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乙酰辅酶A羧化酶的羧基转移酶功能域的理论计算研究

提要第1-5页
缩略语表第5-9页
第1章 前言第9-40页
   ·乙酰辅酶A 羧化酶简介第9-14页
     ·ACCase 的分类第9-10页
     ·ACCase 催化的化学反应第10-11页
     ·ACCase 的生物学功能第11-13页
     ·影响ACCase 生物活性的因素第13-14页
   ·ACCase 的羧基转移酶功能域的研究进展第14-18页
     ·APPs 和CHDs 抑制禾本科植物叶绿体ACCase 的CT 功能域研究第14-15页
     ·禾本科植物叶绿体ACCase 的CT 功能域氨基酸点突变的研究第15-16页
     ·同质型ACCase 的CT 功能域结构的研究第16-18页
   ·理论计算方法的简介第18-29页
     ·同源模建第18-21页
     ·分子动力学模拟第21-25页
     ·MM-PBSA 法计算结合自由能第25-29页
   ·本论文立题依据第29-30页
   ·参考文献第30-40页
第2章 ACCase 的CT 功能域及其分子动力学模拟参数的优化第40-55页
   ·引言第40-41页
   ·计算方法第41-44页
     ·截短型酵母CT 功能域二聚体的获取第41页
     ·全长型的酵母CT 功能域二聚体的分子动力学模拟第41-42页
     ·截短型CT 功能域二聚体的分子动力学模拟第42-43页
     ·范德华力截断值的优化第43页
     ·积分步长的优化第43-44页
   ·结果与讨论第44-53页
     ·全长型CT 功能域二聚体的分子动力学模拟第44-46页
     ·截短型CT 功能域二聚体的分子动力学模拟第46-47页
     ·截短型CT 功能域二聚体代替全长CT 功能域二聚体进行理论计算的依据第47页
     ·范德华力截断值的优化第47-52页
     ·积分步长的选取第52-53页
   ·小结第53页
   ·参考文献第53-55页
第3章 禾本科植物叶绿体ACCase 的CT 功能域对haloxyfop 的对映体选择性的机理研究第55-81页
   ·引言第55-56页
   ·计算方法第56-59页
     ·黑草ACCase 的CT 功能域的同源模建第56-57页
     ·黑草ACCase 的CT 功能域的分子动力学模拟第57-58页
     ·黑草ACCase 的CT 功能域与haloxyfop 结合自由能计算第58-59页
   ·结果与讨论第59-77页
     ·黑草ACCase 的CT 功能域的同源模建第59-66页
     ·黑草ACCase 的CT 功能域的分子动力学模拟第66-69页
     ·黑草ACCase 的CT 功能域对APPs 的对映体选择性的能量分析第69-72页
     ·CT 功能域对APPs 的对映体选择性的现有的解释机理的评估第72-76页
     ·决定黑草CT 功能域对映体选择性的残基的判定第76-77页
   ·小结第77-78页
   ·参考文献第78-81页
第4章 禾本科植物叶绿体ACCase的CT功能域Ile/Leu单点突变对R型haloxyfop产生抗性的机理研究第81-91页
   ·引言第81页
   ·计算方法第81-82页
     ·CT 功能域与R 型haloxyfop 复合物结构的构建第81-82页
     ·分子动力学模拟第82页
     ·结合自由能计算第82页
   ·结果与讨论第82-90页
     ·CT 功能域与R 型haloxyfop 复合物结构的构建第82-85页
     ·分子动力学模拟第85-86页
     ·结合自由能分析判定CT 功能域抗性产生的原因第86-88页
     ·单点突变Ile/Leu 产生影响结构观测第88-90页
   ·小结第90-91页
创新点第91-92页
展望第92-94页
攻读博士期间研究成果第94-95页
致谢第95-96页
中文摘要第96-99页
Abstract第99-101页

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