| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 1 绪论 | 第10-17页 |
| ·研究背景及意义 | 第10-11页 |
| ·研究背景 | 第10页 |
| ·研究意义 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-15页 |
| ·基因组岛简介 | 第11-13页 |
| ·基因组岛预测方法概述 | 第13-15页 |
| ·论文的主要工作与组织结构 | 第15-17页 |
| ·本文研究的主要内容 | 第15-16页 |
| ·本文组织结构 | 第16-17页 |
| 2 基因组岛预测中的信息提取与识别算法 | 第17-30页 |
| ·引言 | 第17页 |
| ·基因组岛相关的数据集 | 第17-21页 |
| ·基因组岛的信息提取 | 第21-25页 |
| ·GC含量的测定 | 第22页 |
| ·遗传密码子使用偏好性（codeusage） | 第22-23页 |
| ·k-mer频率统计 | 第23页 |
| ·tRNA信息的提取 | 第23页 |
| ·开放阅读框（ORF Finder）的提取 | 第23-24页 |
| ·reputer重复片段的提取 | 第24-25页 |
| ·基因组岛的特征挑选 | 第25-27页 |
| ·主成分分析法 | 第25-26页 |
| ·遗传算法 | 第26-27页 |
| ·决策树 | 第27页 |
| ·基因组岛的预测算法 | 第27-29页 |
| ·Centroid | 第27-28页 |
| ·Alien_Hunter | 第28-29页 |
| ·Sighunt | 第29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 3 一种基于双样本t检验的基因组岛预测算法 | 第30-43页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·材料与方法 | 第30-37页 |
| ·数据集 | 第30页 |
| ·信息提取方法 | 第30-33页 |
| ·基于峰度的特征挑选 | 第33-36页 |
| ·基于双样本t检验的散度 | 第36-37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-42页 |
| ·窗口与k-mer的讨论 | 第37-38页 |
| ·不同基因信息的比较分析 | 第38-39页 |
| ·提取宿主特征的方法比较 | 第39-40页 |
| ·核心特征提取方法的比较 | 第40-41页 |
| ·不同打分方式的比较 | 第41-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 4 一种基于多尺度统计分析的基因组岛预测算法 | 第43-58页 |
| ·引言 | 第43页 |
| ·材料与方法 | 第43-47页 |
| ·边界识别算法CG-MJSD | 第43-44页 |
| ·基于小规模动态特征挑选的大尺度迭代统计算法 (ILST-DSFS) | 第44-45页 |
| ·基因组岛识别算法MTGIpick | 第45-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-57页 |
| ·评估方法 | 第47-48页 |
| ·基因组岛的边界识别实验 | 第48-49页 |
| ·GIs/non-GIs的分类实验 | 第49-51页 |
| ·与IslandViewer数据库的比较分析 | 第51-52页 |
| ·组装/非组装基因组中水平转移基因的识别实验 | 第52-53页 |
| ·S. enterica Typhi CT18实验 | 第53-55页 |
| ·方法效率 | 第55-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 5 基于java的图形用户界面设计 | 第58-63页 |
| ·引言 | 第58页 |
| ·图形用户界面 | 第58-60页 |
| ·组件和容器 | 第59页 |
| ·布局管理器 | 第59-60页 |
| ·基于MTGIpick算法的软件制作 | 第60-62页 |
| ·软件概述 | 第61页 |
| ·界面的设计 | 第61-62页 |
| ·小节 | 第62-63页 |
| 6 总结与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-70页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |