猪肌内脂肪含量的全基因组关联研究
| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-24页 |
| 1.1 猪肉肌内脂肪含量概述 | 第10-12页 |
| 1.1.1 猪肉质概述 | 第10-11页 |
| 1.1.2 研究猪肉肌内脂肪含量的意义 | 第11-12页 |
| 1.2 响猪肉肌内脂肪含量的因素 | 第12-13页 |
| 1.2.1 遗传因素 | 第12页 |
| 1.2.2 激素和免疫因素 | 第12-13页 |
| 1.2.3 环境因素 | 第13页 |
| 1.3 鉴定跟肌内脂肪相关基因的方法 | 第13-18页 |
| 1.3.1 QTL定位 | 第13-14页 |
| 1.3.2 候选基因法 | 第14页 |
| 1.3.3 全基因组关联分析 | 第14-18页 |
| 1.4 已经发现与肌内脂肪相关的基因 | 第18-20页 |
| 1.5 GWAS在农业育种方面的研究进展 | 第20-23页 |
| 1.5.1 GWAS在植物中的研究进展 | 第20-22页 |
| 1.5.2 GWAS在动物中的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.6 本次研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 材料与方法 | 第24-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第24页 |
| 2.1.1 猪种简介 | 第24页 |
| 2.1.2 F2资源群体组成及饲养情况 | 第24页 |
| 2.1.3 组织样品采集与保存 | 第24页 |
| 2.2 肌肉组织中脂肪含量测定(索氏抽提法) | 第24-25页 |
| 2.3 全基因组DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.4 全基因组测序 | 第26-27页 |
| 2.5 数据初步分析 | 第27-28页 |
| 2.5.1 数据预处理 | 第27页 |
| 2.5.2 变异检测 | 第27-28页 |
| 2.6 全基因组关联分析 | 第28-29页 |
| 2.6.1 关联分析 | 第28页 |
| 2.6.2 注释 | 第28页 |
| 2.6.3 评价模型合理性 | 第28-29页 |
| 2.7 GO(Gene Ontology)分析 | 第29页 |
| 2.8 连锁不平衡分析 | 第29-30页 |
| 2.9 单倍型分析 | 第30-32页 |
| 2.9.1 单倍型block分析 | 第30页 |
| 2.9.2 单倍型关联分析 | 第30-32页 |
| 第三章 分析结果 | 第32-45页 |
| 3.1 肌内脂肪含量表型数据描述性统计分析 | 第32-33页 |
| 3.2 基因组DNA提取结果 | 第33-34页 |
| 3.2.1 电泳检测 | 第33页 |
| 3.2.2 DNA定量仪检测 | 第33-34页 |
| 3.3 全基因组测序结果 | 第34页 |
| 3.4 变异检测 | 第34-35页 |
| 3.5 连锁不平衡分析 | 第35-36页 |
| 3.6 全基因组关联分析 | 第36-41页 |
| 3.6.1 关联分析结果 | 第36-37页 |
| 3.6.2 SNP注释筛选 | 第37-41页 |
| 3.7 评价模型合理性 | 第41页 |
| 3.8 GO分析 | 第41-42页 |
| 3.9 单倍型分析 | 第42-45页 |
| 3.9.1 单倍型block分析 | 第42-43页 |
| 3.9.2 单倍型关联分析 | 第43-45页 |
| 第四章 讨论 | 第45-51页 |
| 4.1 连锁不平衡 | 第45页 |
| 4.2 GWAS分析 | 第45-46页 |
| 4.3 单倍型关联分析 | 第46-47页 |
| 4.4 调控序列 | 第47-48页 |
| 4.5 MYH家族 | 第48-49页 |
| 4.6 MYOCD、MED31基因 | 第49-51页 |
| 第五章 全文总结 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
