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基于染色体交互挂载拟南芥Scaffolds

摘要第1-7页
Abstract第7-8页
缩略表第8-9页
第一章 前言第9-19页
   ·植物基因组学研究综述第9-14页
     ·基因组学研究及测序技术第9-10页
     ·植物基因组序列组装研究第10-13页
     ·模式植物拟南芥基因组研究第13-14页
   ·三维基因组研究进展第14-17页
     ·染色体构象捕获技术第14-16页
     ·植物三维基因组研究第16页
     ·染色体构象捕获用于基因组组装研究的现状第16-17页
   ·研究目的和意义第17-19页
第二章 拟南芥Hi-C实验设计第19-28页
   ·引言第19-22页
   ·实验材料第22-23页
     ·植物材料来源、种植和取样第22页
     ·试剂与耗材第22页
     ·主要实验仪器第22页
     ·工具酶及缓冲液第22页
     ·引物与测序分析第22-23页
   ·实验方法第23-27页
     ·Hi-C染色质交互文库的构建第23-26页
     ·测序文库构建第26-27页
     ·单克隆测序及高通量测序第27页
   ·Hi-C数据处理第27-28页
     ·比对第27页
     ·过滤第27页
     ·构建交互矩阵第27页
     ·计算皮尔森相关系数(重复性检验)第27-28页
第三章 结果与讨论第28-46页
   ·Hi-C染色质交互文库质量评价第28-29页
   ·Hi-C染色质交互数据的获取及分析第29-32页
   ·基于染色质交互数据层次聚类的SCAFFOLDS分群结果第32-37页
   ·基于染色体内交互规律进行SCAFFOLDS排序和方向确定第37-39页
   ·基于染色质交互组装基因组的优势第39-41页
   ·组装方法的鲁棒性(ROBUST)分析第41-46页
     ·测序数据量对组装结果的影响第41-43页
     ·参数的鲁棒性分析第43-46页
第四章 结论与展望第46-50页
   ·结论第46页
   ·基于染色质交互组装植物基因组的应用前景和展望第46-50页
     ·应用前景第46-47页
     ·技术的优化、整合和展望第47-50页
参考文献第50-53页
硕士期间发表的论文第53-54页
致谢第54页

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