2 遗传进化研究 | 第22-26页 |
| 1.2.2.1 西氏贝蛔虫与同属其它蛔虫的系统进化关系 | 第23-25页 |
| 1.2.2.2 西氏贝蛔虫种群遗传关系 | 第25-26页 |
| 1.3 问题与展望 | 第26-27页 |
| 第二章 寄生虫基因组研究进展 | 第27-53页 |
| 2.1 寄生虫基因组组成及特点 | 第28-29页 |
| 2.2 寄生虫基因组测序现状 | 第29-33页 |
| 2.3 寄生虫基因组测序技术及分析方法 | 第33-38页 |
| 2.3.1 测序技术 | 第33-36页 |
| 2.3.2 序列分析 | 第36-38页 |
| 2.4 寄生性线虫基因组研究进展 | 第38-51页 |
| 2.4.1 植物寄生性线虫基因组学研究 | 第38-40页 |
| 2.4.2 动物寄生性线虫基因组学研究 | 第40-51页 |
| 2.4.3 寄生性线虫基因组研究价值 | 第51页 |
| 2.5 西氏贝蛔虫(四川株)基因组及发育转录组测序 | 第51-52页 |
| 2.6 本研究目的和意义 | 第52-53页 |
| 第二篇 试验研究 | 第53-141页 |
| 第三章 西氏贝蛔虫基因组测序、拼接、注释及特征分析 | 第53-71页 |
| 3.1 材料 | 第53-54页 |
| 3.1.1 试剂 | 第53-54页 |
| 3.1.2 虫体 | 第54页 |
| 3.2 方法 | 第54-60页 |
| 3.2.1 文库制备与测序 | 第54-56页 |
| 3.2.2 数据质量评估与过滤 | 第56页 |
| 3.2.3 基因组拼接与质量评估 | 第56-57页 |
| 3.2.4 基因组注释 | 第57-60页 |
| 3.2.4.1 重复序列注释 | 第57-58页 |
| 3.2.4.2 RNA注释 | 第58页 |
| 3.2.4.3 编码蛋白基因注释 | 第58-59页 |
| 3.2.4.4 基因功能及通路注释 | 第59-60页 |
| 3.3 结果 | 第60-69页 |
| 3.3.1 虫株鉴定 | 第60页 |
| 3.3.2 测序与数据质量评估 | 第60-61页 |
| 3.3.3 拼接与拼接质量评估 | 第61-62页 |
| 3.3.4 重复序列注释 | 第62-63页 |
| 3.3.5 非编码RNA注释 | 第63-64页 |
| 3.3.6 基因结构注释与特征分析 | 第64-68页 |
| 3.3.7 基因功能及通路注释 | 第68-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-71页 |
| 第四章 西氏贝蛔虫发育转录组分析 | 第71-90页 |
| 4.1 材料 | 第71-72页 |
| 4.1.1 试剂 | 第71-72页 |
| 4.1.2 寄生虫样品 | 第72页 |
| 4.2 方法 | 第72-75页 |
| 4.2.1 转录组测序 | 第72-73页 |
| 4.2.2 原始数据处理 | 第73-74页 |
| 4.2.3 饱和度分析 | 第74页 |
| 4.2.4 序列组装 | 第74页 |
| 4.2.5 基因表达量分析 | 第74-75页 |
| 4.2.6 差异表达分析 | 第75页 |
| 4.3 结果 | 第75-88页 |
| 4.3.1 总RNA提取 | 第75-76页 |
| 4.3.2 RNA-Seq原始数据质量评估与过滤 | 第76-78页 |
| 4.3.3 饱和度分析 | 第78页 |
| 4.3.4 转录组de novo组装 | 第78-79页 |
| 4.3.5 有参基因组组装 | 第79-80页 |
| 4.3.6 基因表达量计算 | 第80-83页 |
| 4.3.7 差异表达基因及功能注释 | 第83-88页 |
| 4.4 讨论 | 第88-90页 |
| 第五章 西氏贝蛔虫比较基因组学分析 | 第90-103页 |
| 5.1 方法 | 第90-93页 |
| 5.1.1 基因组大小 | 第90页 |
| 5.1.2 基因组GC含量比较 | 第90-91页 |
| 5.1.3 共线性分析 | 第91页 |
| 5.1.4 同源基因比较分析 | 第91页 |
| 5.1.5 蛋白家族聚类与比较 | 第91-92页 |
