| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 CHAPTER Ⅰ:INTRODUCTION | 第16-36页 |
| 1.1 COTTON HISTORY AND DEVELOPMENT | 第16-19页 |
| 1.1.1 Origin and Domestication | 第16-17页 |
| 1.1.2 Growth and development | 第17页 |
| 1.1.2.1 Structure | 第17页 |
| 1.1.2.2 Life stages | 第17页 |
| 1.1.3 Fiber quality | 第17-18页 |
| 1.1.3.1 Fiber development | 第17-18页 |
| 1.1.3.2 Fiber quality properties | 第18页 |
| 1.1.3.2.1 Properties determined by sorters | 第18页 |
| 1.1.3.2.2 Properties measured | 第18页 |
| 1.1.4 Cotton fiber statistics | 第18-19页 |
| 1.2 RECIPROCAL CROSS EFFECT | 第19-20页 |
| 1.3 GENETIC MARKERS IN PLANT BREEDING | 第20-23页 |
| 1.3.1 Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) | 第21页 |
| 1.3.2 SSR markers | 第21-22页 |
| 1.3.3 Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) | 第22-23页 |
| 1.3.4 Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) | 第23页 |
| 1.4 SEGREGATION DISTORTION | 第23-25页 |
| 1.4.1 The explanatory factors of segregation distortion | 第23-24页 |
| 1.4.2 Segregation distortion characterization | 第24-25页 |
| 1.5 LINKAGE MAP | 第25-28页 |
| 1.5.1 History | 第25页 |
| 1.5.2 Linkage map construction | 第25-27页 |
| 1.5.2.1 Mapping population | 第25-26页 |
| 1.5.2.1.1 Populations advantages and drawbacks | 第26页 |
| a) F_2 population | 第26页 |
| b) Backcross (BC) | 第26页 |
| c) Double Haploid (DH) | 第26页 |
| d) Recombinant Inbred Lines (RIL) | 第26页 |
| e) Near-Isogenic Lines (NIL) | 第26页 |
| 1.5.2.1.2 Population size | 第26页 |
| 1.5.2.2 Genetic evaluation | 第26-27页 |
| 1.5.3 Cotton genetic maps | 第27-28页 |
| 1.6 QTL ANALYSIS | 第28-34页 |
| 1.6.1 QTL history | 第28-30页 |
| 1.6.2 QTL principles | 第30页 |
| 1.6.3 QTL analysis components | 第30-34页 |
| 1.6.3.1 Construction of segregating population | 第30-31页 |
| 1.6.3.2 Genetic evaluation | 第31页 |
| 1.6.3.3 Phenotypic measurement | 第31页 |
| 1.6.3.4 Statistical analysis | 第31-34页 |
| 1.6.3.4.1 Statistical methods | 第32-33页 |
| Single Marker Analysis (SMA) | 第32页 |
| Simple Interval Mapping (SIM) | 第32页 |
| Composite Interval Mapping (CIM) | 第32页 |
| Multiple Interval Mapping (MIM) | 第32-33页 |
| Mixed-linear Model based Composite Interval Mapping | 第33页 |
| Bayesian methods | 第33页 |
| 1.6.3.4.2 Statistical software | 第33-34页 |
| 1.6.3.5 QTL limits | 第34页 |
| 1.6.4 QTL analysis of cotton fiber quality | 第34页 |
| 1.7 JUSTIFICATION OF THE RESEARCH | 第34-36页 |
| 1.7.1 Objectives | 第35页 |
| 1.7.2 Justification | 第35-36页 |
| 第二章 CHAPTER Ⅱ: MATERIALS AND METHODS | 第36-47页 |
| 2.1 PLANT MATERIALS | 第36页 |
| 2.1.1 Parental lines | 第36页 |
| 2.1.2 Population Construction | 第36页 |
| 2.2 FIELD STATION AND EXPERIMENTAL DESIGN | 第36-37页 |
| 2.3 DNA EXTRACTION | 第37-38页 |
| 2.3.1 DNA extraction solutions | 第37页 |
| 2.3.2 DNA extraction process | 第37-38页 |
| 2.4 SSR ANALYSIS | 第38-42页 |
| 2.4.1 SSR primers | 第38页 |
