| 致谢 | 第7-11页 |
| 摘要 | 第11-14页 |
| Abstract | 第14-17页 |
| 第一章 绪论 | 第18-31页 |
| 1.1 课题背景 | 第18-19页 |
| 1.2 病原真菌侵染果实过程和互作机制 | 第19-24页 |
| 1.2.1 病原真菌侵染和定殖的过程 | 第19-20页 |
| 1.2.2 果皮对真菌侵染和定殖的影响 | 第20-21页 |
| 1.2.3 果实防卫反应的影响 | 第21-22页 |
| 1.2.4 有关果实病原真菌致病机制的研究 | 第22-24页 |
| 1.3 柑橘绿霉病化学防治及病菌抗药性研究 | 第24-29页 |
| 1.3.1 DMI杀菌剂的作用机理 | 第25页 |
| 1.3.2 DMI杀菌剂抗性产生及其机理 | 第25-27页 |
| 1.3.3 靶标基因上调表达机理 | 第27-28页 |
| 1.3.4 柑橘绿霉病菌抗DMI杀菌剂新型分子机理 | 第28-29页 |
| 1.4 高通量测序在揭示病菌致病机理中的应用 | 第29-30页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 柑橘绿霉病菌基因组测序和比较基因组分析 | 第31-51页 |
| 2.1 引言 | 第31页 |
| 2.2 材料和方法 | 第31-34页 |
| 2.2.1 菌株及培养条件 | 第31-32页 |
| 2.2.2 DNA提取及基因组测序、组装 | 第32页 |
| 2.2.3 基因预测及注释 | 第32-33页 |
| 2.2.4 基因组共线性、直系同源基因和进化分析 | 第33页 |
| 2.2.5 蛋白家族分类与进化分析 | 第33页 |
| 2.2.6 分泌蛋白预测 | 第33-34页 |
| 2.2.7 次级代谢物合成基因簇预测 | 第34页 |
| 2.2.8 在线数据 | 第34页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第34-49页 |
| 2.3.1 柑橘绿霉病菌形态及侵染循环 | 第34-35页 |
| 2.3.2 柑橘绿霉病菌基因组特征 | 第35-37页 |
| 2.3.3 青霉属直系同源基因比较 | 第37-40页 |
| 2.3.4 柑橘绿霉病菌与其他真菌基因组共线性比较 | 第40-41页 |
| 2.3.5 柑橘绿霉病菌致病相关基因 | 第41-43页 |
| 2.3.6 柑橘绿霉病菌细胞壁水解酶 | 第43-46页 |
| 2.3.7 柑橘绿霉病菌毒素合成 | 第46-47页 |
| 2.3.8 柑橘绿霉病菌ABC转运蛋白 | 第47-49页 |
| 2.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第三章 柑橘绿霉病菌线粒体基因组 | 第51-59页 |
| 3.1 引言 | 第51页 |
| 3.2 材料与方法 | 第51-52页 |
| 3.2.1 菌株、培养条件、基因组测序 | 第51-52页 |
| 3.2.2 生物信息学分析 | 第52页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第52-57页 |
| 3.3.1 线粒体基因特征 | 第52页 |
| 3.3.2 线粒体蛋白编码基因 | 第52-55页 |
| 3.3.3 线粒体内含子及内含子基因 | 第55-57页 |
| 3.3.4 线粒体tRNA基因 | 第57页 |
| 3.3.5 线粒体rRNA基因 | 第57页 |
| 3.4 本章小结 | 第57-59页 |
| 第四章 柑橘绿霉病菌比较转录组研究 | 第59-73页 |
| 4.1 引言 | 第59-60页 |
| 4.2 材料与方法 | 第60-61页 |
| 4.2.1 菌株与培养条件 | 第60页 |
| 4.2.2 文库制备和数据分析 | 第60-61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-70页 |
| 4.3.1 不同培养基上的转录组差异 | 第61-66页 |
| 4.3.2 不同真菌之间PacC调控差异 | 第66-70页 |
| 4.4 本章小结 | 第70-73页 |
| 第五章 柑橘绿霉病菌抗DMI杀菌剂新基因型的发现 | 第73-92页 |
| 5.1 引言 | 第73页 |
| 5.2 材料与方法 | 第73-80页 |
| 5.2.1 菌株、材料及培养方法 | 第73-74页 |
| 5.2.2 培养基 | 第74-75页 |
| 5.2.3 试剂 | 第75-76页 |
| 5.2.4 引物序列 | 第76-77页 |
| 5.2.5 抑霉唑抗性表型和基因型检测 | 第77页 |
| 5.2.6 PdCYP51B和PdCYP51C基因的克隆和序列分析 | 第77页 |
| 5.2.7 实时定量PCR | 第77-78页 |
| 5.2.8 过表达载体构建 | 第78页 |
| 5.2.9 农杆菌介导的遗传转化 | 第78-79页 |
| 5.2.10 Southern杂交 | 第79-80页 |
| 5.2.11 PCR方法检测柑橘绿霉病菌抗性基因型 | 第80页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第80-89页 |
| 5.3.1 柑橘绿霉病菌对抑霉唑抗性及抗性基因型 | 第80-81页 |
| 5.3.2 CYP51同源基因的克隆 | 第81-82页 |
| 5.3.3 PdCYP51B启动子区含有199bp序列插入 | 第82-84页 |
| 5.3.4 199bp插入序列的生物信息学分析 | 第84页 |
| 5.3.5 PdCYP51B基因在IMZ-R3菌株中超量表达 | 第84-85页 |
| 5.3.6 PdCYP51同源基因均能被抑霉唑诱导 | 第85-86页 |
| 5.3.7 过表达PdCYP51B基因降低病菌对抑霉唑的敏感性 | 第86-87页 |
| 5.3.8 基于双重PCR的DMI抗性基因型检测 | 第87-89页 |
| 5.4 本章小结 | 第89-92页 |
| 第六章 柑橘绿霉病菌抗DMI杀菌剂新基因型的调控机理 | 第92-103页 |
| 6.1 引言 | 第92-93页 |
| 6.2 材料与方法 | 第93-94页 |
| 6.2.1 菌株和培养方法 | 第93页 |
| 6.2.2 载体构建 | 第93页 |
| 6.2.3 启动子定位 | 第93-94页 |
| 6.2.4 Southern杂交 | 第94页 |
| 6.2.5 生物信息学分析 | 第94页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第94-101页 |
| 6.3.1 199bp插入序列是一个转座子 | 第94-95页 |
| 6.3.2 PdMLE1特异且广泛的存在于柑橘绿霉病菌中 | 第95-96页 |
| 6.3.3 PdMLE1是一个强启动子 | 第96-97页 |
| 6.3.4 PdMLE1和PdCYP51B核心启动子区定位 | 第97-99页 |
| 6.3.5 PdMLE1的全基因组插入位点分析 | 第99-101页 |
| 6.4 本章小结 | 第101-103页 |
| 第七章 全文总结 | 第103-107页 |
| 7.1 柑橘绿霉病菌基因组测序及比较基因组研究 | 第103-104页 |
| 7.2 柑橘绿霉病菌抗药性研究 | 第104-105页 |
| 7.3 全文创新点 | 第105-106页 |
| 7.4 全文不足之处 | 第106页 |
| 7.5 今后的研究方向 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-119页 |
| 附录 | 第119-127页 |
| 研究生期间发表论文 | 第127-128页 |
