| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-32页 |
| ·引言 | 第15页 |
| ·牛肉肉质性状的重要性和意义 | 第15-16页 |
| ·物理因素在牛肉肉质性状中的作用 | 第16-20页 |
| ·肌肉的结构 | 第16-17页 |
| ·肌肉蛋白 | 第17-18页 |
| ·结缔组织 | 第18-19页 |
| ·脂肪和肉的风味 | 第19页 |
| ·大理石花纹 | 第19-20页 |
| ·影响牛肉肉质性状的因素 | 第20-21页 |
| ·品种和性别 | 第20页 |
| ·饲养、屠宰体重和年龄 | 第20-21页 |
| ·屠宰后牛肉的变化 | 第21-22页 |
| ·牛肉的嫩化机制 | 第22页 |
| ·牛肉嫩度测量的方法 | 第22-24页 |
| ·直接测量方法 | 第22-23页 |
| ·间接测量方法 | 第23-24页 |
| ·功能基因组学在牛肉性状研究中的应用 | 第24-30页 |
| ·功能基因组学的意义 | 第24-25页 |
| ·牛功能基因组学研究的意义 | 第25页 |
| ·进行功能基因组学研究的分子工具 | 第25-27页 |
| ·功能基因组学在牛肉质性状研究中的应用 | 第27-30页 |
| ·研究目的和内容 | 第30-32页 |
| 第二章 创伤性应激引起牛肉品质变化的研究 | 第32-39页 |
| ·试验材料 | 第32-33页 |
| ·试验动物 | 第32页 |
| ·采样 | 第32-33页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第33页 |
| ·试验方法 | 第33-34页 |
| ·肉质性状测定 | 第33页 |
| ·肉质性状测定数据分析 | 第33-34页 |
| ·结果与分析 | 第34-37页 |
| ·试验组和对照组之间牛肉品质的比较分析 | 第34页 |
| ·试验组内牛肉品质比较分析 | 第34-37页 |
| ·讨论 | 第37-38页 |
| ·牛肉的肉质性状 | 第37页 |
| ·引起牛肉品质变化的原因分析 | 第37-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 第三章 创伤性应激引起牛肉嫩度变化的基因表达谱比较分析 | 第39-80页 |
| ·试验材料 | 第39-41页 |
| ·试验动物 | 第39页 |
| ·采样 | 第39-40页 |
| ·牛全基因组芯片 | 第40页 |
| ·主要试剂 | 第40页 |
| ·主要仪器 | 第40-41页 |
| ·主要分子生物学软件 | 第41页 |
| ·试验方法 | 第41-51页 |
| ·Agilent bovine microarray 芯片试验操作流程 | 第41-46页 |
| ·芯片试验结果数据分析 | 第46-48页 |
| ·qRT-PCR 引物设计及合成 | 第48页 |
| ·qRT-PCR 验证基因芯片结果 | 第48-51页 |
| ·结果和分析 | 第51-72页 |
| ·背最长肌中提取总 RNA 的质量控制 | 第51-53页 |
| ·cDNA 基因芯片的质量控制 | 第53-54页 |
| ·芯片标准化处理 | 第54-56页 |
| ·差异表达基因 | 第56-58页 |
| ·差异表达基因的聚类分析 | 第58-59页 |
| ·差异表达基因的功能富集分析 | 第59页 |
| ·差异表达基因的调控网络构建 | 第59-69页 |
| ·qRT-PCR 验证结果 | 第69-72页 |
| ·讨论 | 第72-78页 |
| ·基因芯片的使用和选择 | 第72页 |
| ·试验动物的来源及试验目的意义 | 第72-73页 |
| ·基因芯片试验设计 | 第73页 |
| ·芯片标准化处理的方法和策略 | 第73-74页 |
| ·基因芯片数据分析方法 | 第74页 |
| ·差异表达基因的筛选标准 | 第74页 |
| ·基因芯片表达谱分析结果验证 | 第74-75页 |
| ·创伤性应激引起牛肉肉质变化的分子机制 | 第75-78页 |
| ·小结 | 第78-80页 |
| 第四章 创伤性应激引起牛肉嫩度变化的 miRNA表达谱分析 | 第80-109页 |
| ·试验材料 | 第80-81页 |
| ·试验动物及样品的采集 | 第80页 |
| ·miRNA 基因芯片 | 第80页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第80-81页 |
