牦牛、黄牛舌尖的比较转录组学分析
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 研究背景 | 第8-21页 |
| 1.1 动物味觉的研究进展 | 第8-11页 |
| 1.1.1 味觉受体的发现 | 第9-10页 |
| 1.1.2 动物味觉的比较基因组学研究 | 第10-11页 |
| 1.2 基于二代测序的转录组分析 | 第11-19页 |
| 1.2.1 二代测序转录组分析的实验设计 | 第12-13页 |
| 1.2.2 二代测序转录组分析的质量控制 | 第13页 |
| 1.2.3 二代测序转录组分析的转录本鉴定 | 第13-18页 |
| 1.2.4 二代测序转录组转录本的差异表达分析 | 第18页 |
| 1.2.5 二代测序转录组转录本的可变剪切分析 | 第18-19页 |
| 1.2.6 二代测序转录组转录本的可视化 | 第19页 |
| 1.3 牦牛相关研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.1 牦牛基因组草图简介 | 第20页 |
| 1.3.2 牦牛和黄牛舌头的形态学差异研究 | 第20页 |
| 1.4 研究意义和科学问题 | 第20-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-26页 |
| 2.1 样品采集与RNA测序 | 第21页 |
| 2.2 测序数据清洗和质量评估 | 第21-22页 |
| 2.3 味觉受体家族鉴定 | 第22页 |
| 2.3.1 T2R基因家族的鉴定 | 第22页 |
| 2.3.2 T1R基因家族的鉴定 | 第22页 |
| 2.4 差异表达分析 | 第22-24页 |
| 2.4.1 1:1 同源鉴定 | 第22-23页 |
| 2.4.2 差异表达基因鉴定 | 第23-24页 |
| 2.5 差异表达基因的功能注释 | 第24-26页 |
| 2.5.1 GO富集分析 | 第24页 |
| 2.5.2 代谢通路途径注释 | 第24-26页 |
| 第三章 研究结果与讨论 | 第26-38页 |
| 3.1 测序RNA样品检测 | 第26-27页 |
| 3.2 测序数据质量预处理及评估 | 第27-28页 |
| 3.3 转录组数据回帖 | 第28-29页 |
| 3.4 牦牛和黄牛的基因家族鉴定 | 第29-30页 |
| 3.5 同源基因集的构建 | 第30-31页 |
| 3.6 同源基因的表达计数 | 第31页 |
| 3.7 差异表达基因分析 | 第31-32页 |
| 3.8 差异表达基因功能的GO注释 | 第32-35页 |
| 3.9 差异表达基因富集的KEGG通路 | 第35-36页 |
| 3.10 黄牛和牦牛的舌尖组织差异表达显著的基因 | 第36-38页 |
| 第四章 总结与展望 | 第38-40页 |
| 4.1 总结 | 第38-39页 |
| 4.2 展望 | 第39-40页 |
| 附录 | 第40-45页 |
| 参考文献 | 第45-52页 |
| 在学期间的研究成果 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
