蛋白质固液界面吸附的分子模拟
| 中文摘要 | 第1-3页 |
| ABSTRACT | 第3-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-24页 |
| ·蛋白质结构 | 第7-11页 |
| ·蛋白质分子结构特性 | 第7-8页 |
| ·维持和稳定蛋白质结构的因素 | 第8-10页 |
| ·蛋白质结构的物理特性 | 第10-11页 |
| ·蛋白质界面吸附现象和研究意义 | 第11-13页 |
| ·蛋白质的界面吸附特性 | 第13-17页 |
| ·蛋白质自身特性对吸附的影响 | 第13-15页 |
| ·溶液对吸附的影响 | 第15-16页 |
| ·固体界面对吸附的影响 | 第16-17页 |
| ·蛋白质固液界面吸附的研究现状 | 第17-22页 |
| ·固液界面吸附现象研究现状 | 第17-18页 |
| ·蛋白质固液界面吸附现象研究 | 第18-19页 |
| ·蛋白质固液界面吸附现象研究方法 | 第19-22页 |
| ·本课题的研究意义 | 第22-24页 |
| 第二章 蛋白质界面吸附的分子模拟 | 第24-39页 |
| ·分子模拟的物理模型 | 第24页 |
| ·分子模拟的基本方法 | 第24-25页 |
| ·分子力场及界面的模拟 | 第25-29页 |
| ·分子力场 | 第25-27页 |
| ·界面的模拟 | 第27-29页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第29-37页 |
| ·模拟分子结构的初始化 | 第30-32页 |
| ·蛋白质体系的预处理 | 第32-33页 |
| ·分子动力学积分方法 | 第33-34页 |
| ·温度控制 | 第34-35页 |
| ·周期性边界条件 | 第35-36页 |
| ·截断 | 第36-37页 |
| ·步长 | 第37页 |
| ·常用分子模拟软件介绍 | 第37-39页 |
| 第三章 模型建立及其算法 | 第39-50页 |
| ·模拟蛋白质的选择 | 第39-40页 |
| ·模型中的原子参数 | 第40-45页 |
| ·原子类型 | 第40页 |
| ·原子电荷 | 第40页 |
| ·键伸缩能参数 | 第40-41页 |
| ·键角弯折能参数 | 第41-42页 |
| ·二面角扭转能参数 | 第42-43页 |
| ·非正常二面角能参数 | 第43页 |
| ·Urey-Bradley 相互作用能参数 | 第43-44页 |
| ·范德华相互作用能参数 | 第44-45页 |
| ·静电相互作用能 | 第45页 |
| ·模型建立 | 第45-48页 |
| ·聚十赖氨酸分子的构建 | 第45-46页 |
| ·固液界面 | 第46-47页 |
| ·模拟条件 | 第47-48页 |
| ·模拟过程 | 第48-50页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第50-65页 |
| ·聚十赖氨酸构象的变化 | 第50-53页 |
| ·在不同界面上聚十赖氨酸的主链二面角变化 | 第50-52页 |
| ·界面能量参数对主链二面角的影响 | 第52-53页 |
| ·吸附过程中的能量变化 | 第53-56页 |
| ·不同界面上聚十赖氨酸分子的能量变化 | 第53-54页 |
| ·不同界面体系对聚十赖氨酸分子的作用能 | 第54-55页 |
| ·不同吸附体系的吸附能 | 第55-56页 |
| ·吸附过程中聚十赖氨酸分子的运动 | 第56-59页 |
| ·吸附过程中聚十赖氨酸的侧链构象 | 第59-61页 |
| ·水溶液在吸附中的作用 | 第61-63页 |
| ·不同力场的模拟结果 | 第63-65页 |
| 第五章 结论 | 第65-66页 |
| 附录 聚十赖氨酸分子内原子电荷定义 | 第66-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
