| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略表 | 第8-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-19页 |
| ·植物基因组学研究综述 | 第9-14页 |
| ·基因组学研究及测序技术 | 第9-10页 |
| ·植物基因组序列组装研究 | 第10-13页 |
| ·模式植物拟南芥基因组研究 | 第13-14页 |
| ·三维基因组研究进展 | 第14-17页 |
| ·染色体构象捕获技术 | 第14-16页 |
| ·植物三维基因组研究 | 第16页 |
| ·染色体构象捕获用于基因组组装研究的现状 | 第16-17页 |
| ·研究目的和意义 | 第17-19页 |
| 第二章 拟南芥Hi-C实验设计 | 第19-28页 |
| ·引言 | 第19-22页 |
| ·实验材料 | 第22-23页 |
| ·植物材料来源、种植和取样 | 第22页 |
| ·试剂与耗材 | 第22页 |
| ·主要实验仪器 | 第22页 |
| ·工具酶及缓冲液 | 第22页 |
| ·引物与测序分析 | 第22-23页 |
| ·实验方法 | 第23-27页 |
| ·Hi-C染色质交互文库的构建 | 第23-26页 |
| ·测序文库构建 | 第26-27页 |
| ·单克隆测序及高通量测序 | 第27页 |
| ·Hi-C数据处理 | 第27-28页 |
| ·比对 | 第27页 |
| ·过滤 | 第27页 |
| ·构建交互矩阵 | 第27页 |
| ·计算皮尔森相关系数（重复性检验） | 第27-28页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第28-46页 |
| ·Hi-C染色质交互文库质量评价 | 第28-29页 |
| ·Hi-C染色质交互数据的获取及分析 | 第29-32页 |
| ·基于染色质交互数据层次聚类的SCAFFOLDS分群结果 | 第32-37页 |
| ·基于染色体内交互规律进行SCAFFOLDS排序和方向确定 | 第37-39页 |
| ·基于染色质交互组装基因组的优势 | 第39-41页 |
| ·组装方法的鲁棒性（ROBUST）分析 | 第41-46页 |
| ·测序数据量对组装结果的影响 | 第41-43页 |
| ·参数的鲁棒性分析 | 第43-46页 |
| 第四章 结论与展望 | 第46-50页 |
| ·结论 | 第46页 |
| ·基于染色质交互组装植物基因组的应用前景和展望 | 第46-50页 |
| ·应用前景 | 第46-47页 |
| ·技术的优化、整合和展望 | 第47-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |