| 摘要 | 第7-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 第1章 前言 | 第19-44页 |
| 1.1 被子植物分子系统学研究进展 | 第19-25页 |
| 1.2 植物群体遗传及亲缘地理学概述 | 第25-30页 |
| 1.2.1 植物群体遗传学 | 第25-26页 |
| 1.2.2 植物亲缘地理学概述 | 第26-30页 |
| 1.3 栽培植物驯化起源研究 | 第30-33页 |
| 1.3.1 植物驯化起源概述 | 第30-31页 |
| 1.3.2 分子标记在植物驯化起源中的应用 | 第31-33页 |
| 1.4 杨梅的研究概况 | 第33-44页 |
| 1.4.1 物种介绍及其研究现状 | 第33-37页 |
| 1.4.2 杨梅种质遗传及品种间关系研究 | 第37-42页 |
| 1.4.3 存在的问题和研究意义 | 第42-43页 |
| 1.4.4 研究内容和目的 | 第43-44页 |
| 第2章 野外调查与采样 | 第44-55页 |
| 2.1 资源调查与采集方法 | 第44页 |
| 2.2 野外调查及采样结果 | 第44-55页 |
| 2.2.1 野外调查及形态学描述 | 第44-49页 |
| 2.2.2 野外采集结果 | 第49-55页 |
| 第3章 杨梅属中国种类的系统位置及分化时间研究 | 第55-76页 |
| 3.1 材料和方法 | 第56-64页 |
| 3.1.1 材料 | 第56-58页 |
| 3.1.2 方法 | 第58-64页 |
| 3.1.2.1 分子系统学方法 | 第58-62页 |
| 3.1.2.2 种内种间分化时间估算 | 第62-63页 |
| 3.1.2.3 De novo组装和序列注释 | 第63-64页 |
| 3.2 结果分析 | 第64-72页 |
| 3.2.1 基因组DNA提取及检测 | 第64页 |
| 3.2.2 RAD标签生成及De novo组装 | 第64-65页 |
| 3.2.3 系统发育关系及分化时间估算 | 第65-69页 |
| 3.2.4 序列注释及GO富集分析 | 第69-72页 |
| 3.3 讨论 | 第72-75页 |
| 3.3.1 杨梅及其近缘种亲缘关系及分类 | 第72-74页 |
| 3.3.2 青海-西藏高原(QTP)第三次隆起与杨梅种内分化 | 第74页 |
| 3.3.3 基于RAD-seq对杨梅遗传资源的开发 | 第74-75页 |
| 3.4 小结 | 第75-76页 |
| 第4章 杨梅叶绿体基因组测序与组装 | 第76-92页 |
| 4.1 材料 | 第77页 |
| 4.2 方法 | 第77-80页 |
| 4.2.1 基因组总DNA提取 | 第77页 |
| 4.2.2 文库的制备和测序 | 第77-78页 |
| 4.2.3 叶绿体基因组拼接与组装 | 第78-79页 |
| 4.2.4 叶绿体基因组注释 | 第79-80页 |
| 4.2.5 叶绿体基因组SNP及SSR分子标记开发 | 第80页 |
| 4.3 结果 | 第80-90页 |
| 4.3.1 测序结果分析 | 第80-81页 |
| 4.3.2 叶绿体基因组拼接与组装 | 第81-83页 |
| 4.3.3 基因注释结果 | 第83-87页 |
| 4.3.4 SNP及SSR分子标记开发 | 第87-90页 |
| 4.4 讨论 | 第90-92页 |
| 4.1.1 基于Illumina测序平台对杨梅叶绿体基因组的组装 | 第90页 |
| 4.1.2 杨梅叶绿体基因组结构特征 | 第90-92页 |
| 第5章 野生杨梅群体遗传及亲缘地理研究 | 第92-120页 |
| 5.1 材料 | 第92-94页 |
| 5.2 方法 | 第94-101页 |
| 5.2.1 基因组DNA提取 | 第94页 |
| 5.2.2 基于RAD-seq对杨梅野生群体亲缘关系的分析 | 第94页 |
| 5.2.3 基于cpDNA序列变异的群体遗传和亲缘地理分析 | 第94-98页 |
| 5.2.3.1 cpDNA引物筛选及群体扩增 | 第94-96页 |
| 5.2.3.2 数据处理及遗传多样性分析 | 第96页 |
| 5.2.3.3 单倍型网络图及系统发育树构建 | 第96-97页 |
| 5.2.3.4 群体遗传结构分析及历史动态分析 | 第97-98页 |
