| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第15-35页 |
| 1.1 蛋白质与结构 | 第15-24页 |
| 1.1.1 腺苷酸激酶与ADP | 第22-24页 |
| 1.2 分子动力学模拟简介 | 第24-35页 |
| 1.2.1 常用的加速方法 | 第26-29页 |
| 1.2.2 Metadynamics Simulation介绍 | 第29-31页 |
| 1.2.3 模拟的时间尺度问题 | 第31-35页 |
| 第二章 分子模拟之底物脱离与腺苷酸激酶构象动态耦合 | 第35-45页 |
| 2.1 引言 | 第35-37页 |
| 2.2 模型与方法 | 第37-39页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第39-44页 |
| 2.4 结论 | 第44-45页 |
| 第三章 MD模拟研究腺苷酸激酶催化反应后期镁离子的转移倾向性 | 第45-55页 |
| 3.1 引言 | 第45-46页 |
| 3.2 模型与方法 | 第46-47页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第47-52页 |
| 3.4 结论 | 第52-55页 |
| 第四章 SMD之腺苷酸激酶解折叠过程的初步探讨 | 第55-69页 |
| 4.1 引言 | 第55-56页 |
| 4.2 模型与方法 | 第56-58页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第58-69页 |
| 第五章 总结与展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-81页 |
| 简历与科研成果 | 第81-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |