籼稻珍汕97和明恢63基因组的注释和比较分析
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-26页 |
| 1 水稻基因组研究现状 | 第15-17页 |
| 2 测序技术的发展 | 第17-21页 |
| 2.1 第一代测序技术 | 第18页 |
| 2.2 第二代测序技术 | 第18-20页 |
| 2.3 第三代测序技术 | 第20-21页 |
| 3 基因组注释 | 第21-24页 |
| 3.1 转座因子研究现状 | 第21-22页 |
| 3.2 蛋白质编码基因研究现状 | 第22-23页 |
| 3.3 蛋白质功能注释 | 第23页 |
| 3.4 非编码基因注释 | 第23-24页 |
| 4 比较基因组学研究 | 第24页 |
| 5 本研究的目的与意义 | 第24-26页 |
| 第二章 ZS97和MH63基因组的评估和注释 | 第26-56页 |
| 1 前言 | 第26页 |
| 2 实验材料与方法 | 第26-53页 |
| 2.1 基因组序列信息 | 第26-27页 |
| 2.1.1 基于参考基因组的组装 | 第26-27页 |
| 2.1.2 基于BAC-by-BAC策略的组装 | 第27页 |
| 2.2 基因表达数据的搜集与整理 | 第27-28页 |
| 2.2.1 EST数据 | 第27页 |
| 2.2.2 RNA-seq数据 | 第27-28页 |
| 2.2.3 Iso-seq数据 | 第28页 |
| 2.3 蛋白质数据整理 | 第28-29页 |
| 2.4 基因组的去污染 | 第29-32页 |
| 2.5 二代和三代序列的整合 | 第32-33页 |
| 2.6 基因组质量评估 | 第33-34页 |
| 2.6.1 测序连续性评估 | 第33页 |
| 2.6.2 测序完整性评估 | 第33-34页 |
| 2.6.3 测序准确性评估 | 第34页 |
| 2.7 ZS97和MH63的注释分析 | 第34-53页 |
| 2.7.1 基因组TE区域注释 | 第34-37页 |
| 2.7.2 着丝粒区域注释 | 第37-41页 |
| 2.7.3 端粒区域注释 | 第41页 |
| 2.7.4 编码基因注释 | 第41-50页 |
| 2.7.5 编码基因的功能注释 | 第50页 |
| 2.7.6 TE-related基因识别 | 第50-52页 |
| 2.7.7 非编码RNA基因注释 | 第52-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-54页 |
| 4 讨论 | 第54-56页 |
| 第三章 ZS97和MH63比较基因组学分析 | 第56-81页 |
| 1 前言 | 第56-57页 |
| 2 实验材料和方法 | 第57-78页 |
| 2.1 SNP和InDel分析 | 第57-58页 |
| 2.2 SNP和InDel对于基因编码的影响 | 第58-60页 |
| 2.3 结构变异分析 | 第60-69页 |
| 2.3.1 PAV区域分析 | 第60-61页 |
| 2.3.2 倒位区域分析 | 第61-65页 |
| 2.3.3 易位区域分析 | 第65-69页 |
| 2.4 GAP、PAV、倒位和易位对基因的影响 | 第69-72页 |
| 2.5 PAV区域基因的富集分析 | 第72-73页 |
| 2.6 基于编码基因的基因组共线性分析 | 第73-77页 |
| 2.6.1 共线性区域基因的详细分类 | 第73页 |
| 2.6.2 基因组片段复制和串联重复基因 | 第73-77页 |
| 2.7 加性和显性效应区域的基因富集分析 | 第77-78页 |
| 3 结果与分析 | 第78-79页 |
| 3.1 基因的详细分类 | 第78页 |
| 3.2 PAV、易位和倒位区域富含TE | 第78-79页 |
| 3.3 GAP等区域影响基因编码完整性 | 第79页 |
| 3.4 基因组的互补性 | 第79页 |
| 4 讨论 | 第79-81页 |
| 第四章 ZS97和MH63的转录组学分析 | 第81-95页 |
| 1 前言 | 第81页 |
| 2 实验材料与方法 | 第81-92页 |
| 2.1 RNA-seq和Iso-seq数据 | 第81页 |
| 2.2 RNA-seq质量控制 | 第81-82页 |
| 2.3 RNA-seq比对到参考基因组 | 第82-87页 |
| 2.3.1 Mapping率统计 | 第82-83页 |
| 2.3.2 表达基因统计 | 第83-86页 |
| 2.3.3 样本聚类 | 第86-87页 |
| 2.4 DEG基因的检测 | 第87-88页 |
| 2.5 Iso-seq错误率统与校正 | 第88-89页 |
| 2.6 Iso-seq识别新的剪切位点 | 第89-90页 |
| 2.7 RNA编辑 | 第90-92页 |
| 3 结果与分析 | 第92-93页 |
| 3.1 基因组完整性影响后续分析 | 第92-93页 |
| 3.2 影响基因表达差异的因素分析 | 第93页 |
| 3.3 基因组能够提高Iso-seq的准确性 | 第93页 |
| 3.4 RNA-seq数据检测RNA编辑 | 第93页 |
| 4 讨论 | 第93-95页 |
| 第五章 总结和展望 | 第95-98页 |
| 1 总结 | 第95-96页 |
| 2 展望 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-107页 |
| 附录 | 第107-112页 |
| 附录Ⅰ 应用于注释的EST数据的搜集于整理 | 第107-109页 |
| 附录Ⅱ RNA-SEQ测序量及质量控制 | 第109-111页 |
| 附录Ⅲ 攻读硕士与博士学位期间发表论文 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