| 5.2.4 基于SSR杨梅群体遗传结构及动态历史分析 | 第98-101页 |
| 5.2.4.1 SSR引物筛选及评价 | 第98-99页 |
| 5.2.4.2 SSR原始数据处理 | 第99-100页 |
| 5.2.4.3 野生杨梅群体遗传多样性和遗传结构分析 | 第100页 |
| 5.2.4.4 野生杨梅群体动态历史分析 | 第100-101页 |
| 5.3 结果分析 | 第101-115页 |
| 5.3.1 基于RAD-seq对杨梅野生群体亲缘关系的研究 | 第101-102页 |
| 5.3.2 cpDNA序列的测序结果 | 第102-103页 |
| 5.3.3 基于cpDNA的单倍型谱系关系分析 | 第103-107页 |
| 5.3.4 SSR引物筛选及评价 | 第107页 |
| 5.3.5 基于cpDNA和SSR的群体遗传多样性 | 第107-111页 |
| 5.3.6 基于SSR的群体遗传结构分析 | 第111-113页 |
| 5.3.7 群体历史动态分析 | 第113-115页 |
| 5.3.7.1 中性检验及失配分布分析 | 第113-114页 |
| 5.3.7.2 地理隔离效应(IBD)检测 | 第114页 |
| 5.3.7.3 群体间基因流(Nm)检测 | 第114-115页 |
| 5.4 讨论 | 第115-119页 |
| 5.4.1 野生杨梅的群体结构、亲缘地理及历史动态 | 第115-117页 |
| 5.4.2 野生杨梅群体的遗传多样性及其种质资源利用与保护 | 第117-119页 |
| 5.5 小结 | 第119-120页 |
| 第6章 基于SSR和RAD-seq标记对栽培杨梅驯化起源及品种(系)间关系研究 | 第120-154页 |
| 6.1 材料 | 第121页 |
| 6.2 方法 | 第121-127页 |
| 6.2.1 基因组DNA提取 | 第121页 |
| 6.2.2 基于SSR分子标记对栽培杨梅驯化起源及品种间关系研究 | 第121-125页 |
| 6.2.2.1 SSR群体扩增和测序 | 第121-124页 |
| 6.2.2.2 SSR原始数据处理 | 第124页 |
| 6.2.2.3 群体遗传多样性及遗传结构分析 | 第124-125页 |
| 6.2.2.4 基于SSR标记的栽培杨梅品种(系)间关系的研究 | 第125页 |
| 6.2.3 基于RAD-seq对栽培杨梅驯化起源及品种间关系研究 | 第125-126页 |
| 6.2.3.1 RAD文库的制备和测序 | 第125页 |
| 6.2.3.2 原始数据处理及SNP位点筛选 | 第125-126页 |
| 6.2.3.3 具有亲缘关系的系统树构建 | 第126页 |
| 6.2.4 栽培品种(系)形态和农艺性状分析 | 第126-127页 |
| 6.3 结果 | 第127-147页 |
| 6.3.1 栽培杨梅各品种(系)农艺性状统计 | 第127页 |
| 6.3.2 基于SSR分子标记的栽培杨梅与野生杨梅的群体遗传多样性分析 | 第127-132页 |
| 6.3.3 基于SSR分子标记的群体遗传结构及群体间基因流分析 | 第132-136页 |
| 6.3.4 基于RAD-seq的杨梅群体间亲缘关系分析 | 第136-142页 |
| 6.3.5 不同杨梅栽培品种(系)之间的关系 | 第142-147页 |
| 6.3.5.1 基于SSR标记的栽培品种(系)间的关系 | 第142-144页 |
| 6.3.5.2 基于RAD-seq数据的栽培品种(系)间关系分析 | 第144-147页 |
| 6.4 讨论 | 第147-153页 |
| 6.4.1 驯化对杨梅遗传多样性及群体遗传结构影响 | 第147-148页 |
| 6.4.2 栽培杨梅的驯化起源 | 第148-150页 |
| 6.4.3 不同杨梅品种(系)间的关系 | 第150-153页 |
| 6.5 小结 | 第153-154页 |
| 第7章 总结与展望 | 第154-156页 |
| 7.1 总结 | 第154-155页 |
| 7.2 展望 | 第155-156页 |
| 参考文献 | 第156-175页 |
| 附录 | 第175-178页 |
| 在读期间的主要成果 | 第178-180页 |
| 致谢 | 第180-181页 |