| ·主要分子生物学软件 | 第81页 |
| ·试验方法 | 第81-86页 |
| ·Exiqon 芯片试验操作流程 | 第81-84页 |
| ·qRT-PCR 验证差异芯片结果 | 第84-85页 |
| ·数据挖掘 | 第85-86页 |
| ·结果与分析 | 第86-107页 |
| ·背最长肌中总 RNA（包含 miRNA）的质量控制 | 第86页 |
| ·miRNA 基因芯片杂交的质量控制 | 第86页 |
| ·芯片标准化处理 | 第86-91页 |
| ·背最长肌中差异表达的 miRNA | 第91-92页 |
| ·差异表达 miRNA 的聚类分析 | 第92页 |
| ·q-RT-PCR 验证 miRNA 基因芯片结果 | 第92-94页 |
| ·miRNA 调控目标基因的预测 | 第94页 |
| ·miRNA 调控目标基因的表达情况分析 | 第94页 |
| ·miRNA 目标基因的功能分析 | 第94-95页 |
| ·miRNA 目标基因的功能富集分析 | 第95-99页 |
| ·miRNA 目标基因的调控网络构建 | 第99-107页 |
| ·讨论 | 第107-108页 |
| ·小结 | 第108-109页 |
| 第五章 强烈应激引起牛肉嫩度变化的 DNA 甲基化分析 | 第109-122页 |
| ·试验材料 | 第109-110页 |
| ·试验动物及样品的采集 | 第109页 |
| ·主要试剂 | 第109-110页 |
| ·主要仪器 | 第110页 |
| ·主要分子生物学软件 | 第110页 |
| ·试验方法 | 第110-115页 |
| ·DNA 的提取 | 第110-111页 |
| ·DNA 质量检测 | 第111页 |
| ·用亚硫酸氢盐处理 DNA | 第111-112页 |
| ·CpG 含量高的基因的挑选 | 第112页 |
| ·DNA 甲基化分析所用引物的设计 | 第112-113页 |
| ·PCR 过程 | 第113-114页 |
| ·PCR 质量检测 | 第114页 |
| ·焦磷酸盐测序（pyrosequencing） | 第114-115页 |
| ·结果分析 | 第115页 |
| ·结果与分析 | 第115-120页 |
| ·DNA 浓度和质量 | 第115页 |
| ·关键基因的 CpG 岛分布 | 第115-117页 |
| ·PCR 质量检测 | 第117-118页 |
| ·焦磷酸盐测序测定的关键基因 DNA 甲基化结果 | 第118-120页 |
| ·讨论 | 第120-121页 |
| ·小结 | 第121-122页 |
| 第六章 不同嫩度牛肉的基因表达谱分析 | 第122-146页 |
| ·试验材料 | 第122页 |
| ·试验动物 | 第122页 |
| ·采样 | 第122页 |
| ·牛全基因组芯片 | 第122页 |
| ·主要试剂 | 第122页 |
| ·主要仪器 | 第122页 |
| ·主要分子生物学软件 | 第122页 |
| ·试验方法 | 第122-123页 |
| ·Agilent bovine microarray 芯片试验操作流程 | 第122页 |
| ·芯片试验结果数据分析 | 第122-123页 |
| ·qRT-PCR 引物设计及合成 | 第123页 |
| ·qRT-PCR 验证基因芯片结果 | 第123页 |
| ·结果和分析 | 第123-140页 |
| ·背最长肌中提取总 RNA 的质量控制 | 第123-124页 |
| ·cDNA 基因芯片的质量控制 | 第124-127页 |
| ·芯片标准化处理 | 第127-129页 |
| ·差异表达基因 | 第129-131页 |
| ·差异表达基因的聚类分析 | 第131页 |
| ·差异表达基因的功能富集分析 | 第131页 |
| ·差异表达基因的调控网络构建 | 第131-140页 |
| ·qRT-PCR 验证结果 | 第140页 |
| ·讨论 | 第140-145页 |
| ·小结 | 第145-146页 |
| 第七章 结论 | 第146-148页 |
| ·研究结论 | 第146页 |
| ·创新点 | 第146-147页 |
| ·下一步工作 | 第147-148页 |
| 参考文献 | 第148-167页 |
| 附录 | 第167-179页 |
| 英文缩略表 | 第179-180页 |
| 致谢 | 第180-182页 |
| 作者简介 | 第182页 |