| 2.4.2 SSR amplification and visualization | 第38-41页 |
| 2.4.2.1 PCR | 第38-39页 |
| 2.4.2.2 Gel electrophoresis | 第39-41页 |
| 2.4.2.2.1 PAGE solution | 第39-40页 |
| 2.4.2.2.2 Electrophoresis chambers preparation | 第40页 |
| 2.4.2.2.3 Gel development | 第40页 |
| 2.4.2.2.4. Gel staining | 第40-41页 |
| 2.4.3 Gel scoring | 第41-42页 |
| 2.5 FIELD DATA | 第42页 |
| 2.5.1 Phenotype traits measurement | 第42页 |
| 2.5.2 Statistical Analysis | 第42页 |
| 2.6 MAP CONSTRUCTION | 第42-43页 |
| 2.6.1 JoinMap inputs and settings | 第42-43页 |
| 2.6.1.1 Inputs | 第42-43页 |
| 2.6.1.2 Settings | 第43页 |
| 2.6.2 JoinMap outputs | 第43页 |
| 2.6.3 Assignment of linkage groups to chromosomes | 第43页 |
| 2.7 QTL ANALYSIS | 第43-46页 |
| 2.7.1 WinQTLCart inputs and settings | 第44-45页 |
| 2.7.1.1 Inputs | 第44-45页 |
| 2.7.1.2 Setting | 第45页 |
| 2.7.2 WinQTLCart outputs | 第45-46页 |
| 2.8 POTENTIAL USE OF PUTATIVE QTL | 第46-47页 |
| 第三章 CHAPTER Ⅲ: RESULTS | 第47-71页 |
| 3.1 STATISTICAL ANALYSIS | 第47-52页 |
| 3.1.1 Transgressive segregation | 第47页 |
| 3.1.2 Assumption of normality | 第47-50页 |
| 3.1.3 Trait Correlation | 第50-51页 |
| 3.1.4 The parental effect | 第51-52页 |
| 3.1.4.1 Maternal Effect | 第51-52页 |
| 3.1.4.2 Paternal Effect | 第52页 |
| 3.2 PARENTAL POLYMORPHISM | 第52-53页 |
| 3.3 POPULATION GENOTYPING | 第53-55页 |
| 3.3.1 A/R and R/A | 第54页 |
| 3.3.2 A/J and J/A | 第54-55页 |
| 3.4 EXTREME SEGREGATION DISTORTION | 第55-58页 |
| 3.4.1 Segregation distortion rates | 第55页 |
| 3.4.2 Segregation distortion trend | 第55-57页 |
| 3.4.3 Segregation distortion of the common primers | 第57-58页 |
| 3.5 GENETIC MAPS | 第58-60页 |
| 3.6 QTL MAPPING | 第60-68页 |
| 3.6.1 QTL in A/R-R/A | 第61页 |
| 3.6.2 QTL in A/J-J/A | 第61页 |
| 3.6.3 QTL for Agronomic traits | 第61-62页 |
| 3.6.4 QTL for fiber quality | 第62-68页 |
| 3.7 POTENTIAL USE OF FIBER QUALITY-QTL | 第68-71页 |
| 第四章 CHAPTER IV DISCUSSION | 第71-76页 |
| 4.1 RECIPROCAL EFFECTS | 第71页 |
| 4.2 GENOTYPING | 第71-73页 |
| 4.2.1 Mapping population | 第71-72页 |
| 4.2.2 Low levels of parental polymorphism and recombination | 第72-73页 |
| 4.3 SEGREGATION DISTORTION IN F_2 | 第73-75页 |
| 4.3.1 Factors underlying segregation distortion | 第73页 |
| 4.3.2 Segregation distortion assay with molecular markers | 第73-74页 |
| 4.3.3 - Segregation Distortion Loci localization | 第74页 |
| 4.3.4 Mapping of distorted loci | 第74-75页 |
| 4.4 QTL CHARACTERIZATION AND POTENTIAL USE | 第75-76页 |
| 第五章 CONCLUSION | 第76-78页 |
| 5.1 RECIPROCAL EFFECT | 第76页 |
| 5.2 GENOTYPING | 第76-77页 |
| 5.2.1 Parental polymorphism | 第76页 |
| 5.2.2 F_2 population scoring | 第76页 |
| 5.2.3 Segregation distortion | 第76-77页 |
| 5.3 LINKAGE MAP | 第77页 |
| 5.4 QTL MAPPING | 第77页 |
| 5.5 PROSPECTS | 第77-78页 |
| 参考文献 REFERENCES | 第78-84页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第84-85页 |
| CURRICULUM VITAE | 第85页 |
