| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 目录 | 第8-12页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 1、国内外研究进展 | 第13-22页 |
| 1.1 干旱的概况 | 第13-16页 |
| 1.1.1 干旱与作物生长 | 第13-14页 |
| 1.1.2 干旱与作物育种 | 第14页 |
| 1.1.3 干旱与抗逆基因 | 第14-16页 |
| 1.2 谷子简介 | 第16页 |
| 1.3 测序技术 | 第16-19页 |
| 1.3.1 传统的Sanger测序法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 二代测序技术(NGS) | 第17-19页 |
| 1.4 RNA-seq测序技术 | 第19-20页 |
| 1.5 F-box家族基因的发掘及应用前景 | 第20-21页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第21-22页 |
| 2、谷子苗期PEG干旱诱导下转录组分析 | 第22-40页 |
| 2.1 试验材料 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 植物材料及胁迫处理 | 第22页 |
| 2.2.2 RNA的提取 | 第22-23页 |
| 2.2.3 cDNA的合成与文库构建 | 第23页 |
| 2.2.4 数据过滤 | 第23页 |
| 2.2.5 序列的拼接和组装 | 第23-24页 |
| 2.2.6 Unigene功能注释 | 第24-25页 |
| 2.2.7 Unigene的GO注释 | 第25页 |
| 2.2.8 Unigene的代谢通路分析 | 第25页 |
| 2.2.9 Unigene的可变剪切分析 | 第25-26页 |
| 2.2.10 单核苷酸多态性检测分析 | 第26-27页 |
| 2.3 结果 | 第27-38页 |
| 2.3.1 原始数据的获得 | 第27页 |
| 2.3.2 clean reads的产生 | 第27页 |
| 2.3.3 序列的拼接和组装 | 第27-28页 |
| 2.3.4 基因的注释及富集分析 | 第28-34页 |
| 2.3.5 可变剪切分析 | 第34-37页 |
| 2.3.6 单核苷酸多态性变异检测 | 第37-38页 |
| 2.4 小结 | 第38-40页 |
| 3、谷子苗期PEG干旱诱导下数字表达谱分析 | 第40-54页 |
| 3.1 试验材料 | 第40页 |
| 3.2 实验方法 | 第40-42页 |
| 3.2.1 材料的种植与胁迫处理 | 第40页 |
| 3.2.2 RNA的提取 | 第40页 |
| 3.2.3 数字表达谱文库的构建 | 第40-41页 |
| 3.2.4 原始数据的处理 | 第41页 |
| 3.2.5 基因表达注释 | 第41页 |
| 3.2.6 差异表达基因的筛选 | 第41页 |
| 3.2.7 差异基因的聚类分析 | 第41-42页 |
| 3.2.8 差异表达基因的GO功能注释分析 | 第42页 |
| 3.2.9 差异基因的pathway代谢通路分析 | 第42页 |
| 3.3 结果 | 第42-53页 |
| 3.3.1 数据的获得与处理 | 第42-44页 |
| 3.3.2 差异基因表达模式聚类分析 | 第44-45页 |
| 3.3.3 差异基因GO功能富集分析 | 第45-47页 |
| 3.3.4 差异基因pathway显著性富集分析 | 第47-50页 |
| 3.3.5 F-box基因的发掘 | 第50-53页 |
| 3.4 小结 | 第53-54页 |
| 4、F-box基因的克隆及表达模式分析 | 第54-70页 |
| 4.1 实验材料 | 第54页 |
| 4.2 实验方法 | 第54-58页 |
| 4.2.1 谷子材料的种植及RNA的提取、cDNA的合成 | 第54页 |
| 4.2.2 F-box基因的克隆 | 第54-57页 |
| 4.2.3 F-box基因的生物信息学分析 | 第57-58页 |
| 4.3 结果 | 第58-68页 |
| 4.3.1 F-box基因的克隆 | 第58-59页 |
| 4.3.2 F-box基因的序列分析 | 第59-60页 |
| 4.3.3 F-box蛋白的二级结构预测 | 第60-62页 |
| 4.3.4 F-box的家族蛋白分析及系统进化树分析 | 第62-63页 |
| 4.3.5 F-box基因的表达模式分析 | 第63-68页 |
| 4.4 小结 | 第68-70页 |
| 5、pTF1 01.1-35s-F-box载体的构建及烟草转化 | 第70-79页 |
| 5.1 实验材料 | 第70页 |
| 5.2 实验方法 | 第70-75页 |
| 5.2.1 pTF101-35s-F-box表达载体的构建 | 第71-72页 |
| 5.2.2 pTF101.1-35s-F-box质粒转化EHA105农杆菌 | 第72-73页 |
| 5.2.3 含有pTF101.1-35s-F-box的农杆菌侵染烟草植株 | 第73-74页 |
| 5.2.4 转基因烟草的筛选及植株再生 | 第74页 |
| 5.2.5 转基因烟草的分子鉴定及RT-PCR检测 | 第74-75页 |
| 5.3 实验结果 | 第75-78页 |
| 5.3.1 pTF101.1-35s-F-box载体的构建 | 第75-76页 |
| 5.3.2 pTF101.1-35s-F-box转化EHA105农杆菌 | 第76-77页 |
| 5.3.3 转基因烟草的获得及PCR检测 | 第77页 |
| 5.3.4 转化烟草植株的基因表达检测 | 第77-78页 |
| 5.4 小结 | 第78-79页 |
| 6、转F-box基因烟草T1代植株的生理特征分析 | 第79-86页 |
| 6.1 试验材料 | 第79-80页 |
| 6.1.1 SOD的检测 | 第79页 |
| 6.1.2 MDA含量的测定 | 第79-80页 |
| 6.1.3 脯氨酸含量的测定 | 第80页 |
| 6.2 试验方法 | 第80-83页 |
| 6.2.1 烟草的种植 | 第80页 |
| 6.2.2 烟草植株的处理 | 第80页 |
| 6.2.3 SOD的测定 | 第80-81页 |
| 6.2.4 MDA含量的测定 | 第81-82页 |
| 6.2.5 叶片含水量的测定 | 第82-83页 |
| 6.2.6 转基因植株存活率测定 | 第83页 |
| 6.3 结果 | 第83-85页 |
| 6.3.1 转F-box基因的烟草植株的获得 | 第83页 |
| 6.3.2 转F-box基因烟草T1代植株生理分析 | 第83-85页 |
| 6.4 小结 | 第85-86页 |
| 讨论 | 第86-89页 |
| 结论 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-99页 |
| 附录A 表达量注释方法 | 第99-100页 |
| 附录B 差异表达基因的筛选原理 | 第100-102页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
