| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第8-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-37页 |
| 1 转录组和RNA-seq技术 | 第11-14页 |
| 1.1 转录组 | 第11-12页 |
| 1.2 RNA-seq技术 | 第12-13页 |
| 1.3 RNA-seq研究趋势 | 第13-14页 |
| 2 RNA-seq数据分析方法研究进展 | 第14-25页 |
| 2.1 RNA-seq数据格式 | 第14-15页 |
| 2.2 RNA-seq数据分析一般流程 | 第15-25页 |
| 2.2.1 数据质量控制 | 第15-16页 |
| 2.2.2 比对 | 第16-18页 |
| 2.2.3 转录本的组装 | 第18-19页 |
| 2.2.4 转录本定量 | 第19-21页 |
| 2.2.5 新转录本的鉴定 | 第21-22页 |
| 2.2.6 差异表达基因分析 | 第22-23页 |
| 2.2.7 可变剪切分析 | 第23页 |
| 2.2.8 基因功能的富集分析 | 第23-25页 |
| 3 RNA-seq数据分析软件的评价 | 第25-29页 |
| 3.1 比对结果质量评价与软件比较 | 第25页 |
| 3.2 组装结果质量评价与软件比较 | 第25-27页 |
| 3.3 差异基因的质量评价与软件比较 | 第27-29页 |
| 4 基于文献计量学方法的体细胞诱导多能性重编程方法研究 | 第29-37页 |
| 4.1 用文献计量学方法调研体细胞诱导多能性重编程相关的文献 | 第29-31页 |
| 4.2 研究细胞重编程与多能干细胞的网络资源 | 第31-32页 |
| 4.3 体细胞重编程与多能干细胞 | 第32-34页 |
| 4.4 体细胞重编程的方法 | 第34-37页 |
| 4.4.1 体细胞核移植重编程 | 第34页 |
| 4.4.2 外源转录因子过表达介导的重编程 | 第34-35页 |
| 4.4.3 小分子化合物介导的重编程 | 第35页 |
| 4.4.4 胞质孵育诱导的重编程 | 第35页 |
| 4.4.5 多能性细胞提取物诱导的重编程 | 第35-36页 |
| 4.4.6 与多能性细胞融合诱导的重编程 | 第36-37页 |
| 第二章 不同RNA-seq分析平台搭建及其在体细胞重编程基因差异表达分析中的应用 | 第37-77页 |
| 1 引言 | 第37-40页 |
| 1.1 RNA-seq分析平台的搭建及软件比较 | 第37-38页 |
| 1.2 体细胞诱导多能性重编程的方法比较 | 第38-40页 |
| 2 数据来源和分析方法 | 第40-45页 |
| 2.1 硬件设备和软件版本 | 第40页 |
| 2.2 数据来源 | 第40-42页 |
| 2.3 数据格式转换 | 第42-43页 |
| 2.4 原始数据数据质量查看与质量控制 | 第43页 |
| 2.5 使用HISAT2和Tophat2进行比对与比较 | 第43页 |
| 2.6 使用Stringtie和Cufflinks进行组装与比较 | 第43-44页 |
| 2.7 使用Ballgown和Cuffdiff2进行差异分析与比较 | 第44页 |
| 2.8 差异表达基因的功能富集分析 | 第44-45页 |
| 3 结果 | 第45-73页 |
| 3.1 质控结果 | 第45-47页 |
| 3.2 HISAT2与Tophat2的比较 | 第47-52页 |
| 3.2.1 软件性能比较 | 第48-50页 |
| 3.2.2 比对率 | 第50-52页 |
| 3.3 Stringtie与Cuffdlinks的比较 | 第52-56页 |
| 3.3.1 软件性能比较 | 第52-55页 |
| 3.3.2 组装得到的基因转录本数目的比较 | 第55-56页 |
| 3.4 Ballgown与Cuffdiff2的比较 | 第56-60页 |
| 3.4.1 软件性能比较 | 第56-57页 |
| 3.4.2 差异基因数目比较 | 第57-60页 |
| 3.5 基于HISAT2、Stringtie和Ballgown的分析平台与基于Tophat2和Cufflinks的分析平台的比较 | 第60-61页 |
| 3.6 PCA分析 | 第61-62页 |
| 3.7 差异表达基因分析 | 第62-67页 |
| 3.8 差异表达基因的GO分析 | 第67-69页 |
| 3.9 差异表达基因的KEGG分析 | 第69-71页 |
| 3.10 基因互作网络分析 | 第71-72页 |
| 3.11 重编程相关基因探究 | 第72-73页 |
| 4 讨论 | 第73-75页 |
| 4.1 RNA-seq数据分析平台搭建与软件比较 | 第73-74页 |
| 4.2 体细胞重编程差异表达基因分析 | 第74-75页 |
| 5 结论 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-93页 |
| 附录 | 第93-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