| 5.1.6 线虫系统发育及分化时间 | 第92-93页 |
| 5.2 结果 | 第93-100页 |
| 5.2.1 基因组大小评估 | 第93-94页 |
| 5.2.2 基因组GC含量比较分析 | 第94页 |
| 5.2.3 共线性分析 | 第94-96页 |
| 5.2.4 同源基因比较分析 | 第96-97页 |
| 5.2.5 基因家族比较 | 第97-99页 |
| 5.2.6 线虫系统发育及分化时间 | 第99-100页 |
| 5.3 讨论 | 第100-103页 |
| 第六章 西氏贝蛔虫分泌组及潜在疫苗和诊断抗原分子鉴定分析 | 第103-115页 |
| 6.1 方法 | 第103-105页 |
| 6.1.1 ESPs的预测与注释 | 第103-104页 |
| 6.1.2 潜在疫苗和诊断抗原分子筛选鉴定 | 第104-105页 |
| 6.2 结果 | 第105-113页 |
| 6.2.1 西氏贝蛔虫分泌组蛋白 | 第105-106页 |
| 6.2.2 分泌组蛋白的功能注释 | 第106-107页 |
| 6.2.3 分泌组蛋白的GO聚类和富集分析 | 第107-110页 |
| 6.2.4 分泌组蛋白的KAAS富集分析 | 第110-111页 |
| 6.2.5 潜在疫苗和诊断抗原分子鉴定 | 第111-113页 |
| 6.3 讨论 | 第113-115页 |
| 第七章 西氏贝蛔虫无机焦磷酸酶(PPase)疫苗潜在性鉴定分析 | 第115-138页 |
| 7.1 材料 | 第115-118页 |
| 7.1.1 寄生虫 | 第115-116页 |
| 7.1.2 实验动物 | 第116页 |
| 7.1.3 试剂 | 第116页 |
| 7.1.4 引物合成与测序 | 第116页 |
| 7.1.5 菌株和质粒 | 第116-117页 |
| 7.1.6 常用缓冲溶液和培养基的配制 | 第117页 |
| 7.1.7 仪器设备 | 第117-118页 |
| 7.1.8 生物信息数据库及分析软件 | 第118页 |
| 7.2 方法 | 第118-124页 |
| 7.2.1 RNA提取及Bsc-PYP-1基因扩增 | 第118-119页 |
| 7.2.2 DNA序列分析 | 第119页 |
| 7.2.3 重组蛋白rBsc-PYP-1的表达与纯化 | 第119-120页 |
| 7.2.4 免疫血清的制备 | 第120页 |
| 7.2.5 免疫印迹 | 第120页 |
| 7.2.6 内源性Bsc-PYP-1在雌性成虫虫体中的免疫定位 | 第120页 |
| 7.2.7 免疫保护性试验 | 第120-123页 |
| 7.2.8 ELISA检测抗体 | 第123页 |
| 7.2.9 脾细胞的培养与细胞因子的测定 | 第123-124页 |
| 7.2.10 数据分析 | 第124页 |
| 7.2.11 序列登陆 | 第124页 |
| 7.3 结果 | 第124-133页 |
| 7.3.1 Bsc-PYP-1基因的克隆与鉴定 | 第124-126页 |
| 7.3.2 重组rBsc-PYP-1蛋白的表达、纯化与生化特征分析 | 第126-127页 |
| 7.3.3 西氏贝蛔虫内源性Bsc-PYP-1抗原及其同系物的鉴定 | 第127页 |
| 7.3.4 西氏贝蛔虫内源性Bsc-PYP-1在雌性成体中的定位 | 第127-128页 |
| 7.3.5 rBsc-PYP-1与不同动物免疫血清的反应原性 | 第128-129页 |
| 7.3.6 西氏贝蛔虫rBsc-PYP-1抗的疫苗免疫保护效果 | 第129-131页 |
| 7.3.7 体液免疫 | 第131-133页 |
| 7.3.8 细胞免疫 | 第133页 |
| 7.4 讨论 | 第133-138页 |
| 第八章 全文总结 | 第138-141页 |
| 8.1 总体结论 | 第138-139页 |
| 8.2 创新之处 | 第139-141页 |
| 参考文献 | 第141-154页 |
| 致谢 | 第154-155页 |
| 附录 | 第155-161页 |
| 作者简历 | 第161-162页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 | 第162-163页 |
