| 中文摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 1.前言 | 第14-22页 |
| ·研究问题的由来 | 第14页 |
| ·文献综述 | 第14-20页 |
| ·MiRNA的转录与加工 | 第14-16页 |
| ·MiRNA的转录及原初转录物的剪切加工 | 第14-15页 |
| ·MiRNA前体的出核转运 | 第15页 |
| ·MiRNA前体的剪切加工 | 第15页 |
| ·MiRNA前体剪切加工的链选择 | 第15-16页 |
| ·MiRNA与靶基因的作用机制 | 第16-18页 |
| ·MiRNA翻译起始抑制机制 | 第16页 |
| ·MiRNA翻译起始后抑制 | 第16-17页 |
| ·MiRNA介导mRNA降解 | 第17页 |
| ·其他作用机制 | 第17-18页 |
| ·MiRNA的预测、克隆及鉴定 | 第18-19页 |
| ·MiRNA的功能 | 第19页 |
| ·MiRNA与肌肉生长发育 | 第19-20页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第20-22页 |
| 2.材料与方法 | 第22-26页 |
| ·材料 | 第22-24页 |
| ·主要数据库 | 第22-23页 |
| ·UCSC基因组信息网站 | 第22页 |
| ·2 NCBI基因组网站 | 第22页 |
| ·MiRBase数据库 | 第22页 |
| ·组织样品 | 第22-23页 |
| ·Affemetix芯片及miRNA芯片 | 第23页 |
| ·主要试剂 | 第23页 |
| ·主要软件 | 第23-24页 |
| ·方法 | 第24-26页 |
| ·数据集的构建 | 第24页 |
| ·建模用数据集 | 第24页 |
| ·注释用数据集 | 第24页 |
| ·SVM建模 | 第24-25页 |
| ·Stemloop实时定量PCR | 第25-26页 |
| 3.结果与分析 | 第26-63页 |
| ·一种全基因组MIRNA预测方法的建立及其软件实现 | 第26-34页 |
| ·研究策略 | 第26页 |
| ·MiRNA的特征 | 第26-27页 |
| ·MiRNA的突变率与miRNA二级结构间的关系 | 第26-27页 |
| ·一种miRNA二级结构描述语法 | 第27页 |
| ·特征向量的性能 | 第27页 |
| ·构建数据集 | 第27-28页 |
| ·阳性数据集 | 第27页 |
| ·阴性数据集 | 第27-28页 |
| ·MiRNA预测程序的开发 | 第28页 |
| ·SVM模型的拟合 | 第28-33页 |
| ·7 MiRFinder测试 | 第33页 |
| ·MiRFinder与其他软件的比较 | 第33-34页 |
| ·一种新的从高通量测序文库中挖掘MIRNA的方法及其软件实现 | 第34-40页 |
| ·MiRNA高通量测序文库的数据特点 | 第34-36页 |
| ·高通量测序技术与文库的背景信号 | 第34-36页 |
| ·如何降低高通量测文库的背景信号 | 第36页 |
| ·MiRNA高通量测序文库分析软件的开发 | 第36-40页 |
| ·MiR-Ⅱ SVM模型的构建 | 第40页 |
| ·MiR-Ⅱ在基因组中的应用测试 | 第40页 |
| ·一种基于锁式探针捕获和实时定量PCR技术的MIRNA定量方法的建立 | 第40-45页 |
| ·基于锁式探针捕获和实时定量PCR的miRNA定量方法 | 第41-42页 |
| ·利用一个锁式探针捕获目标miRNA | 第42页 |
| ·利用实时定量PCR方法检测锁式探针捕获到的信号 | 第42页 |
| ·定量方法性能测试 | 第42-45页 |
| ·猪MIRNA的鉴定以及骨骼肌MIRNA表达谱研究 | 第45-56页 |
| ·研究策略 | 第45页 |
| ·猪miRNA的鉴定 | 第45-47页 |
| ·利用同源比对方法预测猪的miRNA | 第45页 |
| ·利用基因芯片技术检测miRNA的表达 | 第45-47页 |
| ·猪骨骼肌中miRNA的表达谱研究 | 第47-56页 |
| ·猪骨骼肌中miRNA表达的基本情况 | 第47-48页 |
| ·骨骼肌发育不同时期差异表达基因 | 第48-50页 |
| ·通过实时定量PCR方法验证芯片的结果 | 第50-51页 |
| ·肌肉发育过程中特异的miRNA表达类型 | 第51-52页 |
| ·差异表达miRNA与骨骼肌发育 | 第52-56页 |
| ·猪骨骼肌不同发育时期MRNA表达谱分析 | 第56-63页 |
| ·猪骨骼肌中mRNA表达基本情况 | 第56-57页 |
| ·骨骼肌不同发育时期差异表达基因 | 第57-60页 |
| ·肌肉发育过程中特异的mRNA表达类型 | 第60-62页 |
| ·MiRNA:mRNA比较转录组分析 | 第62-63页 |
| 4.讨论 | 第63-68页 |
| ·本研究的主要结果与讨论 | 第63-66页 |
| ·全基因组miRNA预测方法 | 第63页 |
| ·高通量miRNA测序文库分析方法 | 第63-64页 |
| ·MiRNA定量方法 | 第64-65页 |
| ·猪骨骼肌miRNA的鉴定 | 第65页 |
| ·不同发育时期猪骨骼肌组织表达谱研究 | 第65-66页 |
| ·本研究的创新点与特色 | 第66页 |
| ·本研究的不足之处 | 第66-68页 |
| 在读期间发表论文题录 | 第68-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-78页 |
| 附录1 描述MIRNA特征的参数的计算方法 | 第78-79页 |
| 附录2 快速扫描具有发卡结构的基因组序列 | 第79-82页 |
| 个人简历 | 第82-87页 |
