| 本论文的创新点 | 第5-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 缩写符号 | 第13-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-32页 |
| 1.1 细胞质雄性不育 | 第14-18页 |
| 1.1.1 水稻细胞质雄性不育分类 | 第14-15页 |
| 1.1.2 植物细胞质雄性不育基因和恢复基因 | 第15-16页 |
| 1.1.3 水稻细胞质雄性不育机理的研究进展 | 第16-18页 |
| 1.2 定量蛋白质组学研究方法与进展 | 第18-22页 |
| 1.2.1 2D-DIGE电泳技术 | 第18-19页 |
| 1.2.2 SILAC代谢物标记技术 | 第19-20页 |
| 1.2.3 iTRAQ化学标记技术 | 第20-22页 |
| 1.3 植物miRNA的研究进展 | 第22-25页 |
| 1.3.1 miRNA的产生和调控机理 | 第22-23页 |
| 1.3.2 植物miRNA的鉴定方法 | 第23-24页 |
| 1.3.3 miRNA对植物生长发育的调控 | 第24-25页 |
| 1.4 细胞质的反馈调节 | 第25-27页 |
| 1.4.1 叶绿体对细胞核基因的反馈调节 | 第26页 |
| 1.4.2 线粒体对细胞核基因的反馈调节 | 第26-27页 |
| 1.5 分子动力学模拟 | 第27-30页 |
| 1.5.1 蛋白质结构的预测 | 第28-29页 |
| 1.5.2 同源建模基本原理和步骤 | 第29页 |
| 1.5.3 分子动力学模拟的基本原理、步骤和常用软件 | 第29-30页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 水稻MxA和MxB幼穗的蛋白质组学研究 | 第32-65页 |
| 2.1 材料与方法 | 第32-45页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.1.2 细胞学观察 | 第33-34页 |
| 2.1.3 水稻基因组DNA提取 | 第34页 |
| 2.1.4 RNA提取,反转录和qPCR | 第34-36页 |
| 2.1.5 败育基因的鉴定,原核表达及组织表达 | 第36-38页 |
| 2.1.6 水稻幼穗蛋白质的提取和定量 | 第38-39页 |
| 2.1.7 蛋白质的iTRAQ质谱分析 | 第39-41页 |
| 2.1.8 GO聚类分析 | 第41页 |
| 2.1.9 线粒体超微结构的透射电镜观察 | 第41页 |
| 2.1.10 ROS含量测定 | 第41-42页 |
| 2.1.11 Western Blot | 第42-43页 |
| 2.1.12 水稻叶绿体和线粒体膜蛋白复合体的BN-PAGE分析 | 第43-45页 |
| 2.2 结果与分析 | 第45-61页 |
| 2.2.1 水稻幼穗的形态学和细胞学观察 | 第45-46页 |
| 2.2.2 水稻不育系MxA败育相关基因的鉴定 | 第46-49页 |
| 2.2.3 水稻幼穗线粒体超微结构的观察 | 第49-50页 |
| 2.2.4 水稻不育系MxA及其保持系MxB幼穗的比较蛋白质组学 | 第50-58页 |
| 2.2.5 水稻不育系MxA及其保持系MxB幼穗ROS含量检测 | 第58-59页 |
| 2.2.6 水稻MxA及MxB叶绿体和线粒体膜蛋白复合体的比较 | 第59-61页 |
| 2.3 讨论 | 第61-64页 |
| 2.3.1 水稻细胞质雄性不育基因的鉴定分析 | 第61-62页 |
| 2.3.2 蛋白质组学在植物生殖发育过程中的应用 | 第62-63页 |
| 2.3.3 ROS和Ca~(2+)参与细胞质的反馈调节 | 第63-64页 |
| 2.4 小结 | 第64-65页 |
| 第三章 水稻MxA和MxB幼穗的miRNA表达研究 | 第65-88页 |
| 3.1 材料与方法 | 第66-74页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第66页 |
| 3.1.2 实验所用引物 | 第66-68页 |
| 3.1.3 水稻花药RNA的提取和测序文库构建 | 第68-69页 |
| 3.1.4 small RNA测序结果分析 | 第69-71页 |
| 3.1.5 miRNA的PCR检测 | 第71-73页 |
| 3.1.6 miRNA和靶标的qPCR分析 | 第73页 |
| 3.1.7 miRNA编辑分析 | 第73-74页 |
| 3.2 结果与分析 | 第74-84页 |
| 3.2.1 水稻small RNA测序reads统计分析 | 第74-77页 |
| 3.2.2 水稻新miRNA的预测 | 第77-78页 |
| 3.2.3 水稻花药miRNA的表达谱分析 | 第78-80页 |
| 3.2.4 miRNA靶标预测和GO功能分析 | 第80-81页 |
| 3.2.5 miRNA靶标的qPCR检测 | 第81-83页 |
| 3.2.6 miRNA编辑 | 第83-84页 |
| 3.3 讨论 | 第84-86页 |
| 3.4 小结 | 第86-88页 |
| 第四章 水稻蛋白质相互作用机制的分子动力学模拟 | 第88-103页 |
| 4.1 材料和方法 | 第88-91页 |
| 4.1.1 数据库和软件 | 第88-89页 |
| 4.1.2 水稻蛋白质序列的索取 | 第89页 |
| 4.1.3 水稻Hsp90-Sgtl复合体结构模型 | 第89页 |
| 4.1.4 基于MM-GBSA的丙氨酸扫描和复合体结合能分析 | 第89-90页 |
| 4.1.5 显性溶剂的分子动力学模拟 | 第90-91页 |
| 4.2 结果与分析 | 第91-99页 |
| 4.2.1 水稻WA352和COX11序列结构分析 | 第91-92页 |
| 4.2.2 水稻Hsp90-Sgt1复合体的同源建模 | 第92-94页 |
| 4.2.3 水稻Hsp90-Sgt1复合体结构的稳定性分析 | 第94-95页 |
| 4.2.4 丙氨酸扫描 | 第95-97页 |
| 4.2.5 极性相互作用氨基酸 | 第97-99页 |
| 4.2.6 Hsp90-Sgtl相互作用在植物中的保守性 | 第99页 |
| 4.3 讨论 | 第99-101页 |
| 4.3.1 植物蛋白质结构解析对于植物功能基因研究的意义 | 第99-100页 |
| 4.3.2 分子模拟在蛋白质功能研究中的应用 | 第100-101页 |
| 4.4 小结 | 第101-103页 |
| 第五章 总讨论 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-120页 |
| 已发表及待发表文章 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
